最近幾年，農戶逐漸重視菌肥的施用，但很多農戶反映施用菌肥後，效果不明顯。這是怎麼回事?
一、土壤菌肥不匹配
土壤有酸鹼之分，有機菌肥也有pH值，菌又有真菌、細菌之分。
中性和微酸性土壤宜施細菌性有機菌肥。鹼性土壤宜施絲狀微生物的藻類有機菌肥，施用後能固定空氣中的氮，幫助果樹利用其他狀態存在的氮素養分。
其實土壤中微生物也很多，數量也很大，大部分微生物對作物的生長髮育、土壤的團粒結構、物質循環都有很大影響，還能分解有機質和礦物質，釋放出營養元素供作物吸收利用。酸性土壤施了鹼性有機菌肥，酸鹼中和降低了肥效，也使菌種受到傷害。
有些菌是需氧性很強的菌種，如放線菌、黴菌類等施在板結透氣性差的土壤中，別說發酵繁殖，菌種本身都難以成活。
二、土壤理化性狀惡化
菌肥中的菌賴以生存的條件是有機質，而80%以上的果園都在施用無機化肥，土壤板結透氣性差，使得一些厭氣菌大量繁殖，如鐮刀菌、齊整小核菌等。
更嚴重的是有機肥極度缺乏，破壞了土壤的團粒結構，降低了土壤的保肥保水能力。
果農施商品有機菌肥一般每畝都在40公斤左右，有機質很快被分解利用，有機肥中的菌種失去賴以生存的條件不能繁衍生存，大部分死亡，這就是果農在施用商品有機菌肥中發現的地厚施有機菌肥有作用，而地薄無作用的道理。
三、土壤不利於微生物存活
果園多年不施有機肥和淺施無機肥，造成土壤板結，存氧量差，根系生長緩慢，土壤pH值發生變化。
除草劑在土壤中的殘留直接破壞了土壤的團粒結構，使土壤中的微生物死亡。
果園施用有機菌肥後，土壤中沒有足夠的微生物使菌肥發酵繁衍而形成有效的菌群，阻礙了肥效的發揮。
果園要正確選擇除草劑，既要能除草，又在土壤中殘留時間短，對土壤中微生物和土壤團粒結構沒有太大的破壞。重視有機肥的施用，改良土壤得3～5年。
四、對菌種不瞭解
這種新型肥料對農民來說是個盲區,果農要不斷學習，要認清微生物菌肥不是包治百病的萬能肥料。
每種有機菌肥有它的屬性和作用，如球狀芽孢桿菌是細菌殺蟲菌、EM菌抗重荏菌，乳狀芽孢桿菌是長效細菌殺蟲菌，枯草芽孢桿菌是真菌，能有效防治根系周圍的真菌，使作物免受侵害，地衣芽孢桿菌是細菌性防病菌。
五、施用溫度和方法不對
首先地溫要在5～35℃內施用，低於5℃菌種不能發酵繁殖，高於35℃菌種會被燒死。
有機菌肥最好單獨施用，不要和大化肥(氮、磷、鉀)混合施用,果農為圖方便常和大化肥一起施用，在兩棵樹中間挖20釐米深、寬25釐米的溝，先把菌肥撒入溝內，再撒大化肥最後填土，這和混施沒有區別，大化肥殺死了菌種。
正確的施肥方法應採取放射性溝施，挖30釐米寬、25～35釐米深的溝，先施入大化肥，填一層10釐米左右的土，再施菌肥。這層隔離帶減少了大化肥水溶下滲後殺死菌種的機會。
六、土壤中有機物不足
施用有機菌肥的關鍵要不斷培養土壤中的微生物。土壤中有足夠的有機物或腐殖質時才能被微生物菌利用，進而使土壤微生物快速繁衍，激活營養元素。
實行果園生草制。草長到15釐米不到20釐米時割刈，一年反覆進行覆蓋地面，兩年全園普翻一次以利提高果園腐殖質的含量。3～5年施一次發酵好的牛、豬、羊、雞兔等家畜禽糞。為有機菌肥中菌種的發酵繁殖提供充足的基質。為果樹在生長中提供中、微量元素，減少小葉、黃葉等生理病害的發生。
微生物菌在土壤中得作用主要是產生各種酶，分解各種養分，產生各種酸和二氧化碳，給作物提供更多養分。而微生物菌要成活和繁殖，土壤中要有足夠的有機質才行。
所以要提高土壤肥力，最主要是補充土壤中有機質，其次補充生物酶，以保障菌的存活；菌生酶，酶促菌，用工業生產的方式代替微生物菌生產酶，來促進作物對養分吸收消化。含酶有機肥能真正降低土壤鹽漬化，為微生物菌生存繁殖創造條件，進而形成土壤良性循環。
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