太祖朱元璋一直认为，元朝乃至所有朝代的覆灭，都和贪官污吏的腐败盘剥有极大的关系，所以在治理贪污问题时，特用重典驭下，律令具体规定为：凡守令贪酷者，许民赴京陈诉。官吏受贿枉法者，一贯以下杖九十，每增五贯罪加一等，至八十贯绞：监守自盗仓库钱粮者，一贯以下杖八十，至四十贯斩；贪污银子六十两以上者即枭首示众，并剥皮植草，以正视听。“府、州、县、卫之左特立一庙，以祀土地，为剥皮之场，名曰皮场庙。官府公座旁，各悬一剥皮实革之袋，使之触目惊心。”空印案和郭桓案都是在整顿吏治、严惩贪腐的背景下发生的。
明朝时，地方政府每年都需派人至户部报告财政收支账目，所有账目必须和户部审核后完全相符方能结算。若其中有任何一项数据不符就必须驳回，重新造册，且须再盖上原地方机关大印才算完成。
因当时交通并不发达，往来路途遥远，如果需要发回重造势必耽误相当多的时间，所以前往户部审核的官员都备有事先盖过印信的空白书册以备使用。这原本是从元朝就有的习惯性做法，也从未被明令禁止过。“元时，官府于文书有先署印，而后书者，谓之空印，洪武建元以来，相沿未改”。
按《剑桥中国明代史》的解释来说，这是因为钱粮在运输过程中肯定会有损耗，所以开始运送和户部接收时的数字一定不会相符，在路上到底损耗了多少，官员们无法事先预知，只有到了户部将要申报之时才能知道其中的差额。所以，官吏们习惯用空印文书在京城就地填写实际的钱粮数字。
但“皇帝对任何不忠的表现都是极其敏感的”。原本朱元璋对此事是全然不知的，后来偶然获知此事后勃然大怒，认为这是官员相互勾结的欺君重罪，其中必有奸情，因而下令处罚所有相关官员。各布政司、府、州、县衙门的主印长官全被处死，佐贰官（副手）则一律杖罚一百、发配充军。一时之间，株连者甚众，死者数百人，发配者数千人。郭桓案发生在洪武十八年（公元1385年），以其涉案金额巨大、对经济领域影响深远而为世人瞩目。
《明史·刑法二》在记载郭桓案时，曰：“郭桓者，户部侍郎也。帝疑北平二司官吏李彧、赵全德等与桓为奸利，自六部左、右侍郎以下皆死，赃七百万，词连直、省诸官吏，系死者数万人。”洪武十八年三月，御史余敏、丁廷举告发郭桓利用职权，勾结李彧、赵全德、胡益、王道亨等贪污，其事项有：
一、私吞太平、镇江等府的赋税，降低朝廷岁收。
二、私吞浙西的秋粮，浙西秋粮本该上缴四百五十万石，郭桓只上缴两百多万石。
三、征收赋税时，巧立名目，如车脚钱、口食钱、库子钱、神佛钱等，中饱私囊。
郭桓等人总共贪污两千四百多万石粮食。为此，明太祖决心趁机扫荡全国贪污官员。其后为了追赃又牵连到全国各地的小富百姓，遭到抄家破产的人家不计其数，“民中人之家大抵皆破”，百姓对此怨恨极深。
最后，朱元璋为了平息民怨又将审刑官吴庸等人处死，并称折算赃粮实有两千多万石，“恐民不信，但略写七百万耳”。胡惟庸案、蓝玉案、空印案、郭桓案，统称为明初四大案。因四案而死者至少十万人。
官员们不仅要防止政治牵连和腐败，连说话写字都要小心翼翼，因为祸从口出，太祖可是连谐音都不放过的。
文化领域这种精神层面朱元璋自然也不会放过。早在战争时期和政权草创阶段，他就十分注意吸收和重用有名望的文人士大夫。随着明王朝的建立和全国统一的完成，如何对待更大范围和更多层次的文人士大夫被提上了议事日程。
朱元璋对此采取了两手政策，一方面对不愿与新王朝合作和对新王朝抱敌对情绪的士大夫进行了坚决的打击。如诗人丁鹤年自以累世仕元，不忘故国，顺帝北适后，常“饮泣赋诗，情词凄恻”。贵溪儒士夏伯启叔侄断指立誓不事新朝。
山阴名士杨维桢拒绝明太祖朱元璋的征聘，说自己好比行将就木的老妇，无再嫁之理。这些不肯俯首称臣的士大夫，有不少人被朱元璋用杀、关、徙等手段加以镇压。
另一方面，对大多数愿与新王朝合作的文人，朱元璋则采取征召、选聘以及学校科举等途径将他们尽可能纳入到明王朝政权系统中来。明代学校分三级：社学、府学和国学。社学指乡村民办学校，府学指府（州）县官办学校，国学则指中央国子学。洪武十五年，国子学改名国子监，设祭酒、司业、博士、助教、学正等学官。府（州）县学除均有训导外，府学有教授，州学有学正，县学有教谕。学生由地方学校升入国子监，学习成绩优异则可以直接到官府任职。官品不定，高者可任布政使，低者任县主簿乃至教谕。国子监生有时还奉命出使，如巡行州郡、稽查百司案牍、督修水利、丈田定税等。
朱元璋在设立学校、开展科举的同时，对学校课程和科举考试内容亦作了明确规定。学习内容一律以宋儒所注四书五经和《大明律》《大诰》为本。科举考试，则规定必须以四书五经的文句命题，考生为文必须要以朱熹的注为依据，“所谓其文略仿宋经义，然代古人语气为之”。文章的格式必须用八股体。因而，明代的学校和科举制度实际上是一种文化专制制度，它把知识分子的思想束缚在孔孟之道和程朱理学之中。朱元璋除了以学校教育、科举取士的方式吸收文人参政，规范、控制其行为和思想外，还严厉打击他认为思想上有问题的文人，因此造成了洪武时期的文字狱。
所谓文字狱，就是从人们所写文章中挑出一些词句，在文字细节上进行挑剔，断章取义、吹毛求疵，编造莫须有的罪名，迫害作者。朱元璋出身寒微，自卑心理重，因而他十分注意自己出身经历的禁忌。
明代文字狱始见于洪武七年（公元1374年）。时任苏州知府魏观将新府衙建于张士诚宫殿旧址，被人诬告“心有异图也”。高启因先前写过“小犬隔墙空吠影，夜深宫禁有谁来”，乱说宫闹之事被朱元璋记恨，而这次又在给魏观的《上梁文》中写有“龙盘虎踞”的字样，朱元璋想这不是摆明了说张士诚是人中龙虎，那把皇帝置于何处？于是大怒，将二人腰斩，大卸八块。
在呈给皇上的拍马屁的表笺中，拍到马腿上的时候就更多了。浙江府学教授林元亮作《谢增俸表》，以表内“作则垂宪”遭诛。北平府学训导赵伯宁作《万寿表》，以“垂子孙而作则”遭杀。福州府学训导林伯琢作《贺冬表》中，有“仪则天下”而遭斩。因为朱元璋认为“则”与“贼”谐音，这是暗骂他当年参加过红巾军，当过贼子。怀庆府学训导吕睿为本府作《谢赐马表》，以“遥瞻帝扉”遭诛。因为帝扉与帝非相同，这是暗骂他不配做皇帝。尉氏县学教谕许元为本府作《万寿贺表》，以“体乾法坤，藻饰太平”遭戮。因“法坤”谐音“发毙”，就是光头，也是暗骂朱元璋当过和尚，“藻饰太平”谐音“早失太平”，这叫太祖如何不怒？
随后个人禁忌进一步扩展为广义的禁忌。洪武三年，禁止百姓取名用天、国、召、臣、圣、神、尧、舜、禹、汤、文、武、周、晋、汉等字。洪武二十六年，又明文禁止百姓取名太祖、圣孙、龙孙、黄孙、王孙、太叔、太兄、太弟、太师、太傅、太保、大夫、待诏、博士、太医、太监、大官、郎中等字样，并禁止民间习惯已久的称呼，如医生只许称医士、医人、医者，不许称太医、大夫、郎中：梳头人只许称梳笔人或称整容，不许称待诏。朱元璋这种为维护专制皇权而任意罗织罪名的文字狱，不仅使许多文人士大夫无辜遭戮，而且对明代文化思想起了极其恶劣的窒息作用。
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