正如所料，核潛艇的處理需要採用更加周密的方式。美國海軍全權負責核反應堆的停用、艇體的處理與回收。這一過程是在布雷默頓的普吉特灣海軍船廠完成的。首先，反應堆堆芯會在幹船塢內被拆下，這一過程與更換堆芯時類似。之後，潛艇會被放入一個（更大的）幹船塢內，而船塢內通常還會放有另外3艘潛艇。拆除電池、鉛壓載和可重複使用的裝備。將反應堆隔艙與艇體分離，但仍保留包裹隔艙的耐壓殼，隔艙兩端加上隔板進行密封。密封后的柱狀物會被轉移到幹船塢內並靠在潛艇一側的駁船上。在重新起浮後，駁船將會沿著哥倫比亞河被拖至華盛頓州的漢福德，將柱狀物埋入此地的一處深溝中。對於早期的戰略導彈潛艇，導彈隔艙也需要移除，截短後的艇體的前半段和後半段會被重新連接起來，使其在被最終拆解之前能夠漂在水上存放。如今，這一整個過程通過一次作業就可完成。對於沒有核沾染的艇體剩餘部分，將以常規方式進行回收處理。
自1991年至2007年，共有103艘潛艇以此種方式在布雷默頓被處理。核動力導彈巡洋艦的處理過程也與此大致相同。這類艦艇上擁有2個核反應堆，在被轉移到漢福德之前，需將其裝入新制造的鋼製密閉隔艙內。截至2007年，有7艘核動力導彈巡洋艦以此種方式被處理。
▲ 除對美國海軍戰艦進行大修外，坐落在西雅圖附近的布雷默頓的普吉特灣海軍船廠還用於停泊退役戰艦，包括航母和潛艇。它是美國唯一一家能夠拆解已淘汰核動力艦艇的船廠。在幹船塢內，首先將潛艇的核反應堆拆除，然後將反應堆隔艙與艇體分離，埋入華盛頓州漢福德的一處深溝中。在1995年9月12日位布雷默頓拍攝的這張照片中，在碼頭左側等待拆解回收的艦艇分別為核動力導彈巡洋艦“德克薩斯”號和核潛艇“特賴登”號（位於外側）；碼頭右側的核潛艇分別為“鋸鮋”號、“喬治·華盛頓”號、“鰷魚”號、“鰹魚”號、“鋸蓋魚”號和“帕特里克·亨利”號。其中，最後5艘的核反應堆和導彈隔艙已被拆除，但直至1998年才被最終拆解。
法國海軍擁有自己的處理程序。遭淘汰的核潛艇在瑟堡退役，並在此將核反應堆堆芯拆除。之後，艇體會被拖上岸，將長7米、重700噸的反應堆隔艙與艇體分離。然後將其裝上拖車，運往歐麥附近一處抗震的陸上儲存點。剩下的兩部分艇體被重新連接在一起，並放回水中。隨後，將會使用常規技術在法國對其進行拆解回收。
“可畏”級彈道導彈核潛艇是按照這一程序拆解回收的首型核潛艇，在“紅寶石”級攻擊核潛艇退役後，也將按照該程序拆解回收。
對已遭淘汰的核潛艇，英國還尚未落實最後的處理措施。反應堆堆芯已被拆除，但是除此之外的完整艇體尚被封存在羅塞斯和德文波特。
蘇聯對其潛艇的處理方式似乎沒有那麼負責任。許多被遺棄在摩爾曼斯克地區，2艘沉在附近海域。海豹船廠已做了一些拆解工作。鄰國挪威對潛在的有害物質非常擔憂，已籌集資金以更安全的方式幫助處理這類潛艇。
