万历十年（1582）六月，张居正去世。之后，大批的保守派官员参劾张居正，他们"揭发事实"，制造舆论，使张居正的形象逐渐变得虚伪和毒辣，不到半年时间，参劾的奏章一封接着一封，万历皇帝大为失望，深感自己被张居正蒙蔽了多年而不知。最后由皇帝亲自盖棺定论，其罪状有欺君毒民、接受贿赂、卖官鬻爵、结党营私等等。归结到最后，就是张居正有谋反的意图。
这一切使得年轻的万历皇帝感觉到自己错信了张居正，万万没有想到这个自己曾经最信任最尊重的老师，竟然是个不折不扣的两面派。根据锦衣卫查证得知，这位满口节俭的张先生，私生活极其奢侈，不但聚集了诸多珠玉玩好和书画名迹，还背地里蓄养了许多绝色佳人。这让万历皇帝十分伤心，因为这与张居正平时对自己的教导大相庭径。
从1582年的冬天到1583年年初，万历的情绪几乎陷于崩溃。对于张居正角色的天旋地转，万历一时之间是无法接受的。据说，清算张居正的那半年里，皇帝陛下寝食难安，夜不能寐。这当然在情理之中。纵然张居正有着诸多"劣迹"，但毕竟自己从10岁开始就跟着张居正学习，十年辅理之功，启蒙之恩，师徒之情，断然不能随着其名声的衰败而消失。皇帝也是人，如何能完全抛弃这段恩情？
与张居正类似的，还有万历的大伴冯保。为什么叫大伴？万历在裕王府出生的时候，就是冯保一手带大的。登基之后，他还依稀记得自己当初在冯保背上"骑大马"，陪自己玩耍的情景。这位大伴从裕王府到皇宫，二十年来没有片刻离开过自己，鞍前马后任劳任怨，如今因为张居正的倒台，大伴也被人参劾。结果当东厂抄没冯保家的时候，竟然发现了九颗夜明珠，数以万计的贿赂。这无疑让万历感觉到了自己被背叛。按照律法，冯保应该被处以极刑，但万历也仅仅是把他发配到明孝陵守陵，没有过重处分。
在抄张居正家的过程中，张居正的大儿子张敬修因为受不了严刑拷打自缢身亡，有人因此指责万历太过残忍，完全不念张居正辅理之情。这种说法其实并不对。万历只是下令抄家，并没有要迫害张居正的家人，不仅如此，万历还批了一所空宅和一千亩地作为张居正老母的赡养之资。而张家的惨状，是当地倒张的官员一手造成的。他们在张居正改革期间深受排挤，张居正死后就大肆加以报复，公报私仇。
其实有很多记载都能够说明，万历对于张居正之事的微妙心态。万历十五年（1587年），距离张居正去世已经过去了5年，朝中也多年没人提起过当年这位叱咤风云的权臣，仿佛张居正已经成为了过去式。但有一天万历闲来无事，他突然降谕工部，要求查访张居正当年在京师的住宅没收归官之后，作何区处了：是卖掉了，还是租给别人了？如果租给别人，又是租给谁了？由此可见，万历必定是又想起了有关张居正的往事，百感交集。否则，又何必询问一位已经了断了的公案人物？
由此可见，万历未必就真的恨张居正，至少不会一直恨下去。就算他相信张居正真的做过如此多的"恶事"，他也无法完全抛弃张居正对他的恩情。从这一点来看，万历不像他的祖宗朱元璋和朱棣一样冷血。只不过，他的这种性格也未必就是他的幸运，日后他的皇帝生涯还有更多的事情，会受到他性格的羁绊。
