GinkgoBioworks蒐集彙總了全球合成生物學社群針對COVID-19的項目集合,並且仍在不斷更新增加中。人類作為命運共同體,正在調用全球科研力量和最新科技手段共克時艱。
金斯瑞作為合成生物學社群的重要成員,一直在為全球抗疫研究貢獻力量。在檢測試劑方面,金斯瑞提供SARS-CoV-2病毒的qPCR探針、引物和陽參對照以及一步法整體檢測方案,經驗證可以成功檢測出陽性對照,提升了檢測的成功率和速度;在抗體發現方面,GenScript ProBio採用Berkeley Lights的Beacon平臺快速開展抗體篩選,為全球抗體藥研發提供助力;此外,金斯瑞的基因合成、質粒等多條業務線,也全力生產、快速響應,為全球科學家開展SARS-CoV-2病毒科研提供幫助。
一、數據支持
開放的公共衛生、病毒學和免疫學數據的許多優秀資源可以用於支持對抗COVID-19。
1.免疫應答表徵
Adaptive Biotechnologies - 與微軟合作,為COVID-19的免疫應答提供開放數據
2.病毒生物學
Allen Institute COVID-19開放研究數據集 - 針對COVID-19已發表的文章和預印本的合集
ARTIC Network - 測序&分析實驗步驟開放資源
Genome sequence
Immunitrack - 輔助疫苗研究的COVID-19免疫刺激表位的結構
McLellab Lab,德州大學奧斯汀分校 - Spike蛋白的結構
3.病毒追蹤與進化
Ares Genetics - 追蹤病毒進化的新一代測序技術
Nextstrain - 病毒進化的實時跟蹤技術
4.公共衛生跟蹤
COVID追蹤項目 - 美國的測試數據
COVID擴增率跟蹤
開放COVID-19研究 - 追蹤症狀
5.臨床研究數據
Vivli
6.其他數據和新聞彙總
COVIDbase - 項目、新聞和數據的精選列表
Github – 開放共享資源
SynBioBeta – 新聞與政府新聞
Tableau - COVID-19全球數據中心
WEF – 公司們如何應對冠狀病毒
二、研究工具
來源於病毒的分子,核酸如RNA或DNA,或蛋白質,是COVID-19 研發的重要工具,是診斷的基礎,且對開發和測試新疫苗和治療極其重要。下列這些公司正在為COVID-19研究提供抗原、抗體、RNA和DNA
1.研究檢測試劑盒 - qPCR
Biomeme - 手持qPCR裝置
GenScript - qPCR探針和引物,一步法整體檢測方案
2.研究檢測試劑盒-免疫檢測
Creative Diagnostics
Eagle Biosciences
Epitope Diagnostics
EUROIMMUN
3.核酸
Arbor Biosciences – 免費的NGS雜交捕獲試劑盒
Ginkgo Bioworks - 蛋白質表達相關的病毒cDNA合成
IDT - 用於診斷和疫苗開發的DNA合成
SGI-DNA - 50000美元的合作資助,用於支持診斷、疫苗和治療學的合作
Twist Bioscience - RNA控制和NGS面板
4.抗原與抗體
BEI Resources
The Native Antigen Company
Tierra Biosciences
SinoBiological
5.軟件
AWS
Foldit
SalesForce ProGen
Synthace
TeselaGen
6.社群資源與加速器
BIO Coronavirus Hub
The COVID accelerator
IndieBio Coronavirus Initiative
Just One Giant Lab
三、診斷
在疫情大規模流行的現階段,廣泛的檢測對減緩病毒的傳播速度至關重要。許多組織(醫院、學術實驗室、新創立的跨國公司)都在加速開發、製造和擴大檢測試劑盒的生產規模。
1.核酸檢測
Abbott
Aldatu Biosciences
Cepheid
Curative
Hologic
Mobidiag
New England Biolabs
QIAGEN
Roche
Thermo Fisher
Veredus
2.免疫檢測
Attomarker
Krammer Lab - COVID血清學檢測實驗步驟
Mologic
Nirmidas Biotech
Predigen
RayBiotech
Sona Nanotech
Sugentech
United Biomedical Group
3.基於CRISPR的診斷
Broad Institute – 可開放獲取CRISPR測試實驗步驟
CASPR Biotech - 方法預印本
Mammoth Biosciences
Sherlock Biosciences
4.其他檢測方法
MiProbes – 鑑定病毒蛋白的快速檢測方法
5.檢測中心
attelle
Broad Institute
Chan Zuckerberg Biohub
Innovative Genomics Institute
UCSF
UK Whole Genome Sequence Alliance
University of Washington Department of Virology
6.自動化和整列實驗步驟
OpenCell - 擴大檢測基礎設施
OpenTrons - 擴大/普及檢測自動化
Salis Lab - 大規模並行檢測實驗步驟
Zymergen - 支持Chan Zuckerberg Biohub檢測自動化
7.環境試驗
檢測表面和其他環境(如下水道)中病毒的存在有助於追蹤和監測COVID的傳播。
Aanika Bioscience - 企業客戶環境檢測
Chai Bio - 基於RT-PCR的通過拭子的環境檢測
Stemloop – 無細胞的生物傳感器
Twist Bioscience and Mason Lab at Cornell - NYC公共交通取樣
大量新的和再利用的藥物正在進行臨床前研究和臨床實驗以到達最需要它的病人手中。這一列表偏向於生物藥物,如抗體,而不是治療感染的小分子治療藥物。這些治療用的抗體多來源於從冠狀病毒中恢復的患者血漿,以幫助患者的免疫系統直接對抗病毒。
1.檢測中心
AbCellera - Eli Lilly開發抗體療法
CytoDyn - 抗體療法2期試驗
Emergent BioSolutions - 血漿源性抗體治療
Regeneron - 血漿源抗體治療
Vir - 用Bingen開發抗體療法
2.抗體快速發現
Berkeley Lights – 抗體篩選(GenScript ProBio亦採用Berkeley Lights的Beacon平臺快速開展抗體篩選)
Distributed Bio - 應用計算機的抗體發現
ImmunoPrecise Antibodies - 多靶點抗體發現平臺
Macromoltek - 抗體的計算機設計
Prellis Bio - 抗體生產平臺
Swiftscale Biologics - 加速抗體發現的進程
3.其他療法
lnylam - 基於siRNA的Vir療法
CEL-SCI – 利用肽的免疫療法
Pentelute Lab, MIT - 肽結合spike蛋白
Voigt Lab, MIT - 高通量治療發現
五、疫苗
從長遠來看,疫苗對於根除危險病原體尤為重要。許多公司正在開發和測試幾種不同類型的疫苗。疫苗會訓練免疫系統識別病毒,以便在感染的第一時間清除病毒。疫苗可以由多種不同的生物分子製成:DNA、RNA、蛋白質、病毒樣顆粒或滅活病毒。更多信息可查看WHO候選疫苗的相關網站。
1.滅活病毒疫苗
Codagenix
Humane Genomics
Sinovac
2.病毒樣顆粒(VLP)疫苗
Medicago - 在植物中表達
3.非複製型病毒載體疫苗
Altimmune
CanSino Biologics - 正在進行1期臨床試驗
GeoVax
Greffex
Institut Pasteur, with Themis and the University of Pittsburgh
Johnson & Johnson
Vaxart
4.mRNA疫苗
Arcturus – 與Duke-NUS醫學院合作
BioNTech and Pfizer
CureVac
HelixNano - 多抗原mRNA疫苗
Imperial College London
Moderna - 正在進行Ⅰ期臨床試驗
5.DNA疫苗
AnGes Inc. - 與大阪大學合作
Inovio
Takis - 應用DNA科學和Evvivax
Zydus Cadila
6.蛋白疫苗
AJ Vaccines
Clover Biopharmaceuticals - 與GSK合作
EpiVax
ExpreS2ion
Heat Biologics
iBio and CC pharming — 植物中表達的蛋白
Ligandal
Novavax
Sanofi
University of Queensland
7.其他疫苗
Prokarium
8.佐劑
DynaVax
六、製造與大規模生產
一旦一種新的抗病毒療法或疫苗完成開發及測試,就需要對其進行大規模的運輸。
Culture Biosciences – 生產工藝優化和開發
疫情當前,全球科研社群空前團結,無論是生物學領域的診斷、治療和疫苗開發,還是臨床醫學領域全球醫療工作者的集結、逆行與信息共享,我們在危難中看到了全人類的凝聚力。只有全球團結一心,才是我們得以獲得最終勝利的希望所在。
參考鏈接:
https://www.ginkgobioworks.com/2020/03/22/synthetic-biology-and-beyond-community-response-to-covid-19/
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