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我理解題主的意思是想問：為什麼個人所得稅綜合所得預繳申報時會比年度彙算申報的稅款要高。
實際情況也確實如此，據我的瞭解，超過1/10以上的朋友平時預扣的稅額都比彙算的高，所以在這次的年度彙算都會產生退稅。原因主要考慮幾個：
一是由於個別專項附加扣除在預繳時候沒有增加上，到了年末又一下子想起來了，或者說有些專項附加扣除是必需年終時才增加上的，比如大病醫療這個扣除就是。平時預繳沒有扣除，年度彙算時又變成了有扣除，這就出現了預繳稅款比彙算多的情況。
二是法定扣除的6萬元費用。一般來說，這部分的費用是按照5000元一月的標準每月扣除，但是如果在年度中間出現離職的情況，由於沒有單位扣繳義務人代為扣除，就會出現當月費用沒有完整扣除的現象，到了年末，法定是扣除6萬元的，一下子又扣完整了，所以就出現預繳申報比彙算繳納稅款多的情形。
三是有些朋友預繳時是按勞務報酬、稿酬所得、特許權使用費等項目進行預繳申報的，這時預繳申報比彙算申報稅款多的現象會更明顯。原因主要是這三個項目的預扣稅率都是20%，但是年末這三個項目納入到綜合所得中，彙總後適用的綜合所得稅率可能會低於20%，由此出現題主所說的預繳比彙算多的情形。
四是如果有捐贈支出的，同樣會出現預繳申報時比年度彙算稅款要高的情況。因為在實際中，捐贈支出在預繳時不一定來得及取得憑證扣除，往往會等到年末取得憑證再扣，由此造成這個可能性。
一般來說，就是上面的幾點原因比較多見，當然，個人所得稅裡面針對某些特定的對象是有稅收優惠的，如果我年度中間沒有辦理這個稅收優惠，但是年度末後我補充辦理，同樣的也會出現預繳申報稅款比年度彙算要多的情況。
我是稅言家，專注於用大白話講述稅收之道，希望我的答案能夠幫助你，也歡迎你關注我。
稅言家
申報個人所得稅比彙算清繳時多交了，是比較正常的事情。
首先，我們要明白這兩種計算方式的最大差別，那就是一個是單獨算，一個是總的算。
我們在計算每個月應繳納的稅時，首先要用免徵額加上4項稅費抵扣，還有社保公積金這些。計算完了之後，可以得到一個免稅額，低於這個數字的收入就不用交稅。
那麼，假設去年的12個月時間裡有11個月，你的收入都遠遠小於這個免稅額，這11個月時間自然都不用交稅。但是第12個月你的收入增加很多，這個月就要交稅。
但這裡就出現了一個問題，前11個月，其實你的免稅額並沒有完全用完，也就是說有一些免稅的額度被浪費掉了。但是因為單月申報繳稅，沒有辦法回溯。
於是就有了第2年的彙算清繳。也就是說，把你一整年的收入都加總在一起，然後扣除掉免稅的那部分。剩餘度部分按照稅率計算應納稅額。
這樣一來，之前被浪費掉的稅收優惠就再次被放到計算中，匯繳後的應納稅額就低於之前已經納稅的錢，然後就可以申請退稅。
