浮游藻類在水體中是魚類和其他經濟動物直接或間接的餌料基礎，是水域的初級生產者，也是水中溶解氧的主要來源。通常根據藻類被魚類消化、利用的程度以及對養殖動物造成的危害分為：有益藻類和有害藻類，其中藍藻門的微囊藻就是被廣大水產養殖者公認的有害藻類之一。
微囊藻多生長在有機質豐富的水體中，營浮游生活，pH值以8～9.5為宜。溫暖季節水溫在28～32℃時繁殖快，生長旺盛，常常形成水華，肉眼可見，使水體呈灰綠色，其浮膜似銅綠色油漆，有臭味。當養殖池塘中微囊藻形成水華時，夜間大量消耗水中的溶解氧，併產生過量二氧化碳，很容易造成池塘缺氧泛池。同時微囊藻死亡後分解產生的羥氨和硫化氫對水生動物有毒，可使魚、貝類等死亡。
微囊藻產生的根本原因是由於水質過肥，有機質含量過高。微囊藻繁殖迅速，一旦形成優勢，治理比較困難，單一用藥效果不理想，治標不治本，同時過量用藥也會造成養殖動物藥物中毒，一般不提倡。因此預防微囊藻的產生尤顯重要，應從以下幾方面入手：
1.把好水源關，池塘防止引進含有大量微囊藻的水。
2.對於發生過微囊藻水華的池塘，放養苗種前應進行嚴格清塘消毒，進水後選擇含磷、硅、鈣、微生態製劑等成分的複合肥培養有益藻類，有益藻類形成優勢後可抑制微囊藻的繁殖。
3. 晴天中午排放表層水，加入新水，科學投餌，降低有機物含量。
4.可適當投放一定數量的羅非魚，攝食微囊藻。
5.定期使用微生態製劑如：枯草芽孢桿菌、EM菌、光合菌等，抑制微囊藻的大量繁殖。
6.越冬的池塘，秋末適當施用有機肥促進鞭毛藻類繁殖，冬天注意及時掃雪、施肥，保持池塘中藻類的數量，一直到春天，可有效抑制微囊藻的繁殖。
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