目前已知大部分冠狀病毒都不會感染人，只有3種會且可能致命：SARS(2003)，MERS(2012), COVID-19(2019)。
醫院把採集的病人樣品送給專業實驗室進行病毒毒株分離，再用這個毒株去感染細胞或者實驗小鼠去驗證這個病毒是不是感染該樣本的病原體。然後對已驗證的病毒進行全基因組測序(whole genome sequencing)，獲得的數據分享到GISAID( Global Initiative on Sharing All Influenza Data)數據庫，以便全球各國實驗室開發合適的診斷試劑或者開發疫苗。
最早上傳的武漢樣本 2019年12月24日
最近上傳的美國加州樣本 2020年2月23日
新冠病毒COVID-19屬於RNA病毒，有約29000個核苷酸鹼基（nucleotides bases是病毒複製的遺傳指導書），與2013年發現的雲南蝙蝠攜帶的冠狀病毒RaTG13對比，只有約1100個核苷酸鹼基不同，相似率96.2%。RaTG13是目前發現的與新冠病毒COVID-19最相似的冠狀病毒，其宿主是中華菊頭蝠，但據此判斷中華菊頭蝠就是此次新冠病毒的源頭還為時過早。
病毒在人群中傳播時間越久就越容易發生變異(mutation)。流行病專家Trevor Bedford彙總了GISAID的數據並完善了冠狀病毒種系進化圖（如附圖）。據其推測，25-65年前RaTG13和新冠病毒COVID-19擁有一個共同的祖先。目前所公開的5種新冠病毒COVID-19序列之間最大隻有7個核苷酸鹼基不同，說明這個病毒傳染到人上只發生在近期。因此，假如源頭果然是中華菊頭蝠，中間一定有1個甚至多箇中間動物宿主，而且傳播時間應該不是在近期。
2003 SARS冠狀病毒能基本確定果子狸為中間宿主的主要依據是果子狸的冠狀病毒序列與SARS冠狀病毒序列只有10個核苷酸鹼基是不同的，相似度接近100%。對新冠病毒COVID-19，目前仍未找到與其基因序列如此相似的中間宿主。廣西截獲的從東南亞走私來的穿山甲中發現的冠狀病毒，與新冠病毒COVID-19的相似度在85.5%到92.4%之間，無法確定穿山甲是中間宿主。
附圖來源：
https://www.gisaid.org/epiflu-applications/next-sars-cov2-app/
https://nextstrain.org/groups/blab/sars-like-cov?c=host
