正如所料，核潜艇的处理需要采用更加周密的方式。美国海军全权负责核反应堆的停用、艇体的处理与回收。这一过程是在布雷默顿的普吉特湾海军船厂完成的。首先，反应堆堆芯会在干船坞内被拆下，这一过程与更换堆芯时类似。之后，潜艇会被放入一个（更大的）干船坞内，而船坞内通常还会放有另外3艘潜艇。拆除电池、铅压载和可重复使用的装备。将反应堆隔舱与艇体分离，但仍保留包裹隔舱的耐压壳，隔舱两端加上隔板进行密封。密封后的柱状物会被转移到干船坞内并靠在潜艇一侧的驳船上。在重新起浮后，驳船将会沿着哥伦比亚河被拖至华盛顿州的汉福德，将柱状物埋入此地的一处深沟中。对于早期的战略导弹潜艇，导弹隔舱也需要移除，截短后的艇体的前半段和后半段会被重新连接起来，使其在被最终拆解之前能够漂在水上存放。如今，这一整个过程通过一次作业就可完成。对于没有核沾染的艇体剩余部分，将以常规方式进行回收处理。
自1991年至2007年，共有103艘潜艇以此种方式在布雷默顿被处理。核动力导弹巡洋舰的处理过程也与此大致相同。这类舰艇上拥有2个核反应堆，在被转移到汉福德之前，需将其装入新制造的钢制密闭隔舱内。截至2007年，有7艘核动力导弹巡洋舰以此种方式被处理。
▲ 除对美国海军战舰进行大修外，坐落在西雅图附近的布雷默顿的普吉特湾海军船厂还用于停泊退役战舰，包括航母和潜艇。它是美国唯一一家能够拆解已淘汰核动力舰艇的船厂。在干船坞内，首先将潜艇的核反应堆拆除，然后将反应堆隔舱与艇体分离，埋入华盛顿州汉福德的一处深沟中。在1995年9月12日位布雷默顿拍摄的这张照片中，在码头左侧等待拆解回收的舰艇分别为核动力导弹巡洋舰“德克萨斯”号和核潜艇“特赖登”号（位于外侧）；码头右侧的核潜艇分别为“锯鲉”号、“乔治·华盛顿”号、“鲦鱼”号、“鲣鱼”号、“锯盖鱼”号和“帕特里克·亨利”号。其中，最后5艘的核反应堆和导弹隔舱已被拆除，但直至1998年才被最终拆解。
法国海军拥有自己的处理程序。遭淘汰的核潜艇在瑟堡退役，并在此将核反应堆堆芯拆除。之后，艇体会被拖上岸，将长7米、重700吨的反应堆隔舱与艇体分离。然后将其装上拖车，运往欧麦附近一处抗震的陆上储存点。剩下的两部分艇体被重新连接在一起，并放回水中。随后，将会使用常规技术在法国对其进行拆解回收。
“可畏”级弹道导弹核潜艇是按照这一程序拆解回收的首型核潜艇，在“红宝石”级攻击核潜艇退役后，也将按照该程序拆解回收。
对已遭淘汰的核潜艇，英国还尚未落实最后的处理措施。反应堆堆芯已被拆除，但是除此之外的完整艇体尚被封存在罗塞斯和德文波特。
苏联对其潜艇的处理方式似乎没有那么负责任。许多被遗弃在摩尔曼斯克地区，2艘沉在附近海域。海豹船厂已做了一些拆解工作。邻国挪威对潜在的有害物质非常担忧，已筹集资金以更安全的方式帮助处理这类潜艇。
