1592年3月，豐臣秀吉共調動了軍隊30萬6250人，以15萬8700人之陸軍部隊區分為九個軍團渡海至朝鮮作戰，以宇喜多秀家為總指揮官。
1592年4月14日，侵朝的日軍於釜山登陸。
1592年5月2日，日軍克朝鮮王京漢城。
1592年5月8日朝鮮宣祖李昖倉皇出奔平壤，隨後，日軍第一、第二、第三軍團追擊而至，突破臨津守備攻陷開城，李昖離開平壤，再繼續流亡至中朝邊境的義州，並遣使向宗主國明朝求援。
1592年6月15日，日軍攻陷平壤。
1592年6月15日明朝參將戴朝弁與遊擊史儒開始率軍渡江。
1592年7月17日黎明，明朝祖副總兵長途奔襲以遊擊史儒、王守官等為先鋒統軍進迫平壤城，此次明軍共出兵2348人、馬匹2622匹，此戰史儒遭到鐵炮命中而亡，明朝軍隊潰散，祖承訓僅以身免，渡鴨綠江撤回到明朝境內。
1592年10月16日，明朝從全國範圍調集了4萬精銳，命李如松總理薊、遼、保定、山東軍務，並充任防海御倭總兵官，其弟李如柏、李如梅為副總兵官，一同開赴朝鮮。
1593年元月5日明軍進抵平壤城下。
1593年元月8日與小西行長的第一軍團18000人戰於平壤。此戰明軍取得平壤大捷，收復平壤，隨後又收復開城，並且進攻漢城。
1593年3月19日，日軍因為缺糧，被逼由漢城撤退。
1593年5月四川參將劉鋌率軍五千趕赴援朝，並被任命為副總兵。日軍撤退至釜山。
1593年6月中旬日軍攻打朝鮮南部的晉州城，日軍攻陷晉州城。
1593年6月，戰況陷入僵局，日軍為保全佔據朝鮮南部四道的戰果，遂派使節隨同明使沈惟敬由釜山至北京城議和。
1593年7月，明朝宣詔退兵以進行日本封貢事宜，於是李如松大軍撤退，只留劉綎兵防守。
1593年9月，朝鮮國王李昖雖上表答謝明朝援救及助其復國，但是暗中對中日議和卻排除朝鮮有所不滿，此時日軍仍然佔據朝鮮南部四道，並牢牢握有釜山城。
1593年12月，明朝命薊遼總督顧養謙兼責打理朝鮮事宜，並召回宋應昌、李如松。神宗下令大兵盡撤，但同時強調，雖然撤兵，“但倭情狡詐，未可遽稱事完”。
1595年1月，明朝遣使去日本封豐臣秀吉為日本國王，豐臣秀吉對此勃然大怒道：“吾掌握日本，欲王則王，何待髯虜之封哉！”，摔詔書於地，並把中朝使團驅逐出境，這樣歷時兩年的議和徹底破裂。
1597年1月，日軍拒不退出釜山，朝鮮得知日軍再次入侵，於是遣使再至明朝求援。日本使用反間計誣陷李舜臣陰謀篡權，使得李昖將李舜臣下獄，其後將其貶為士兵，只能白衣從軍。
1597年初，日本出動陸軍141490人，水軍7200人，水陸並進再度入侵朝鮮。
1597年2月，明朝再次議定援朝徵日，以麻貴為總兵官，統率南北諸軍。
1597年3月，明朝以山東右參政楊鎬為僉都御史，經略朝鮮軍務，並以兵部侍郎邢玠為尚書，總督薊、遼、保定軍務，經略御倭。
1597年5月，邢玠趕至遼東，開赴至朝鮮的第一批明軍共約3萬餘人。
1597年6月，日本兵船數千艘停舶於釜山，逐步向梁山、熊川逼近。
1597年8月，日本攻破泗川、南海、光州，最後進攻南原。明軍副總兵楊元率領3千明軍和3千餘朝鮮軍鎮守南原，孤軍堅守數日後被迫突圍撤出，守城將士絕大部分陣亡，南原失守。隨後日軍又拿下了全州，攻陷黃石山、金州、公州等地，漢城的屏障盡失。
1598年5月明朝叫回攻略蔚山失敗的楊鎬，新增兵力給於劉鋌、邢玠並調派水陸約5萬軍力進朝鮮。
1598年9月底，明將麻貴包圍加藤清正於蔚山，兩軍互有勝負。
1598年10月，總兵官劉綎、麻貴分道出擊進攻日軍，並大敗之。明將董一元率兵3萬餘攻打日軍新起的泗川城寨，因大炮炸膛引起大營火藥庫連番爆炸，明軍亂成一片，日軍趁機出擊，泗川又被日軍奪回，
1598年10月，豐臣秀吉於死於京都伏見城的消息傳至朝鮮，日軍士氣因而受挫，開始準備撤退。
1598年11月，日軍無心戀戰，由蔚山撤離，明軍分道進擊。加藤清正率乘船撤退。就在日軍將領撤退之時，陳璘派遣鄧子龍偕同朝鮮李舜臣聯合出擊，在露梁海上截擊想援救小西行長的日軍援軍立花宗茂、島津義弘、小早川秀包、宗義智、寺澤廣高等部。此戰鄧子龍和李舜臣陣亡，立花宗茂接應小西行長使其成功逃離朝鮮。
1598年12月，留在朝鮮的日本殘兵再次由乙山偷渡，明將陳璘向其連珠炮發，日軍只得逃去，陳璘領明軍追擊。
1599年四月，明軍班師回朝，萬曆帝升座午門，接受都督邢玠等獻上的日本俘虜六十一人，都“付所司正法”，砍下來的敵人的頭顱傳送天下。同日，萬曆帝接受百官朝賀，祭告郊廟，把獻祭祖先的果酒都分賜給了內閣官員們。次月，頒《平倭詔》詔告天下。
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