“厦门”地名出现得很晚。这大概与厦门岛在地理上孤悬海中，历史上长期归同安县管辖有关。自从晋太康三年(公元282年)置同安县，五代后唐长兴四年(公元933年)同安属泉州以来，厦门仅是地方三级政府治理下的一座无名岛屿。
唐朝开元至天宝年间，就有大陆的陈、薛两大姓氏汉人先后渡海入岛“发川为田，垦原为园”，繁衍生息。陈氏族人居住在这座岛的南边，薛氏族人居住在岛的北边，清道光《厦门志》载“厦门人物，以南陈北薛为最古”。
1200年前，先民们把这座岛上得以安身立命的村落起了个顺口好记的名字叫“新城”。这从1973年泉州发现的唐大中年间墓志铭和2004年厦门出土的唐代“陈元通夫妇墓”墓志铭中能得到清晰的印证。“新城”无疑是一座天然粮仓，气候宜人，土地肥沃，稻禾一茎多穗，于是“嘉禾”就开始作为地名，带着农耕经济社会人们朴实而美好的心愿传播开来。至少在唐大中十一年(公元857年)开始，“嘉禾里”和“嘉禾屿”作为这座岛屿的名称，伴着半耕半渔的悠然景象延续了数百年。陈元通夫人汪氏墓志铭上刻有“清源郡同安嘉禾里”，说明早在唐代厦门岛即被称为“嘉禾里”。
2004年，厦门文化遗产保护中心开始对仙岳路上的唐代古墓进行抢救性发掘，出土的二方墓志铭是福建出土唐墓中体量最大的。
元至元十六年(公元1279年)，中央政府第一次在嘉禾屿设置军事机构，“嘉禾千户所”便成了这座岛屿新的官方地名，下设4个都。明代朝廷，面对海上民间贸易和倭寇袭扰边疆，推行“片板不得下海”的“海禁”政策，嘉禾屿内外海域成了重点设防的地方。明洪武二十年(公元1387年)，江夏侯周德兴为防御倭寇，“城厦门，移(泉州)永宁卫中、左二所兵戍守，为中左所”。这就是海防史上有名的“中左守御千户所”。这段简约的文字透露出一个很容易被忽略的信息，“城厦门”说明，在“中左所”之前，嘉禾屿就有“厦门”的地名存在。
嘉禾屿地处九龙江入海口“海门”岛的下方，是漳、泉两地的门户，民间按地理方位称此地为“下门”。明万历《泉州府志》卷十一记载：“同安县寨十有四……西南日“夏门”，说明“下门”也曾写成“夏门”并在万历年间的文书中使用，后来才雅化成“厦门”。海门、厦门、金门是拱卫闽地漳、泉平原的海上天然屏障，清乾隆三十一年(1766年)纂修的《鹭江志》指厦门(时别称“鹭岛”)“四面环海，为漳泉之咽喉，台澎之门户，诚海疆要地也”。主编薛起凤在“总论”中写道：“鹭岛者，泉南海岛也，以其为泉南之门户，古日‘门’也。”
江夏侯周德兴为了提升驻岛军事机构的统一指挥功能，选择在俯瞰港湾的高坡上建筑石头城池（今厦门市公安局一带）。明洪武二十七年（1394年），这座作为军事设施的城堡取名“厦门城”。“厦门”第一次以官方确认的地名载入史册。但此时“厦门”指的是山坡上的那一小圈子军事城堡，“中左所”或“嘉禾屿”代表的才是方圆50里的全岛。
清朝乾隆年间地图，圆圈内城堡称“厦门城”
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