在较早的文明中，小偷被剥夺了实施盗贼的手，使用烙印或残废（砍掉手或鼻子）将人标记为罪犯。古罗马人使用纹身针来识别并防止雇佣军士兵离开他们的队伍。
1851年被美洲土著掳走的奥利弗·奥特曼
在1800年代中期之前，执法人员具有非凡的视觉记忆，即所谓的“照相机的眼睛”，仅凭肉眼就能识别出先前被捕的罪犯。摄影减轻了记忆的负担，但这并不是解决犯罪识别问题的答案。个人外貌发生变化。
1882年阿方塞·贝尔蒂伦是法国巴黎警察局的职员，他设计了一种分类系统，称为人体测量学或贝尔蒂伦系统，它使用了对身体部位的测量。
贝尔蒂伦的系统包括诸如头长、头宽、中指长度、左脚长度等测量值；从肘部到中指尖的前臂长度。贝蒂永还建立了摄影面部系统-随后称为面部照片。
贝蒂永系统被接受了三十年，但他的人体测量学系统在1903年的事件中永远停止使用了，当时一个名叫威尔·韦斯特的人在美国堪萨斯州莱文沃思被判入狱。人们惊讶的发现监狱中已经有一个外貌体征相同的囚犯，而且他们的贝蒂永测量值几乎相同。监狱里的囚犯叫威廉·韦斯特。最终指纹勘验快速地确定生物特征（指纹和面部表情）来自两个不同的人。
指纹提供了一种可靠的个人识别方式。指纹识别科学在众多其他司法科学中脱颖而出，通过提供准确的身份识别已经为全球政府服务了一个多世纪。在数十亿的人机和自动计算机比较中，从未找到两个相同的指纹。指纹是全球警察机构确认犯罪历史的基础。
一个多世纪以来，它一直是全世界最常用的法医证据。在大多数司法管辖区中，指纹检查案件匹配或超过其他所有法医检查案件的总和。解决犯罪相对便宜。费用是一个重要因素，因为代理机构必须在不牺牲准确性的前提下平衡调查资源，以最好地满足及时性和完整性。例如，在许多犯罪现场，DNA与指纹一样无处不在，但是对每个标本来说，DNA的成本要比指纹分析高100到400倍，并且可能需要数月或数年才能完成分析。
我们的祖先对指纹的观察与应用，在6000多年前就开始了。美国芝加哥菲尔特博物馆收藏的我国古代印章，正面塑着主人的名字，反面则印有十分清晰的拇指纹痕。据考证这枚印泥上的指纹是我国周代或前汉的产物。西安半坡遗址出土的文物（陶器）上已留有清晰的指纹，距今已有6000年之久。
指纹用于犯罪侦查、案件审理、社会事务在我国2000多年前就已经开始，在湖北云梦县出土的一批秦简中，《封诊式·穴盗》篇就载有“手迹六处”字样，说明当时司法人员就将手迹作为作案现场进行勘验的一种证据。唐宋以后，指纹运用就更普遍了，唐代史料中有关于签订契约时要按指纹的记载；宋代、元代也都有指纹正确判案或根据“指理”疏密判断人的年龄与体态，从而推翻冤狱的事。
指纹识别在早期西方社会发展的似乎不太顺利。1823年，布雷斯劳大学的解剖学教授浦肯野发表了他的论文，讨论了九种指纹图案识别个人。但显然浦肯野的观点没有得到关注。在大多数英语出版物中，浦肯野只被介绍为传教士。
在马克·吐温1883年的《密西西比河上》小说中，通过使用指纹识别来识别杀手。在后来的《傻瓜威尔逊》一书中，进行了戏剧性的法庭审判，其中包括指纹识别。
直到1892年，检查专员爱德华多·阿尔瓦雷斯在阿根廷布宜诺斯艾利斯进行了西方社会认为的首次刑事指纹识别。
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