明朝末年內憂外患，外有多爾袞、嶽託攻入長城，內有李自成的農民起義大軍勢如破竹的崛起。日薄西山的崇禎王朝內外作戰，已是危如累卵。一向反對和談的“鷹派”悍將孫傳庭獄中受命馳援開封，孫來不及到達，李闖已經攻取開封，孫傳庭改赴陝西任總督，擇期出關作戰。
孫傳庭此時成為挽救大明危亡的關鍵人物，他受崇禎密旨，用霹靂手段處死了與朝廷離心離德的賀人龍，掌握了一支忠誠可靠的軍隊。但此時又面臨糧餉緊缺，孫傳庭斬殺了以砂石充當軍糧數量的糧官。在失去掌握的有效證據後，孫傳庭對狡猾的富豪大戶大開殺戒，強行徵回他們巧取豪奪得到的農民的土地，以他們的家產用作軍費。
此時民間和軍中發生瘟疫，兵無戰力。趙醫官為首的眾醫生，在防控瘟疫束方面收效甚微。吳又可在江湖行醫中屢次大難不死，無論對兵痞、平民還是“反賊”一視同仁盡力施救。吳又可也見識了滿目瘡痍瘟疫奪命的場景，作為趙醫官的學生隨師入營。但師徒的治療方案相左，吳又可的意見未被採納。
吳又可繼續深入疫區，探討瘟疫的成因和治療方法。老師在治瘟過程中不幸感染，以身殉職。吳又可在擔當和逃避中糾結兩難，在孫傳廷的激勵下，吳又可擔當了抗疫治瘟的重任。能否治好軍中瘟疫，關於大明軍的勝敗，以及大明的終極命運。
吳又可找到了瘟疫起源的理論解釋，他認為：瘟疫起源於天地之間的癘氣，癘氣就像細小的塵埃一樣，雖然肉眼難以見到，但存在於無形之中，並且會通過呼吸、接觸等途徑傳播。吳又可的治療方式裡，最重要的是隔離阻斷，其次是採用中醫方劑扶正祛毒。
軍中瘟疫最終得到較好的控制，尚能一戰。孫傳庭在夜宴上，一邊同吳又可傾談，一邊密令手下殺掉沒有治癒的士兵。此時戰事緊急，孫傳庭非得如此。
吳又可不滿孫傳庭對尚未治癒者的暴戾，拒絕了孫傳庭讓他成為隨軍醫官的邀請，選擇了逃避。孫傳庭帶兵出潼關同李闖激戰，死於亂軍之中。吳又可回到老家蘇州，完成了著名醫著《瘟疫論》。
《大明劫》是一部價值被嚴重低估的傑作，風格沉鬱悲涼，角色刻畫到位。主角孫傳庭和吳又可分別由實力派戲骨戴立忍和馮遠征扮演，角色張力十足且性格豐富。青年藝術家餘少群客串了戲份不多的崇禎皇帝，小野麗莎用不太標準的中文奉獻了哀婉動聽的片尾曲。
電影有兩條主線：一條線是孫傳庭出獄救國，他救的是大明帝國。孫傳庭是一個高級將領，也是一個政治家，為了整體利益和大局觀，他不得不採用酷烈的超常規的手段；一條線是吳又可行醫救人——他救的是大明的百姓和軍人。吳又無意於功名，他堅持的是醫者仁心的人道主義立場。兩者在底層價值觀上是有根本區別的，但兩人又有相同之處：重症用險藥，亂世用重典。即為了達到良好的目的，會採用激烈的非常的手段，如吳又可治病常使用大黃一類虎狼之藥，以達到快速去毒的目的。在老師趙醫官等人盲從醫典的情況下，吳又可能堅持自己的獨到的創見。
影片有很多可圈可點的細節，例如：孫傳庭宴請當地富戶，請他們贊助軍費。富戶們象徵性地捐了數十兩百來兩跟他們身家完全不匹配的銀子，還用“朝中有人”來壓制孫傳庭，但同時他們給孫傳庭私人行賄了大量金銀錦帛。孫傳庭質問：“幾百兩銀票是你們給大明的，數不清的東西是你們給我的。大明若是亡了，我孫傳庭要這些何用？”
——每個封建王朝的末期，都必然伴隨著土地兼併和極端的貧富分化。地主豪強兼併農民土地，農民流離失所衣食無著，為了生存必然要挑戰原有的社會秩序。這，幾乎是封建社會衰亡的鐵律。孫傳庭對這些情況有深刻洞察和認知，所以片中他說：什麼是人心？人心就是糧食！這就是李闖能失敗千百次崛起，而我一次都不能失敗的原因！
富戶豪強們不僅偷稅、漏稅，甚至勾結軍隊中下層將領，用死亡的士兵和農民冒領人頭逃避納捐。在孫傳庭已經收集到他們的罪證欲繩之以法時，富豪們甚至跟軍中將領勾結縱火銷燬作證。因此，孫傳庭只能使用暴力機器掃除那些絆腳石，暫時收拾人心。
地方豪強的貪婪腐敗，也必然是因為朝堂上有“保護傘”存在。孫傳庭能殺掉治下的蛀蟲，暫時強徵他們的家產解決軍費問題，但孫傳庭無法改變整個晚明的政治生態，因此他終究註定是個無力迴天的悲情英雄。
吳又可開始只是個江湖遊醫，因為自己的醫技和中間立場，在多次險境中得以不死。他對疫病的認識來自於深入現場的觀察，和作為醫者治病救人的不變初心。影片中，吳又可打開窗戶，指著光束裡的塵埃，對雲舒講說瘟疫原理的場景，是最明亮的一幕。對於一個技藝、科學工作者來說，最愉快的時刻就是“我找到了”。
影片的角色設定如果比照真實的歷史，是存在一定缺陷的。
歷史上的吳又可生於1582年，而孫傳庭生於1593年。吳又可實際上長孫傳庭11歲，而影片中的設定顯然吳又可比孫傳庭年輕。歷史上記載，吳又可的主要行醫範圍在江蘇、浙江、河北、山東一帶，吳又可未必真的去過明軍中行醫。而且，當時孫傳庭領導的明軍未必發生過大規模的瘟疫。但藝術作品畢竟擁有演繹發揮的權利，需要來源於生活現實但無需照搬照套現實。
吳又可的醫道操守，研究疾病的方法，善於總結靈活施治的特色，著述留世啟發後學的覺知……都值得今天的中醫們學習。
中醫是中國傳統文化當中極其重要的一部分，“中醫藥是一個巨大的寶庫”。然而今天的中醫學子們，學習勁頭、精神面貌、文化素質普遍讓人堪憂。數年本科讀完，《黃帝內經》可能都沒有瀏覽完，更不用說精讀。十二經絡歌背不全，湯頭歌背不了幾首，醫古文看得吃力……都是司空見慣的現象。因此，要發展中醫，最關鍵的是改革和發展中醫教育。其中必不可少的環節是：繼續重視和提升傳統文化建設——古代大醫無不有深厚的傳統文化修養；用現代實驗去發現和論證中醫藥的原理和效用，逐步建立“中西醫結合，中醫為體，西醫為用”的機制，發揮中醫藥“簡便廉驗”的特點，發揚中醫藥在預防疾病治療未病方面的優勢……這些，都是此次疫後亟待考慮的問題。
吳又可的名方“達原飲”，在2003年的“SARS”中發揮了奇效，而近日多則“新冠肺炎”的治癒病例中，中醫藥也呈現了越來越重要的優勢。
歷史上的孫傳庭本是文官，因為富有才華謀略多次越級擢拔，國難當頭能擔當救亡的永遠是那些正直無畏的勇者，無論他是書生還是將帥。孫傳庭本來仕途暢通嗎，後來主動請纓成為負責征剿農民軍的武將。
孫傳庭那種苟利國家和人民，不避生死，為達到良好的目的，不計手段的酷烈和權變，在特殊的時刻往往是必要的。如果廟堂之人都僅僅推崇權術，如果將領個個溫良恭讓，甚至像影片中的“長腿將軍”賀人龍那樣擁兵自重食祿自肥，那麼一個王朝註定將無可避免地走向終結。
可惜這樣一個卓越的將領對很多事是無法迴天的，面對軍中的腐敗孫傳庭甚至有過迷茫：“投筆從戎十幾年，我到底為誰而戰？為誰？”
孫傳庭戰死沙場，夫人馮氏投井自殺；吳又可完成中醫傳染病學不朽名著《瘟疫論》後幾年，滿人入關，吳又可拒絕剃髮易服而被殺死，妻子云舒殉情自殺。
晚明的腐敗讓人心痛，晚明的衰弱讓人悲哀，但晚明的人——從崇禎這個生性多疑但國破家亡時寧願砍殺家人而後自縊也不俯首投降的皇帝，到孫傳庭那樣酷烈實幹馬革裹屍的將領，到吳又可那樣處江湖之遠只願拯救黎明疾苦而不願改易衣冠苟且偷生的民間醫生，到孫夫人那種賢良貴婦和雲舒那種重情義的民女……晚明又保留了高亢悲涼的血性。
江山有代謝，而醫道長存。陽剛血性的氣質，戰天鬥地的精神，是中華民族在任何時代都必不可少的特質，即使是當下的中國。
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