正當戊戌變法緊鑼密鼓進行的時候，以慈禧太后為首的頑固派，是絕對不能容忍這種變革發展下去的。
更使她惱火的是，她親手扶植的光緒皇帝，竟和維新派聯合起來，向她爭奪權力。她決心把光緒帝廢掉，另立新君。
早在變法命令發佈的第四天，慈禧太后就逼光緒皇帝以自己的名義下了三道命令。
一是把光緒皇帝的老師、協辦大學士、戶部尚書翁同龢送回原籍，翁同龢是帝黨的首領，又是光緒帝和維新派聯繫的橋樑，趕走了他就把光緒皇帝孤立起來了。
二是以後新任命的二品以上大臣，都需到太后面前謝恩，慈禧太后就把用人大權抓到手裡了。
三是任命慈禧太后的親信榮祿為直隸總督，統率北洋三軍。西太后覺得這樣還不穩妥，又進一步任命崇禮為步兵統領，這步兵統領，掌管京城九門警衛，又稱九門提督，是個要害部門，連一二品官員也怕他三分。
並派八旗官兵把守紫禁城，監視一切可疑的人。這樣慈禧太后佈下了天羅地網，充滿殺機。
她還秘密策劃，打算秋後帶光緒皇帝去天津閱兵，叫榮祿發動兵變，逼光緒皇帝退位。看來光緒帝的寶座真是朝不保夕了。
光緒皇帝當然也聽到風聲了，他就像熱鍋上的螞蟻一樣坐臥不安，9月14日和17日，給康有為寫了兩封密信，一是說自己的皇位保不住了，叫他們趕緊想辦法。二是要康有為趕緊離開這危險萬分的北京城，留著性命，以後為他效力。
這些書呆子們能想出什麼好辦法呢？只能面對皇帝的書信大哭一場。
最後決定由有康有為去找他們的兩個洋顧問，一個英國人，一個日本人。希望通過他們的大使館，給西太后說一下減輕光緒皇帝的壓力。
不想英國公使到北戴河避暑去了，日本人也表示單靠他們無能為力。康有為沒辦成這件事，便化裝逃離了北京。
維新派還想到了曾經參加過強學會的袁世凱，他現在是駐天津新建軍的頭子，光緒帝近幾天還召見過他，升了他的官職，也許會支持他們。
就由維新人士譚嗣同在18日夜，去袁世凱在京的住處法華寺，秘密會見了他。
袁世凱見面客氣的說：“譚大人這麼晚來有什麼事情？”譚嗣同不會拐彎，直接問：“你認為當今皇上怎麼樣？”袁世凱裝出十分忠誠的樣子說：“皇上是從來沒有過的明君。”
譚嗣同說：“榮祿準備乘皇上到天津閱兵的機會，用武力廢掉皇上，現在皇上大難臨頭了，只有你救他……”
說著拿出了光緒帝的密詔，還說，你要是不願意就去太后面前告密，殺了我就可以升官了。
袁世凱馬上裝出一副非常激動嚴肅的面孔，說你把我姓袁的看成什麼人了，皇上是你我共同的主人，救皇上也是我的責任，如果有何吩咐，我萬死不辭！
又說我殺榮祿，就好比殺一條狗那樣容易。忠厚豪爽的譚嗣同相信了他。袁世凱卻連夜趕回天津，向榮祿告密，榮祿更不敢怠慢，立即到北京向慈禧太后報告，維新派就這樣被出賣了。
21日早上，慈禧太后從頤和園趕回紫禁城，訓斥光緒皇帝說，我撫養你二十多年，你竟聽信小人的話要謀害我。光緒帝說：我沒有這個意思。西太后罵道：蠢東西！今天沒有我，明天還會有你嗎？
說完他就把光緒皇帝囚禁在中南海瀛臺島上，對外說光緒皇帝病了。慈禧太后再一次臨朝訓政，宣佈廢除一切變法法令，戊戌變法失敗了。
慈禧太后派兵抓康有為撲了個空，抓走了他的弟弟康廣仁。梁啟超、林旭等維新派的首領都在譚嗣同家裡。
大家感到大禍臨頭了，非常緊張，只有譚嗣同非常鎮靜，他卻梁啟超去日本使館，想辦法給日本駐上海領事發個電報，等康有為逃到上海，請他們幫忙救救他。
梁啟超說你也很危險，咱們一同去日本使館吧！譚嗣同說：各國變法哪有不流血的？中國變法流血，願從我開始，你快走吧！
第二天他又把過去的文稿、書信送到日本使館交給梁啟超帶走，梁啟超又一次勸他一同去日本，他說：如果沒有人走，將來維新事業就沒有指望；如果沒有人死，怎麼能喚起後來的人呢？
後來譚嗣同、林旭、楊深秀、楊銳、劉光弟被捕，連上康廣仁六人被殺害於北京菜市口，歷史上叫戊戌六君子。
剛剛三十三歲的譚嗣同在刑場上面不改色，鎮靜自若，對圍觀的百姓悲憤的說：有心殺賊，無力迴天，死得其所，快哉快哉！表現了他為維新事業獻身的精神。
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