明洪武十年（1377年），明朝政府在東莞縣城附近設立南海衛，以保護邊境。
衛是明朝的常備駐兵點，比較有名的如天津衛、威海衛。
一衛通常有前後左右中五個千戶所，士兵5600人。
衛所的士兵均為軍籍，平時也需要就近取材，自耕自種，以減輕國家軍費開支。
南海衛在深圳設有二個千戶所，東莞守禦千戶所（今南頭古城）和大鵬守禦千戶所（大鵬所城）。
深圳周邊的原住民基本上是漁民為主，衛所建立後，不允許捕魚。
這些原住民不當漁民了，基本上都被強徵入軍籍，遣派到各地服役，很少有繼續保留民籍留下的。
千戶所駐兵正常編制為1120人，最高官員為正千戶，下面有副千戶七人，百戶十六人，鎮撫一人，吏目一人，司吏一個。
東莞守禦千戶所外圍，修築有六座墩臺，分別為崗墩、赤灣墩、伏湧墩、嘴頭墩、赤崗墩、鰲灣墩。
現在僅存南山區小南山上的赤灣墩。
墩臺即是古代的烽火臺，有瞭望和預警的作用。
明朝時，海盜猖獗，沿海每衛所主要是為了對付海盜。
注：這裡說海盜不說倭寇，是因為倭寇在字面上理解有狹義，好像專指日本海盜。實際上明朝面對的海盜基本上十之八九是明朝人。如著名的汪直、鄭芝龍等。而且在深圳周邊，海盜主要是和葡萄牙為主的歐洲人勾結，更是和日本人無關，所以稱之為海盜，比倭寇貼切。
明洪武七年（1374年），朝廷下令撤銷了自唐朝以來一直存在的，負責海外貿易的福建泉州、浙江明州（寧波）、廣東廣州三市舶司，中國對外貿易斷絕，使很多海商被迫不得不入海為盜。
朱無璋甚至在禁海令中提出‘寸板不許下海’，這就斷絕了沿海地區的漁民生路，很多無以謀生的漁民也就跟著成了海盜。
嘉靖年間，東莞南頭人何亞八，因生計入海聚眾為盜，勾結獲得朝廷許準在廣東進行有限貿易的葡萄牙人，橫行於廣東沿海，經常肆意侵擾周邊軍民。
嘉靖朝海禁政策與大明律對比
嘉靖皇帝是我國曆史上海禁執行力度最大的皇帝。
但壓迫的越大，反抗也就越大。
因此嘉靖朝各地海盜相互勾結，甚至開始主動攻擊明軍衛所。
東莞守禦千戶所千戶萬里像
嘉靖三十年(1551年)秋，何亞八仗著有葡萄牙人的火器撐腰，主動進攻東莞守禦千戶所，千戶官萬里領兵在赤灣墩與何亞八對峙。
由於需分兵留守東莞守禦千戶所（南頭古城），此時萬里在小南山的赤灣墩僅有三百多人的兵力。
嘉靖朝的士兵戰鬥力，與明朝開國時期已經無法可比。
明中期的衛所士兵有地有產，完全沒有了一往無前的殺氣。
此時海面上，有葡萄牙大型商船八艘，海盜中小船隻一百七十餘艘，海盜共約六千餘人。
雙方兵力懸殊巨大。
好在小南山山高坡陡，萬里領人居高臨下，海盜們無法炮擊，攻山數次傷亡慘重。
本來萬里以為此次海盜進攻與往次一樣，佔不到便宜就會撤退。
豈料這次卻不同以往，海盜連續攻山五日，毫無退卻的意思。
萬里命士兵點烽火向周邊衛所求援，得到的消息卻是各處均在激戰無法分兵支援。
原來數月前，何亞八北上與汪直、徐碧溪、方武等多股海盜會面，共同定下了同時攻擊浙江、福建、廣東沿海衛所，打擊明朝守軍的計劃。
此次何亞八傾巢出動，聚集廣東近海周邊大小海盜共計七萬，同時許以葡萄牙人厚利，同時攻擊整個廣東沿海的各處衛所。
廣東都指揮使司內的告急文書堆積如山，不但緊急抽調清遠衛、肇慶衛的士兵就近馳援，同時上報朝廷，請調附近的廣西都司、湖廣都司調兵增援。
最終赤灣墩在堅守了十六日之後彈盡糧絕，千戶萬里及所屬士兵二百五十四人戰死。
此時不遠處的大鵬所城戰事已經結束。
大鵬守禦千戶所（大鵬所城）千戶李茂材因戰功升任南海衛指揮使，領兵來救東莞守禦千戶所（南頭古城）。
在赤灣墩，李茂材擊退何亞八，搶回萬里屍體。
萬里像
此戰後，朝廷開始放寬葡萄牙人在澳門的居住權，藉此削弱葡萄牙人對何亞八的支持。
嘉靖三十三年(1554年)，失去了葡萄牙人支持的何亞八海盜在臺山市廣海鎮周邊海域，被官軍消滅。
