根據目前可得的史料，波斯人在埃及的統治方式主要是岡比西斯二世和大流士一世確立的。岡比西斯二世從公元前525年至前522年在埃及進行統治。儘管古典作家描述他在埃及的殘暴行為，但吳佳霍瑞斯奈特雕像上的銘文卻表達了相反的情況。吳佳霍瑞斯奈特是埃及人，曾是古埃及第26王朝國王阿馬西斯和普薩美提克三世的海軍軍官，見證了岡比西斯二世的入侵和埃及舍易斯王朝的崩潰。他受命成為波斯國王的廷臣，擔任波斯國王的首席醫師和舍易斯城奈特神的祭司。在他的建議下，岡比西斯二世恢復了舍易斯城的神廟運轉和宗教崇拜。這份銘文史料至少表明岡比西斯二世從形式上接受了埃及王權的統治方式，提拔埃及本土人輔助其管理埃及，展示出來對埃及當地宗教的部分尊重。當然，岡比西斯二世在這期間，從埃及出發攻打努比亞和利比亞，從而使他在埃及並沒有進行更多的建設活動。他沒有改變埃及原有的社會結構，只是往裡面加入了一些波斯人而已。大流士一世鎮壓了埃及的反波斯起義之後，對埃及實施了政治、經濟和文化等方面的統治。
大流士一世與岡比西斯二世一樣，都採用了埃及國王的頭銜，稱自己為“上下埃及之王”和太陽神拉之子。然而，他們並不打算在埃及居留下來，無意對埃及進行直接統治。大流士一世將整個波斯王國分為20個總督區，將埃及作為第6總督區，派總督管理。總督居住在孟菲斯城，是埃及的首席行政官，負責監督埃及最高層次的事務，例如稅收和為波斯王國政府提供其所需要的物品。總督一般是波斯貴族，與波斯國王有著密切關係。例如，波斯國王薛西斯一世統治時期在埃及擔任總督的就是國王的兄弟阿赫美尼斯。波斯國王安排眾多“耳目”在總督周圍，監督總督的行為，總督周圍還有一些波斯籍的官員。“檢察官”參與政府的司法事務；財政大臣領導財政部，該財政部按照波斯國王的財政部設計。財政部裡還有一些“王室書吏”，他們是埃及人，輔助財政大臣工作，或許其職責是負責翻譯文獻，將波斯人使用的阿拉米語和埃及人的世俗語言的文獻進行互譯。最初，“國庫”也發揮了一定作用。地方諾姆區劃和官員幾乎未作任何調整，保留了埃及傳統的管理組織方式。諾姆長官或許有兩個，一個是埃及本土人，一個是波斯人。埃及很多地方駐紮著波斯人領導的軍隊，士兵可能不全是波斯人，有很多希臘僱傭兵。總體上看，波斯人在埃及的行政和政府組織方式未對埃及傳統做很大改動。
狄奧多拉斯記載，後期埃及有三位著名的立法者：伯克霍利斯、阿瑪西斯和大流士一世。大多數現代歷史學家認為大流士一世曾在埃及編纂過法典，因為大流士是波斯國王，來自古代西亞，而西亞又有編纂法典的傳統。另一種說法是：在大流士統治的第3年，他命令埃及總督建立一個由戰士、祭司和書吏中的聰明人組成的委員會，記錄直到阿瑪西斯統治第44年的埃及法律。阿瑪西斯只統治了44年（公元前570年—前526年），所以大流士的目的是制定一部直到波斯征服時期的埃及法律。這個委員會工作了16年，所著法律文獻以兩種語言的版本出現：亞述語版本和埃及世俗語版本。這部法律文獻是否對波斯人在埃及的統治起到了任何作用，目前並沒有任何證據。
大流士一世也注重埃及的經濟建設。大流士一世首先在埃及東部下令挖通了尼羅河至紅海的運河。他在運河旁邊樹立的一塊紀念碑上有這樣一段話：“國王大流士宣稱：我是波斯人，我來自波斯，我奪取了埃及。我命令挖掘這條運河，從流經埃及的尼羅河到通往波斯的大海。正像我命令的那樣，這條運河被挖掘完成，船隻由埃及經過這條運河到達波斯，這是我所希望的。”運河挖掘工程在公元前510年至前497年進行，動用了幾萬埃及本土人。這條運河可以使船隻從孟菲斯出發，經過紅海和波斯灣，到達波斯沿海地區。有人據此認為這條運河是大流士出於軍事目的和將埃及財富運往巴比倫而開通的；也有人認為這條運河的開通有利於埃及人進入東部沙漠和紅海沿岸。瑏瑠這條運河必定有利於埃及人與地中海世界其他地區更緊密地聯繫起來。但從當時埃及的形勢來看，它對波斯統治者更有利。
波斯國王或許還將中部伊朗採用的一種稱為“qanat”的灌溉技術引入埃及西沙漠綠洲地區，這也有助於這些綠洲農業的發展。波斯統治時期，埃及與安納托利亞和敘利亞的貿易也有所發展。
波斯統治者從這種貿易活動中收取稅款。一份紙草文獻記錄了薛西斯一世或阿塔薛西斯一世統治時期，波斯統治者對進入埃及的貨船收取稅款的情況。波斯統治者必定通過這種方式收取了大量財富。波斯國王還通過沒收神廟土地和財產的方式獲取財富。阿塔薛西斯三世就曾沒收了大量神廟財產和神廟銘文記錄，並要求神廟祭司贖回這些記錄。可以看出，波斯統治者這些經濟建設活動的根本目的還是在於為波斯王室搜刮更多的財富。
古典作家狄奧多拉斯為了突顯岡比西斯的殘暴，記載道：大流士一世對他的前輩岡比西斯二世在對待埃及神廟的過程中表現出來的目無法紀心懷不滿，渴望過上一種對神只虔誠和道德的生活。“大流士一世征服了埃及以後，”與埃及祭司建立了密切關係，並且親自參考了有關聖書中記載的事件和理論思想的研究成果。他從這些書中瞭解到國王的偉大和友好對待臣民的態度，還模仿了這種生活方式。也正是因為這個緣故，他是所有國王（外來國王）中唯一一位在活著的時候就被奉為神靈的人，在他死後，根據埃及傳統，人們給予他與古代埃及國王平等的榮譽“。從吳佳霍瑞斯奈特雕像銘文來看，狄奧多拉斯的說法也有合理之處。大流士一世在埃及的確採取了宗教寬容政策。建築和修復神廟是他在埃及實施統治的突出特徵之一。他恢復了舍易斯的醫學院（生命之屋），建築或重建哈里傑綠洲的阿蒙神廟，也在阿布希爾、孟菲斯、埃德福和埃爾卡伯建築神廟。這些活動是在波斯國王提拔起來的埃及人吳佳霍瑞斯奈特的建議下進行的。
大流士一世的這些統治活動當中，只有政治改革被他的後代更多地遵從，至少法老頭銜、總督管理制度、中央和地方政府部門和官僚的設置與運作等基本上都得到遵守。希臘歷史學家希羅多德在阿塔薛西斯一世統治期間，即大約公元前450年遊歷埃及，他記載當時埃及是波斯的總督區。阿塔薛西斯三世征服埃及以後，在埃及進行統治的是總督培倫達鐵斯。當然，大流士一世的兒子薛西斯一世沒有采用法老的頭銜，而是採用了”王中之王“的稱號，還沒收了很多神廟的財產，從而埃及神廟祭司罵他為”壞蛋“。目前的史料未能反映出大流士一世之後的波斯國王曾進行過明顯的經濟和文化建設。我們從史料所見到的大多是波斯人在埃及進行的破壞行為。
據說，阿塔薛西斯三世殺死了阿庇斯公牛，用一頭驢來讓埃及人膜拜；他還殺死了赫里奧坡里斯的公牛和門德斯的公羊，洗劫了很多神廟和城市。埃及本土官員蘇姆圖特納赫特的傳記銘文也證實了這點。最近在門德斯的考古發現進一步表明門德斯這個城市大約在這個時候遭受了暴力毀壞和褻瀆。埃及距離波斯王國中心巴比倫城較遠，不利於波斯國王的直接統治和控制，這的確是波斯統治埃及時期動盪不安的一個原因。但從前面的敘述來看，波斯人在埃及統治不穩固還有更深刻的原因。首先，岡比西斯二世和大流士一世儘管採取了一些接受古埃及傳統宗教的政策，但並沒有從根本上接受埃及人的宗教信仰。大流士一世之後的統治者在這方面做法更為直接，明白無誤地將埃及視作征服地，完全沒有接受埃及的宗教信仰，甚至做了一些傷害埃及人宗教情感的事情。這使埃及本土人，尤其上層埃及人和神廟祭司，始終將波斯統治者視作外來征服者，不能從內心深處接受他們的統治。傳統上，埃及人認為外來統治者不具有法老的神聖屬性，認為他們破壞了宇宙秩序、正義和真理（瑪阿特），使邪惡戰勝了正義。這對於埃及社會來說是致命的危害，是無論如何都要消除的。古埃及人在這樣的觀念驅使下必然要進行持續不斷的反波斯鬥爭。
其次，整體上看，波斯人沒有在埃及本土實施直接統治，而是在波斯王國核心地區的巴比倫遙控統治，行使直接統治權的是總督。這就完全把埃及降為一個行省，使埃及失去了獨立地位。
此外，在130多年的時間裡，只有大流士一世真正用心地統治埃及。他進行了一些可以緩和統治者與被統治者之間的矛盾、有利於波斯統治的政治、經濟和文化建設。即便如此，他以征服者的姿態出現，將埃及視作其佔領地，其建設埃及的根本目的在於促進波斯王國的強大。這就使波斯統治者不能深入改變埃及社會結構，只是在埃及原有社會結構的基礎上強加上一些波斯人的統治元素；也使他們不能處理好統治者與被統治者、波斯人與埃及本土人之間的關係。
最後，波斯統治者始終將埃及作為波斯王國核心地區巴比倫發展強大的人力和財力來源地。埃及工匠在波斯從事建築工作，埃及陸軍和海軍在大流士一世和薛西斯一世對希臘戰爭中發揮了重要作用。波斯統治者還把沉重的賦稅和勞役強加在埃及本土人身上，最終使埃及社會和人們的經濟狀況日漸衰落，這構成了激化波斯統治者與埃及本土人之間矛盾的根本原因。
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