食品殺菌就是以食品原料、加工品為對象，通過對引起食品變質的主要因素—微生物的殺菌及除菌，有效延長食品的保質期，並因此降低食品中有害細菌在存活數量，避免活菌的攝入引起人體（通常是腸道）感染或預先在食品中產生的細菌毒素導致人類中毒。
1、食品殺菌食品安全是一個系統工程，需要一一列出分析解決，即使種類多而雜，但受汙染途徑卻一樣，主要為外界汙染及自身汙染。
2、外界汙染外界汙染食品在加工過程中受到除自身原料、半成品以外的微生物汙染，如水中細菌汙染，空氣中細菌二次汙染，員工手部、設備、容器、工具、週轉箱等二次交叉感染，包裝材料被汙染等。
一 水的殺菌
紫外線消毒利紫外線照射微生物，可以使其分子內部產生化學反應而致死。
臭氧消毒臭氧的分子量為48，是由三個氧原子以共振結構存在，是一種強氧化劑及強力的消毒殺菌劑，其氧化力為自然界物質中僅次氟的強烈氧化劑，臭氧對水的溶解度為氧的13倍，能在短時間內大量融入水中，殺菌力可達氯的3000倍，使水中重生菌數顯著降低，澄清水質，故臭氧可用來淨化水質。
二 空氣中細菌殺滅
食品動態消毒機獨立的空氣淨化消毒裝置，有櫃式、壁掛式、頂棚式等多種形式。一臺手部消毒流程，首先溼手，滴上皂液，兩手反覆搓洗，然後在感應水龍頭下衝洗乾淨；順勢將放置在自動幹手器的出風口，熱風會自動吹出將手吹乾；最後採用75%酒精加至自動感應手消毒器內，消毒液會自動噴出對手部消毒，這樣就可以直接進入車間。
三 微波殺菌
是一種由相應電源的微小發生器、波導管理連接器和處理室組成的微波混合系統，它能夠以極其微小的溫度差異，對巴氏菌進行處理。採用這種混合系統，可以使微波的能量均勻地分佈在被處理食品上，加熱到72~85℃，並保持數分鐘，然後放入溫度只有15℃的貯藏室。該技術適用於已經包裝的麵包片、果醬、香腸和鍋餅等食品，經處理的食品保質期可達6個月以上。
四 基因殺菌
這是一種殺滅假單銅綠菌的方法，其原理是通過設法從該細菌中分離出一種基因，這種基因專門製造一種物質，負責在細菌中傳遞信息，阻止細菌形成生物膜集合體，使其毒性降低，且易被清洗掉。
五 電子射線殺菌
電子射線源或白熱絲在真空下加熱，陰極產生電子，由於電子通過真空電場時速度加快，能量高，穿透力強，可達到殺菌的效果。這種技術具有殺菌效率高、殺菌速度快、無需附屬設備等優點。
六 磁力殺菌
採用0.6特的磁力強度，將食品置於磁場的南、北兩極之間，通過搖動來不斷改變磁力的方向，可達到100%的殺菌效果，並對食品的風味和營養不產生破壞。
七 電阻加熱殺菌
利用電阻加熱裝置，讓電流通過食品，由電阻產生熱量進行殺菌。這一技術適用於水果類的殺菌及大部分食品加工。食品經此殺菌後，可在常溫下存放1年。
八 巴氏滅菌
滅菌條件為61℃-63℃/30分鐘，或72℃-75℃/15分鐘-20分鐘。巴氏滅菌技術是將食品充填並密封於包裝容器後，在一定時間內保持100攝氏度以下的溫度，殺滅包裝容器內的細菌。巴氏滅菌可以殺滅多數致病菌，而對於非致病的腐敗菌及其芽孢的殺滅能力就顯得不足，如果巴氏滅菌與其他儲藏手段相結合，如冷藏、冷凍、脫氧、包裝配合，可達到一定的保存期的要求。
巴氏滅菌技術主要用於柑橘、蘋果汁飲料食品的滅菌，因為果汁食品的pH值在4.5以下，沒有微生物生長，滅菌的對象是酵母、黴菌和乳酸桿菌等。
九 高溫短時滅菌(HTST)
滅菌條件為85℃-90℃/3分鐘-5分鐘，或95℃/12分鐘加熱到接近100℃，然後速冷至室溫。此方法需時較短，效果較好，有利於產品保質。主要可殺滅酵母菌、黴菌、乳酸菌等。這兩種方法具有滅菌效果穩定，操作簡單，設備投資小，應用歷史悠久等特點，如今還廣泛用於各類罐藏食品、飲料、酒類、藥品、乳品包裝的滅菌。
十 超高溫瞬時滅菌(UHT)
超高溫短時滅菌是將食品在瞬間加熱到高溫(130℃以上)而達到滅菌目的，可分為直接加熱和間接加熱兩種方法。直接加熱法是用高壓蒸汽直接向食品噴射，使食品以最快速度升溫，幾秒鐘內達到140℃-160℃，維持數秒鐘，再在真空室內除去水分，然後用無菌冷卻機冷卻到室溫。
超高溫瞬時滅菌的效果非常好，幾乎可達到或接近完全滅菌的要求，而且滅菌時間短，物料中營養物質破壞少，食品質量幾乎不變，營養成分保存率達92%以上，生產效率很高，比其他兩種熱力滅菌法效果更優異，配合食品無菌包裝技術的超高溫式滅菌裝置在國內外發展很快，如今已發展為一種高新食品滅菌技術。目前這種滅菌技術已廣泛用於牛奶、豆乳、酒、果汁及各種飲料等產品的滅菌，也可將食品裝袋後，浸漬於此溫度的熱水中滅菌。
十一 過熱蒸汽滅菌技術
也稱乾熱滅菌。是採用高溫過熱蒸汽來滅菌，即利用溫度為130℃-160℃的過熱蒸汽噴射於需滅菌的物品上，數秒鐘即可完成滅菌操作，目前過熱蒸汽滅菌技術僅適用於耐熱食品包裝容器(如金屬製品、玻璃製品等)的滅菌。金屬罐是無菌包裝使用最早的包裝材料之一，主要分馬口鐵罐和鋁罐兩種，目前世界上金屬罐無菌包裝最先進的典型代表—是美國的多爾無菌裝罐系統就是採用這種滅菌技術。
其方法是當空罐在輸送鏈上通過殺菌室時，過熱蒸汽從上下噴射45秒，這時罐溫上升到221℃-224℃，罐蓋也採用287℃-316℃的過熱蒸汽殺菌75秒-90秒，這樣的高溫足以殺滅全部的耐熱細菌。由於所有容器和設備均採用過熱蒸汽殺菌，因此無菌程度高，罐頭內部頂隙殘留空氣極少，且處於高真空狀態，產品的質量安全可靠。
十二 輻照滅菌技術
自從原子能和平利用以來，經過40 多年的研究開發，人們成功地利用原子輻射技術進行食品滅菌保鮮。輻照就是利用χ、β、γ射線或加速電子射線(最為常見的是Co60 和Cs137 的γ射線)對食品的穿透力以達到殺死食品中微生物和蟲害的一種冷滅菌消毒方法。
十三 超高壓滅菌技術
近年來，日本研製出一種新型的食品加工保藏技術，這就是超高壓滅菌技術。超高壓處理具有熱處理及其它加工處理方法所沒有的一些優點，可保持食品(如肉類等)原有的風味成分、營養價值和色澤，並殺死食品中常見的酵母菌、大腸桿菌、葡萄球菌等而達到滅菌目的。
所謂高靜壓技術(HHP)就是將食品密封於彈性容器或置於無菌壓力系統中(常以水或其他流體介質作為傳遞壓力的媒介物)，在高靜壓(一般100MPa 以上)下處理一段時間，以達到加工保藏的目的。在高壓下，會使蛋白質和酶發生變性，微生物細胞核膜被壓成許多小碎片和原生質等一起變成糊狀，這種不可逆的變化即可造成微生物死亡。微生物的死亡遵循一級反應動力學。
對於大多數非芽孢微生物，在室溫、450MPa 壓力下的滅菌效果良好。芽孢菌孢子耐壓，滅菌時需要更高的壓力，而且往往要結合加熱等其他處理才更有效。溫度、介質等對食品超高壓滅菌的模式和效果影響很大。間歇性重複高壓處理是殺死耐壓芽孢的良好方法。日本最新開發出的超高壓滅菌機，操作壓力達304MPa～507MPa。超高壓滅菌的最大優越性在於它對食品中的風味物質、維生素C、色素等沒有影響，營養成分損失很少，特別適用於果汁、果醬類、肉類等食品的滅菌，此外，採用300MPa-400MPa 的超高壓對肉類滅菌時還可使肌纖維斷裂而提高肉類食品的嫩度。
十四 過氧化氫滅菌技術
過氧化氫是一種滅菌能力很強的滅菌劑，對微生物具廣譜滅菌作用。其滅菌力與過氧化氫的濃度和溫度有關，濃度越高、溫度越高，其滅菌效力就越好。
十五 紫外線殺菌
當有機汙染物經過紫外線照射區域時，紫外線會穿透生物的細胞膜和細胞核，破壞DNA的分子鍵，使其失去複製能力或失去活性。因此細胞不能複製，微生物不久就會死亡。
一種微生物被紫外線殺滅所需要的劑量取決於紫外光強度和照射時間。紫外線(UV)消毒是一種高效、安全、環保、經濟的技術，能夠有效地滅活致病病毒、細菌和原生動物，而且幾乎不產生任何消毒副產物。因此，在淨水、汙水、回用水和工業水處理的消毒中，UV逐漸發展成為一種最有效的消毒技術。由於紫外線具有對隱孢子蟲的高效殺滅作用和不產生副產物等特點，使其在給水處理中顯示了很好的市場潛力。過量的日光
紫外線照射，可對人體的皮膚、眼睛以及免疫系統等造成傷害。紫外線能破壞人體皮膚細胞，使皮膚未老先衰。嚴重時產生日光性皮炎即曬傷或皮膚和粘膜的日光性角化症，引起癌變。眼睛是對紫外線最為敏感的部位，紫外線能對晶狀體造成損傷，是老年性白內障的致病因素之一。
十六 臭氧殺毒
臭氧在常溫下為爆炸性氣體，有特臭氣味，為已知最強的氧化劑。臭氧在水中的溶解度較低（3%）。臭氧穩定性差，在常溫下可自行分解為氧。所以臭氧不能瓶裝貯備，只能現場生產，立即使用。臭氧的殺菌原理主要是靠強大的氧化作用，使酶失去活性導致微生物死亡。臭氧是一種廣譜殺菌劑，可殺滅細菌繁殖體和芽胞、病毒、真菌等，並可破壞肉毒桿菌毒素。
