2001年，慶陽蘋果被國家農業部確定為全國首批100個無公害農產品（種植業·水果）生產示範基地縣。
2002年，南部塬區蘋果基地環境經過甘肅省農業環境質量保護站檢測評估，符合國家無公害蘋果生產環境質量要求。同年9月，農業部委託甘肅省農牧廳專家組對慶城縣無公害水果生產基地創建工作進行檢查，通過了驗收，獲得農業部"百家無公害農產品生產基地創建先進縣"稱號，並在全國進行了經驗交流。
當年，全縣無公害蘋果產量達到4000萬千克，佔蘋果總產量的85%，經過甘肅省農科院植物保護研究中心測定，果實農藥殘留及重金屬含量均符合國家蘋果產品標準（NY5001——2001）。
2003年4月份經申報後，甘肅省無公害產地認定委員會對慶城縣無公害蘋果生產基地進行了產地認定。
2009年，慶陽蘋果通過農業部農產品地理標誌登記審查。
2014年04月08日，原國家質檢總局批准對“慶陽蘋果”實施地理標誌產品保護。
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