聽說劇透會被人打的哈哈哈
12戰慄的樂譜
不久之前發生了以音樂家為襲擊目標的連續殺人事件，被害人均出身於原著名鋼琴家領銜創建的一所音樂學院。柯南等一行人，受到了這位鋼琴家的邀請，出席由他出資建造的音樂廳的落成典禮音樂會。音樂會的亮點是巴赫彈奏過的管風琴和世界著名的斯特拉迪瓦里琴的音色，以及擁有絕對音感的天才歌手的歌聲。可是，在音樂會正式舉辦前，陸續發生了許多可疑案件。而正式演出當天，柯南他們所在的音樂會會場突然發生了爆炸，陷入一片火海。
13漆黑的追蹤者
以東京為中心發生了6起連環殺人案件。除目暮警部外，還有各縣刑警和小五郎參加了調查會議。令柯南意想不到的是，他發現一位會議上的刑警進入了一輛跑車裡。"那輛車……難道是，琴酒的?""黑衣組織"中的一人潛入了調查會議，並乘琴酒的車逃走了。危機一觸即發。如果讓琴酒知道工藤新一還活著的話，不僅會危及新一，還有柯南身邊的人。意識到事情危險性的柯南獨自開始調查。
14天空的遇難船
針對以全世界珍貴寶石為目標的怪盜基德，燃燒著對決的執念的大富豪·鈴木次郎吉發出了挑戰書:有本事就來盜取世界上最大的飛艇鈴木號中收藏的寶石"天空的貴婦"吧。時間限制為東京⇔大阪間的6個小時。被次郎吉招待的小五郎、小蘭、柯南、少年偵探團的孩子們也乘上飛艇。以天空為舞臺的頭腦戰就此揭幕。就在此時，神秘組織"紅色暹羅貓"襲擊了飛艇。
15第11個前鋒
毛利偵探事務所突然接到一通威脅電話，路上的汽車就在小五郎的眼前爆炸了。"藍色的少年與藍色的斑馬，從天而降的雨……"若不能根據犯人寄來的挑戰書解讀神秘暗號，便無法阻止接下來的爆炸。小五郎和毛利蘭在米花市內來回奔走，卻完全找不到破解暗號的方法。而正當柯南與灰原哀和少年偵探團一起、沉浸在觀看最愛的足球比賽的快樂之中的時候，得知了威脅電話的事情，為了解讀暗號柯南獨自一人離開了球場，卻得知了無人能夠阻止的恐怖事實。
16絕海的偵探
映著朝霞的海面上，漂浮著裝有炸彈的神秘可疑船隻。那艘船是一切的開端。京都舞鶴港海域。海上自衛隊舉行寶貴的宙斯盾艦航海體驗。柯南、小蘭、小五郎、少年偵探團一行人享受著用電子武裝的高科技軍艦施展的大震撼力。然而突然，響起轟鳴聲，艦內空氣流動不穩。不久，發現了沒有左臂的遺體。那裡，留下了一些疑點。著手調查的柯南，得知艦上乘上了某國的間諜"X"。這次航海中，隱藏著遠超想象的足以顛覆整個日本的巨大陰謀。
17異次元的狙擊手
以635米的高度為傲、可以俯瞰東京街景的鈴木塔竣工。前往參加其開幕儀式的柯南等人，從眺望臺上享受著絕美的景色。就在此時，一發子彈擊碎了窗戶玻璃，打穿了一個男人的胸膛。案件發生於一瞬之間，完全搞不清到底發生了什麼，小蘭與少年偵探團都陷入了恐慌。柯南立刻利用追蹤眼鏡的望遠鏡功能，沿著彈道發現了一個黑色的身影。"從那麼遠的距離進行狙擊，難道說……"柯南馬上與女高中生偵探世良真純乘坐摩托車追趕逃走的狙擊手，意想不到的是狙擊手居然連警察的巡邏車都打算一起炸掉，整個追蹤過程都被其玩弄於股掌之中。結果，這場激烈的追蹤將FBI(美國聯邦調查局)也捲入其中，犯人以及狙擊事件的謎團都消失在了大海里。於是柯南和世良協力，而警察和FBI合作調查此案，終於查出了美國海軍特種部隊"海豹突擊隊"的存在。其實這起狙擊事件不過是接下來將發生的大混亂的第一步。與此同時，住在工藤新一家的神秘研究生衝矢昴也不動聲色地秘密行動起來。
18業火的向日葵
曾經在日本被燒燬的梵高名畫《向日葵》在聚集了大富豪的紐約拍賣會場中標。鈴木次郎吉以3億美元的史上最高金額得到了這幅名畫，他的目的是收集散佈在世界上的7幅《向日葵》。前所未有的大規模展會在以擁有鐵壁般的安全系統著稱的日本美術館雷克洛克舉辦，這一夢幻般的新聞發佈至全世界，柯南和小蘭也關注了新聞轉播。次郎吉打算召集通稱為"七武士"的專家來保護《向日葵》，但此時怪盜基德突然現身，在發出宣戰佈告聲稱自己必定要奪取這幅名畫之後便離去。在下一個瞬間，高中生偵探工藤新一的身影在騷動的會場中現身了，他自稱是由於聽說了基德的傳聞才前來的。而在數日之後，搭載著《向日葵》的客機飛行在前往日本的高空中時，再次遭到白色影子的襲擊。圍繞著獨一無二的至寶，謊言與真實紛繁交錯的藝術之謎開幕。
19純黑的噩夢
某個漆黑之夜，日本警察內部遭間諜侵入。英國的MI6(軍情六處)、德國的BND(德國聯邦情報局)、美國的CIA
(美國中央情報局)等各國情報機關，甚至FBI的機密數據都被竊取。千鈞一髮之際，安室透率領公安警察及時趕到。間諜奪車而逃。安室與其在高速公路上進行了激烈追逐，就在其它車輛也將被牽連其中而釀成慘案的瞬間，間諜的車被FBI赤井秀一的來福槍子彈擊中，從公路上墜下。第二天，柯南一行人到東都水族館遊玩。剛剛翻新的水族館盛況空前。在其特色賣點巨大摩天輪之下，柯南發現了一名獨自站在那裡的外表端莊秀麗的受傷女子。定睛一看，她左右眼虹膜的顏色是不同的，即俗稱的"雙色瞳"。可是，女子已是連自己的名字也不記得的失憶狀態，所帶的手機也已損壞。柯南等人商定幫助她找回記憶，就這樣與她一同行動。而這被貝爾摩德在暗中從頭至尾監視著。隨後貝爾摩德拿出了消音器，對著身上的通信器說道，"計劃很順利哦，琴酒。"20唐紅的戀歌
大阪的地標--日賣電視臺突然發生了爆炸案。此時，臺內正進行由日本百人一首協會帶頭的"皋月會"舉辦的皋月杯的發佈會的錄製。突發的事態引發了大恐慌。從轟隆作響的即將崩塌的大樓中，關西名偵探服部平次和他的青梅竹馬·遠山和葉兩人被千鈞一髮之際趕到的柯南平安救出。案件如恐怖襲擊一般，然而犯人的目的無人知曉，甚至連犯罪聲明都沒有出現的無法理解的狀況令柯南和平次不禁感到蹊蹺。在此番騷動中，柯南等人與堅稱是平次的未婚妻的女子相遇。她的名字是大岡紅葉。聲稱"平次是年幼時被求婚的命中註定之人"的紅葉，竟然是百人一首的高中生冠軍，是被稱為未來的女王的存在。與此同時，在京都嵐山的日本民宅內，發生了皋月杯冠軍遭殺害的案件。那時，在殺人現場的顯示器中映現的，是紅葉的身影。
21零的執行人
東京灣的新設施"Edge of Ocean"(大洋邊緣)成為東京峰會召開地。在峰會召開的5月1日，會有2萬2千名警察出動。這樣的超巨大設施，某天突然發生了大規模爆炸案!那裡，有從屬於指揮全國公安警察、俗稱為"零"的警察廳秘密組織的安室透的身影。在峰會當天沒有發生，而是在事前發生的爆炸案，以及秘密暗中出動的安室的無法理解的行動令柯南不禁感到蹊蹺。現場留下的作為證據的指紋，與曾在警視廳就職的毛利小五郎的指紋一致!這是什麼樣的陰謀。柯南與安室圍繞小五郎的逮捕開始敵對。神秘的存在--安室透，究竟是敵人，還是夥伴?"絕密任務"的倒計時，已經開始向"那個時候"轉動起來了……
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