1898年，山東、河北等地，民間普遍傳唱：“神助拳，義和團，只因鬼子鬧中原。勸奉教，乃欺天，不敬神佛忘祖先。男無倫，女鮮節，鬼子不是人所生。如不信，仔細看，鬼子眼晴都發藍。不下雨，地發乾，全是教堂阻住天。”一時間，開壇設法，焚堂毀路。尤以山東鬧得厲害。山東這一鬧，列強一抗議，朝廷一看，這鬧大了也不成啊，於是派袁世凱就任山東巡撫。
被鎮壓的義和團，在山東無法進行，決定直逼北京，大批教眾聚集在北京，並提出了新口號“扶清滅洋”。
而此時的紫禁城裡，也緊鑼密鼓，一場陰謀正進行著。慈禧太后囚禁了光緒皇帝，要立端郡王載漪的兒子溥儁為大阿哥，養在宮中，要取代光緒，年號擬定為“保慶”。結果在策勵大阿哥的典禮上，列強公史竟無一道場，反對囚禁皇帝，慈禧太后對西方反對她廢黜光緒感到十分不滿。
列強說：“你憑什麼把皇上給關起來啊？”你不合法啊，人家是近代法治國家！”慈禧說：“這是我們家的事兒，你管得著麼？，這是我們家事！”列強說：“這不是你們家的事，這是國家的事兒。”這等於就兩種觀點，誰跟誰都說不清楚。所以慈禧生氣了：“我對你們這麼好，你們管我家事，我廢我兒子，你管得著嗎？好，既然義和團‘扶清滅洋’，那就扶植他們。
在慈禧太后的暗地庇護下，義和團迅速擴張，開始壯大。京城裡淪為一片焦土，鐵路被搗毀，教堂被燒，洋人教士被殺。
事件激起了帝國主義的憤怒，然而此時，端郡王偽造了一份照會給慈禧太后，說：“列強要逼你退位，讓光緒皇帝繼位！”局勢緊張，慈禧太后連續召開御前會議，並最終作出了以武力阻止聯軍進京的決策，其中重要的一條決策便是對外宣戰。1900年6月21日，清政府以光緒的名義，向英、美、法、德、意、日、俄、西、比、荷、奧十一國同時宣戰。這十一國可是當時世界最強大的國家了，大清“創了古今中外未有之舉！”，可以說列強都懵了。
既然宣戰，那就開打吧，十一國中以英，美，法，德，意，日，俄，奧的軍隊為主，組成了八國聯軍，沿天津攻打北京，8月13日，聯軍進抵北京城下，1900年8月14日凌晨，八國聯軍對北京發動總攻，並攻破東直、朝陽、東便、廣渠各門進入北京，董福祥的甘軍和義和團堅持抵抗，而此時的慈禧見勢不妙，遂帶領光緒帝、隆裕皇后等與部分王公、太監於15日晨出神武門西逃。聯軍繼續進攻北京，經巷戰後於16日攻陷北京。12月10日列強成立管理北京委員會對北京進行統治。北京失陷也標誌義和團運動失敗。
在戰爭一開始，部分清朝地方官員抵制朝廷對外開戰的決定，與外國達成協議，維持和平局面。其中以湖廣總督張之洞與兩江總督劉坤一的表現最為積極。在買辦官僚盛宣懷的策劃下，由上海道餘聯沅同各國駐上海領事會商，制定《東南保護約款》和《保護上海城廂內外章程》，規定上海租界歸各國共同保護，長江各省由各省督撫保護。後來參與東南互保的清朝地方官員不斷增多，此後，兩廣總督李鴻章、山東巡撫袁世凱、浙江巡撫劉樹棠等、四川總督奎俊，都對“東南互保”表示支持。閩浙總督許應騤簽訂《福建互保協定》，實際實行東南互保的省份擴大到東南地區的十餘個省份，可以說保住了東南沿海城市的經濟命脈。
慈禧在出走時發佈上諭，將戰爭的責任推到義和團頭上，並命令各地清軍予以剿殺。為了收拾殘局，清廷又啟用慶親王奕劻及李鴻章與外國談判。經過談判，1901年，清廷最終與十一國簽訂了喪權辱國的《辛丑條約》。即使義和團有他封建迷信的一部分，但是不能否定他具有樸素的愛國思想，對外國的侵略給中國帶來的災難十分痛恨。
