黃淳耀比顧炎武、黃宗羲、王夫之更早提倡復興古學、經濟干時，他研究六經奧旨，重視實學，對清初學術有過先導貢獻。他竭力反對剽摹譎怪之習，厭棄明末浮華學風，對清初文壇亦可謂影響深遠。郭紹虞先生在《中國文學批評史》中說他合性理、事功、文章與做人於一體，超越了秦漢、唐宋派別之爭，直達文章正宗的境界。
狂生歸莊曾向黃淳耀請教古文宗法上的困惑，希望黃氏能幫他決斷是該“宗秦漢”還是“學太僕”，黃氏答曰：
近代空同、大復、歷下、弇州之宗漢也，得其皮毛；唐宋諸公之宗漢也，得其神髓……昌黎所謂“師其意不師其辭”與所謂“古人為文本自得”者，真超然獨見之言矣，然後知昌黎以下諸公之善於宗漢矣。若夫何、李諸公之宗漢，徒摘其成文，章而句繪之，天吳紫鳳，顛倒裋褐，而顧自詫其機杼之工，真不滿識者之一笑也。
《答歸元恭書》代表了黃淳耀的古文觀念。他反對前後七子標榜秦漢文，因他們專好剽襲模擬、尋章摘句以繪飾譎怪，僅得“皮毛”而遺“神髓”。他認為，秦漢古文神髓來自六藝，唐宋古文亦得六藝神髓，“不學六藝，又烏可以學漢”。要之，古文最根本的“意”（義理）在六藝中，向唐宋諸公學習是通向秦漢古文的必然途徑。或曰，要向三個時代的“師傅”學習：古文根柢六藝，要學到六藝真精神就得向遷、固等漢人學習；唐宋諸公善於宗漢，師其意而不師其辭，後人要學漢文章，就得向韓愈、歐陽修、曾鞏、王安石諸“師傅”學習；明代得唐宋古文神髓的是宋濂、方孝孺、唐順之、歸有光，而李夢陽、何景明、王世貞、李攀龍等人優孟衣冠、徒弄機杼。因此，他建議歸莊“直接以荊川、震川諸公”，溯湖觀海，獲取六藝真髓。黃氏的古文觀，與艾南英的由唐宋入秦漢，尤其由曾歐入左氏、史遷的觀點大體一致，沿襲了王慎中、唐順之、歸有光、茅坤等唐宋派的觀點，而就其中顯露的文道關係來看，則是本於宋濂的文論。宋濂從師古之道與師古之心兩個角度來論古文，講求上紹六經、明道致用，師法唐宋，由唐宋入秦漢，甚至直言韓愈、歐陽修的文章就是周秦西漢之文。黃氏繼承之，列出學習古文的漸進圖：唐順之、歸有光——明初宋濂、方孝孺——唐宋韓、歐諸公——西漢文——六經。
門人侯玄汸跋《黃蘊生先生陶庵全集》，記述黃氏逝世前三個月手選詩古文各一卷，自述學習古文辭的路徑，即黃氏文論之總綱：“古文近代自以荊川、震川一派，為學唐宋大家之津筏，以唐宋大家為學秦漢之津筏，而必經經緯史，為之淵源……然不明心見性、立其根極，即無所為詩文也。”黃氏承繼的是自韓愈、宋濂一路而來的因文求道的論文宗旨，同時又受心學、佛學思想的浸染，講求真性情的抒發。然而此“明心見性”的真性情與李贄、公安派的“童心”、性靈不同，是受儒家溫柔敦厚詩教滋養過的沖和純粹之性情，是時時刻刻被照顧的“主人公”（《答侯雲俱智含兄弟書》）。在實際的文學批評中，黃氏頗為通達，並不拘於傳統詩教的一定之見，此點與宋濂相似，一方面因他處處以宋濂為榜樣，另一方面也是因為他與宋濂一樣並非醇儒，深嗜佛學，受時尚影響吸收心學“致良知”所致。針對當時浮靡的模擬之風，黃氏非常強調韓愈、歸有光之“自得”，以“師其意不師其辭”為學六藝學漢的表現。《上座師王登水先生書》雲“嘗謂古之立言傳世者，非其有得於心，則莫能為也”，“有得於心”是黃氏受陽明心學和王慎中、唐順之文論的影響而開出的對治剽摹之病的良方。
黃氏文學思想所受最強烈、最直接的影響還是來自歸有光。嘉定文人自元末明初王彝指斥楊維禎纖華縟麗、“裂仁義”、“反名實”的文風始，就自覺響應、實踐、傳承鄉賢所標舉的“人同其情”“情之有節”的文學觀念。明中期經歸有光、徐學謨大闡宗風，學人更重視發揚本土“切磨問學，期以古道相振厲”的文化傳統。至唐、婁、程、李四先生，處於門戶紛立、各自標榜的明末，執守師友淵源，遞相紹述古學，並藉由錢謙益的聲望將歸氏質實真醇的文風旗幟樹立於文壇，力圖摧陷廓清空疏浮弊的氣象與幽險逼仄的格局。歸學在嘉定的傳播與光大，錢謙益早已講明，黃氏門人陸元輔亦云：“嘉定四先生之文，皆本于歸震川。蓋震川一脈，獨傳於嘉定，而及於餘子也。”（陸隴其《三魚堂剩言》）黃氏為文多得婁堅的指導，婁堅曰：“至歸太僕始棄時人之詭舛，絕不以時代為高下，謂唐宋高文不減西漢，非真知古文者其持論必不能若是之邁俗也。”（《寄姚孟長太史》）黃氏亦受到歸氏族人歸春陽和程嘉燧的影響，宗法歸有光當是自然的選擇。
王鳴盛在《黃陶庵先生重刻全集序》中梳理明代各地域詩文源流時，高標“吾疁”師法最正，指出黃氏古文“尤以荊川、震川為圭臬，不為偽體所靡”。“偽體”指七子派與竟陵派，顯然王氏認為歸有光倡導的唐宋八家為古文“正派”。黃氏古文得歸氏餘澤，真醇自然，時文“可與荊川並傳”（陸世儀《思辨錄輯要》），在地域文學史上是承上啟下的關鍵一環，尤其處於明末綺靡的文化氛圍中，其節義文章合二為一，被後學尊崇為楷模，故而王氏說：“吾輩生先生後，瓣香有在，不學先生而誰學哉？”弟子侯玄泓在《行狀》中雲：“古文力追大雅，祖左氏而宗韓歐，於明則以國初四大家、唐荊川、歸震川為則，王李鍾譚，心弗是也……平淡舂容，餘思滿衍，文如其人，所謂醇乎醇者也。”可知黃氏接受儒家正統文學觀，秉“大雅”與“醇”的政教美學，強調辭達道明，體現出因文經世的文治思想。
黃淳耀存世文不及十分之一，很難找到他關於文質方面的專門表述，但他既然反對“舍事功而談文章”，“求載道之器於漢唐宋數十家之文章”，那麼，質實、本色之文就是必然的追求了。他在《學古偶刻題辭》中批判“今人之文，險膚惷駁、華縟纖詭”，褒獎王周臣之文“實”“醇”“質”“雅”“淵淵乎”“充充乎”，正是他所推崇的古文風格。
四庫館臣稱其文“和平溫厚”，陸隴其論其文“精深純粹”，都是黃氏樸實渾厚文風的表現。蘇淵在康熙刻本的序言中說其詩文“原本經術，貫穿史學，可與景濂相匹。而天資清灑脫略、塵穢曠然，寵辱之外又有陳公甫之風，是以論其學問詩文在潛溪、白沙之間。若夫涵養完粹，即當致命遂志之時，不異春風沂水之境，此其內外澄澈”。循古代文論因人識文的慣例，“內外澄澈”可以移植評文，是其古文本色自然的成因和表現。
值得注意的是，黃氏《學古偶刻題辭》提倡“浙人之皰”式的古文風格，對唐順之“本色論”和歸有光“以質為文”作了絕好的補充，即本色、質樸之外還要“五味和合”。本色與質樸並不意味著單一，而是指自然而然，浙人之皰的魅力在於“不易其性”，各種元素融合在一起而又整體淵雅醇茂。復古思潮是明代文學的主流，黃氏也屬於復古主義者，但他的復古絕不是前後七子的模擬字句，而是強調精神復古，追本六經體現的聖賢精神，與之相應，風格上的表現就是五味和合、溫柔敦厚。
黃氏對醇雅的追求與鄉賢的教導密切相關。他敬佩徐學謨“文章政事”統統出色，大有功於糾正前後七子復古的思潮，在《徐宗題制義序》中述其功績曰：“公與弇州為同年友，周旋四十年，持論不為之變。弇州晚年頗好唐宋，而不薄歸熙父，則亦自公發其端雲。”徐學謨欣賞歸有光散文中若陶詩般流自肺腑的“淡”和“醇”，評論歸文所長在於“澹然若不經意，而妙思溢發，有得於天理人情之極致者”，大大勝於“今餖飣西京人語，勉強傅致彷彿，殊不論其人之肖與否，而一切為無情之辭，文雖工，終不古”之人（《春明稿·齋語》）。徐氏喜歡盛唐詩“實情實景，無半語誇飾”，與喜歡歸文“第攄己臆，略不為裝飾半語”一樣，源於對不磨滅真性情的“誠”的執守，在文學上顯現為“醇”的特徵。黃氏接受了這一觀念，他的道德文章一秉於“誠”，認為“文誠必傳”（《陳義扶文稿序》）。他的文章的確典雅醇實，句句源於心聲，得歸氏真傳，如朱彝尊所言：“其言和以舒，其析理也審以辨，其援據經史，博而不誣，所謂修辭立其誠者非與。”
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