其实，1896年创办之初它们就是一所高校，就一个名字:南洋公学！这是晚清名人盛宣怀上奏朝廷，经慈禧太后批准而创建的一所真正意义上的现代化的大学。校址定于上海徐家汇，至于创办者盛宣怀这位牛人，这里不作赘述，有兴趣者可以百度。对了，他还创办了中国另一所有名的大学:北洋大学堂（今天的天津大学）。
辛亥革命爆发后，大清跌进了历史的尘埃中，中华民国成为中国合法政府，理所当然的接收了清朝的一切，南洋公学概莫能外。国民政府将南洋公学划归民国交通部管辖，因此南洋公学更名为国立交通大学。这期间，交通大学的实力和名气达到了历史顶峰，力压国立中央大学（现在的南京大学），成为民国第一高校！（那时候清北远没有现在这么牛），出现了许多优秀的人物，例如邵力子、谢无量、李叔同、黄炎培、唐文治、彭康、钱学森等等，总之，交通大学很厉害，非常牛，连蔡锷都慕名进交大学习了一年。
抗战爆发后，上海沦陷，交通大学西迁重庆九龙坡继续办学，在条件异常艰苦的情况下，交通大学一直坚持了下来。抗战胜利后，交通大学迁回上海。新中国成立后，交通大学被中国人民共和国教育部接管，继续着它的辉煌，直到1956年，事情有了变化，也造就了如今两所交大的尴尬和矛盾。当年为了支援西部教育，国家决定从东部迁一所高校去支援西部，具体选哪所大学，这里面有点波折。首先，清北两校在天子脚下，是当时国家重点建设的高校，被排除。南京大学，因为在政治上不可靠（曾经是国民党的中央大学）也被排除。复旦大学，因当时实力太弱，且是由私立高校而来也不在考虑范围之内，挑来拣去，只有交通大学最合适，所以国家决定，交通大学西迁西安，支援西部建设。
那时不像现在，做什么事都要把政治放在首位，既然国家决定了，就要无条件服从。所以交大开始封箱打包，远赴西安。因此说，交大当年是搬家，不是分家，直到现在，还有人搞不清楚。50年代，长江上还没有大桥，所有的物品都是用卡车装运奔赴西安的。因交通不便，东西又太多，光实验室的设备和图书馆的藏书都要搬一两年的时间，所以交大断断续续搬了三年还没有搬完，这期间，又出现了问题，因为西安的环境气候、生活条件与上海是天壤之别，许多人适应不了，去了又返回上海，没搬走的物品及部分人员都满腹牢骚，不愿意去，问题一直反映到北京，周总理接到报告后也犯起了踌躇，不过，总理到底是总理，这点困难难不倒他，总理大手一挥决定:已经搬去的就不要再返回，没搬走的也不要再搬了，就留在上海，交大实行两地办学。搬去西安的命名为西安交通大学，留在上海的叫上海交通大学。此时，交通大学所有的设备以及教职工已经有四分之三搬去了西安，讲师教授大部分也去了西安，上海只留下个船舶系，但总理已经决定了，任何人也不能再有意见，于是，交通大学就一分为二，变成了两所交通大学，一直到现在。
因为交大的绝大部分都搬去了西安，所有西安交大底子厚，实力强，学风严谨，直到2000年以前，西安交大稳居国内高校前十名内。那是有名的重点大学，不管是211工程、985工程、双一流工程，都少不了西安交大，历次评重点大学都有西安交大的名字，西安交大稳居西部第一高校交椅，这点是没有异议的。但2000年之后，东部城市发展强劲，经济蒸蒸日上，尤其是大上海，那不是西安可以比拟的，在国家和上海市政府强有力的扶持下，上海交大持续发力，后来者居上，很快就反超了西安交大。而身处西安的西安交大有点尴尬，的确是被陕西省和西安市拖了后腿，甚至整个陕西省的GDP还抵不上一个苏州市，更别提是上海市了，所以说，没有财政的强力支持，西交是逐渐的没落了，它也很无奈。
即便是现在，每年的高考分数，上交是远超西交的。在上海，上交是与复旦齐名的著名高校，甚至超过了复旦。当然，瘦死的骆驼比马大，西交与西部的其他高校相比，还是牛叉的存在，毕竟它还是C9成员之一，211、985、双一流重点大学，中央直管、教育部直属的副部级高校。在陕西省乃至整个西部，西安交大称第二，那是没有哪所高校敢称第一的。只是跟东部的上海交大相比，西安交大是远远的落后了。
回到开头的问题，西交与上交，到底谁才是交大的正宗嫡系？答案是:都是！不光西交与上交，连西南交大、北京交大、台湾新竹交大，都跟交通大学有扯不断的关联，不过正宗的国立交通大学的余脉就是西安交大和上海交大！这两所交大是继承了老交大的血脉，是最正宗的交通大学。如果非要在西交与上交中区分辨别一下，笔者认为，西安交大更正宗，更有老交大的味道！毕竟当年是搬家，不是分家。
当然，西安交大也有它的长处，它身处十三朝古都西安，浸润了浓厚的历史韵味。西交校址的下面，就是著名的大唐兴庆宫遗址（当年杨贵妃住的地方），西交的北门就是如今的兴庆公园。身处闹市中，西安交大还能保持一份清静和安然。如今的西安交大，远古与现代并存，几十年前的古色古香的大青砖教学楼与现代化的图书馆交相辉映，怀抱粗的法桐树遮天蔽日，樱花大道直通南北，钱学森图书馆高高矗立。西安交大学风淳朴，学子认真踏实，环境优美，是求学锻炼的一所好高校，当然，前提是你能考上。最后说一句，西安交大还是目前为止中国大学仅有的保留少年班的两所高校之一（另一所是中国科技大学）。
