太祖朱元璋一直認為，元朝乃至所有朝代的覆滅，都和貪官汙吏的腐敗盤剝有極大的關係，所以在治理貪汙問題時，特用重典馭下，律令具體規定為：凡守令貪酷者，許民赴京陳訴。官吏受賄枉法者，一貫以下杖九十，每增五貫罪加一等，至八十貫絞：監守自盜倉庫錢糧者，一貫以下杖八十，至四十貫斬；貪汙銀子六十兩以上者即梟首示眾，並剝皮植草，以正視聽。“府、州、縣、衛之左特立一廟，以祀土地，為剝皮之場，名曰皮場廟。官府公座旁，各懸一剝皮實革之袋，使之觸目驚心。”空印案和郭桓案都是在整頓吏治、嚴懲貪腐的背景下發生的。
明朝時，地方政府每年都需派人至戶部報告財政收支賬目，所有賬目必須和戶部審核後完全相符方能結算。若其中有任何一項數據不符就必須駁回，重新造冊，且須再蓋上原地方機關大印才算完成。
因當時交通並不發達，往來路途遙遠，如果需要發回重造勢必耽誤相當多的時間，所以前往戶部審核的官員都備有事先蓋過印信的空白書冊以備使用。這原本是從元朝就有的習慣性做法，也從未被明令禁止過。“元時，官府於文書有先署印，而後書者，謂之空印，洪武建元以來，相沿未改”。
按《劍橋中國明代史》的解釋來說，這是因為錢糧在運輸過程中肯定會有損耗，所以開始運送和戶部接收時的數字一定不會相符，在路上到底損耗了多少，官員們無法事先預知，只有到了戶部將要申報之時才能知道其中的差額。所以，官吏們習慣用空印文書在京城就地填寫實際的錢糧數字。
但“皇帝對任何不忠的表現都是極其敏感的”。原本朱元璋對此事是全然不知的，後來偶然獲知此事後勃然大怒，認為這是官員相互勾結的欺君重罪，其中必有姦情，因而下令處罰所有相關官員。各布政司、府、州、縣衙門的主印長官全被處死，佐貳官（副手）則一律杖罰一百、發配充軍。一時之間，株連者甚眾，死者數百人，發配者數千人。郭桓案發生在洪武十八年（公元1385年），以其涉案金額巨大、對經濟領域影響深遠而為世人矚目。
《明史·刑法二》在記載郭桓案時，曰：“郭桓者，戶部侍郎也。帝疑北平二司官吏李彧、趙全德等與桓為奸利，自六部左、右侍郎以下皆死，贓七百萬，詞連直、省諸官吏，系死者數萬人。”洪武十八年三月，御史餘敏、丁廷舉告發郭桓利用職權，勾結李彧、趙全德、胡益、王道亨等貪汙，其事項有：
一、私吞太平、鎮江等府的賦稅，降低朝廷歲收。
二、私吞浙西的秋糧，浙西秋糧本該上繳四百五十萬石，郭桓只上繳兩百多萬石。
三、徵收賦稅時，巧立名目，如車腳錢、口食錢、庫子錢、神佛錢等，中飽私囊。
郭桓等人總共貪汙兩千四百多萬石糧食。為此，明太祖決心趁機掃蕩全國貪汙官員。其後為了追贓又牽連到全國各地的小富百姓，遭到抄家破產的人家不計其數，“民中人之家大抵皆破”，百姓對此怨恨極深。
最後，朱元璋為了平息民怨又將審刑官吳庸等人處死，並稱折算贓糧實有兩千多萬石，“恐民不信，但略寫七百萬耳”。胡惟庸案、藍玉案、空印案、郭桓案，統稱為明初四大案。因四案而死者至少十萬人。
官員們不僅要防止政治牽連和腐敗，連說話寫字都要小心翼翼，因為禍從口出，太祖可是連諧音都不放過的。
文化領域這種精神層面朱元璋自然也不會放過。早在戰爭時期和政權草創階段，他就十分注意吸收和重用有名望的文人士大夫。隨著明王朝的建立和全國統一的完成，如何對待更大範圍和更多層次的文人士大夫被提上了議事日程。
朱元璋對此採取了兩手政策，一方面對不願與新王朝合作和對新王朝抱敵對情緒的士大夫進行了堅決的打擊。如詩人丁鶴年自以累世仕元，不忘故國，順帝北適後，常“飲泣賦詩，情詞悽惻”。貴溪儒士夏伯啟叔侄斷指立誓不事新朝。
山陰名士楊維楨拒絕明太祖朱元璋的徵聘，說自己好比行將就木的老婦，無再嫁之理。這些不肯俯首稱臣的士大夫，有不少人被朱元璋用殺、關、徙等手段加以鎮壓。
另一方面，對大多數願與新王朝合作的文人，朱元璋則採取徵召、選聘以及學校科舉等途徑將他們儘可能納入到明王朝政權系統中來。明代學校分三級：社學、府學和國學。社學指鄉村民辦學校，府學指府（州）縣官辦學校，國學則指中央國子學。洪武十五年，國子學改名國子監，設祭酒、司業、博士、助教、學正等學官。府（州）縣學除均有訓導外，府學有教授，州學有學正，縣學有教諭。學生由地方學校升入國子監，學習成績優異則可以直接到官府任職。官品不定，高者可任布政使，低者任縣主簿乃至教諭。國子監生有時還奉命出使，如巡行州郡、稽查百司案牘、督修水利、丈田定稅等。
朱元璋在設立學校、開展科舉的同時，對學校課程和科舉考試內容亦作了明確規定。學習內容一律以宋儒所注四書五經和《大明律》《大誥》為本。科舉考試，則規定必須以四書五經的文句命題，考生為文必須要以朱熹的注為依據，“所謂其文略仿宋經義，然代古人語氣為之”。文章的格式必須用八股體。因而，明代的學校和科舉制度實際上是一種文化專制制度，它把知識分子的思想束縛在孔孟之道和程朱理學之中。朱元璋除了以學校教育、科舉取士的方式吸收文人參政，規範、控制其行為和思想外，還嚴厲打擊他認為思想上有問題的文人，因此造成了洪武時期的文字獄。
所謂文字獄，就是從人們所寫文章中挑出一些詞句，在文字細節上進行挑剔，斷章取義、吹毛求疵，編造莫須有的罪名，迫害作者。朱元璋出身寒微，自卑心理重，因而他十分注意自己出身經歷的禁忌。
明代文字獄始見於洪武七年（公元1374年）。時任蘇州知府魏觀將新府衙建於張士誠宮殿舊址，被人誣告“心有異圖也”。高啟因先前寫過“小犬隔牆空吠影，夜深宮禁有誰來”，亂說宮鬧之事被朱元璋記恨，而這次又在給魏觀的《上梁文》中寫有“龍盤虎踞”的字樣，朱元璋想這不是擺明了說張士誠是人中龍虎，那把皇帝置於何處？於是大怒，將二人腰斬，大卸八塊。
在呈給皇上的拍馬屁的表箋中，拍到馬腿上的時候就更多了。浙江府學教授林元亮作《謝增俸表》，以表內“作則垂憲”遭誅。北平府學訓導趙伯寧作《萬壽表》，以“垂子孫而作則”遭殺。福州府學訓導林伯琢作《賀冬表》中，有“儀則天下”而遭斬。因為朱元璋認為“則”與“賊”諧音，這是暗罵他當年參加過紅巾軍，當過賊子。懷慶府學訓導呂睿為本府作《謝賜馬錶》，以“遙瞻帝扉”遭誅。因為帝扉與帝非相同，這是暗罵他不配做皇帝。尉氏縣學教諭許元為本府作《萬壽賀表》，以“體乾法坤，藻飾太平”遭戮。因“法坤”諧音“發斃”，就是光頭，也是暗罵朱元璋當過和尚，“藻飾太平”諧音“早失太平”，這叫太祖如何不怒？
隨後個人禁忌進一步擴展為廣義的禁忌。洪武三年，禁止百姓取名用天、國、召、臣、聖、神、堯、舜、禹、湯、文、武、周、晉、漢等字。洪武二十六年，又明文禁止百姓取名太祖、聖孫、龍孫、黃孫、王孫、太叔、太兄、太弟、太師、太傅、太保、大夫、待詔、博士、太醫、太監、大官、郎中等字樣，並禁止民間習慣已久的稱呼，如醫生只許稱醫士、醫人、醫者，不許稱太醫、大夫、郎中：梳頭人只許稱梳筆人或稱整容，不許稱待詔。朱元璋這種為維護專制皇權而任意羅織罪名的文字獄，不僅使許多文人士大夫無辜遭戮，而且對明代文化思想起了極其惡劣的窒息作用。
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