自從日本江戶幕府於寬永年間（1624～1643）發佈鎖國令後，專念於國泰民安，根本不考慮海權興衰及海外發展，海運事業衰敗到了頂點。黑船事件，閉關鎖國的局面被打破後，幕府號召各藩推廣、傳授使用艦船的技術，文久元年（1861）傳令各藩，獎勵建造大型船隻、鼓勵購買外國艦船並允許在國內自由航行，對不熟悉航海者可根據要求借予領航員和水手；意在加強國防事業。翌年幕府撤銷鎖國令、解除了出航海外的禁令。
隨後在明治維新時代，日本海運業有了進一步發展。三菱公司的創始人巖崎彌太郎就是這個時代的弄潮兒。
巖崎彌太郎是前土佐藩士，曾擔任小參事。利用管理藩所有船舶之便，借用其中3艘輪船，建立了名為“九十九商會”的漕運公司，承諾平時從事東京、大阪、高知之間的船運事宜，如有戰事則專門承擔該藩運輸。該公司於1870年開業，開業當時由於勢單力薄並無顯著業績。不久，九十九商會暫時解散，之後改稱“三川商會”。
1871年7月廢藩置縣後，巖崎廉價收購了舊藩所有輪船6艘，拖船2艘，小船、帆船、倉船各1艘，於大阪再創船舶公司，並在東京設立分店，按照山內氏家徽的三柏葉製作了三菱徽章，為公司取名為“三菱商會”。三菱商會成立一兩年後，業績勢如破竹，遠遠超過郵政蒸汽輪船公司（1875年承攬郵政業務後改稱為三菱郵政輪船公司），更加熱衷於擴張業務，國內的航運業很快便在其掌握之中。
1874年發生佐賀之亂，三菱公司為執行公務將總部遷至東京，大阪變為分公司，業務繼續擴大。不久政府出兵臺灣，與內地的佐賀小動亂不同，軍隊及軍需品的運輸只能全部依靠船舶。當時政府認為僅國內航業無法勝任此重要任務，欲請求當時仍掌握著日本海運主權的美、英、法等外國輪船公司中最為強大的美國太平洋輪船公司承擔運輸任務，並秘密與其交涉。但是美國宣佈嚴守局外中立，命令該公司薛覺商談，使政府的計劃完全落空。無奈之下，政府緊急撥款150.68萬兩銀，購入13艘輪船。但是由誰來管理及使用這些輪船，又成為政府頗為頭痛的難題。
三菱公司認為必須掌握這個大好時機，上書政府曰：“願以弊公司所有數艘輪船報效國恩於萬一”，此前大隈重信便認為巖崎具有超人之處，大久保利通同樣認為巖崎志向遠大。且大久保雖身為內務卿卻施壓朝野，大隈雖身為大藏卿卻言凌眾官，故政府一致決定接受巖崎建議，將購入的船舶交予三菱公司，委託其承擔所有軍隊及糧食運輸（當時郵政輪船公司也承擔部分運輸任務，但業績不佳），以應對一時之急務。此為三菱公司成功的第一個階梯，此間獲利甚多，三菱公司由此名震天下。
侵略臺灣結束後，政府越發感到擴大海運的緊迫，遂加大幹涉保護政策的力度。並認為三菱有功，將曾經託付予其使用的所有軍用船舶無償贈予三菱，助其擴大事業。其間郵政輪船公司解散，政府又將該公司所屬的18艘船舶收購，全部交給三菱公司使用，其條件是承擔郵政運輸任務的所有船舶，無論平時還是戰時只要政府需要就必須供政府使用。政府為促進海運事業，自1875年起連續15年每年向三菱提供25萬日元特殊補貼；此外責成三菱公司成立商船學校（即三菱商船學校）及水手、伙伕培養所，以達到培養海員的目的；為此政府每年提供1.1萬日元的專項補助金。至此，三菱公司的基礎已經到了不可動搖的地步。
1877年2月西南戰爭爆發，此戰成就了三菱的海上霸權，使公司的創立者及經營者、土佐鄉士巖崎彌太郎一躍成為日本的海上王者。戰爭初始三菱奉命運送軍隊和糧食等軍需物資，出上海航線船舶之外，所有船舶皆為軍用。同年6月，平定叛亂尚未可期，三菱請求政府再度購入五六艘大小輪船，否則運輸任務難以完成，並要求一次性給予70萬美元的購船補貼。為解燃眉之急，政府不得不完全應允三菱的請求，三菱在政府補貼的基礎上加入公司資金38萬兩銀購入輪船10艘，業務急劇擴張，海上的無限利益悉為三菱壟斷。在海上擴張力甚微的明治初年，唯獨三菱獲取鉅額財富，僅僅數年便成為日本唯一雄視海內的大公司，無人可以與之抗衡，這便是三菱的崛起之路。
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