辣椒爛杆是保護地辣椒生產中面臨的一個重要問題。對辣椒的生產影響極大。嚴重時會導致辣椒大量死棵。據觀察，辣椒爛杆主要由以下三種病害引起。
01辣椒軟腐病
通過灌溉水或雨水飛濺使病菌從傷口侵入，又可通過煙青蟲及風雨傳播。田間低窪易澇，鑽蛀性害蟲多或連陰雨天氣多、溼度大易流行。病果初生水浸狀暗綠色斑，後變褐軟腐，具惡臭味，內部果肉腐爛，果皮變白，整個果實失水後幹縮，掛在枝蔓上，稍遇外力即脫落。
防治方法：
(1)實行與非茄科及十字花科蔬菜進行2年以上輪作。
(2)及時清潔田園，尤其要把病果清除帶出田外燒燬或深埋。
(3)培育壯苗，適時定植，合理密植。雨季及時排水，尤其下水頭不要積水；
(4)保護地栽培要加強放風，防止棚內溼度過高。
(5)及時噴灑殺蟲劑防治煙青蟲等蛀果害蟲。
02疫病
辣（甜）椒疫病主要為害葉片、果實和莖，特別是莖基部最易發生。幼苗期發病，多從莖基部開始染病，病部出現水漬狀軟腐，病斑暗綠色，病部以上倒伏。染病幼苗莖基部呈水浸狀軟腐，致上部倒伏，多呈暗綠色，最後猝倒或立枯狀死亡；定植後葉部染病，產生暗綠色病斑，葉片軟腐脫落；莖染病亦產生暗綠色病斑，引起軟腐或莖枝倒折，溼度大時病部可見白黴；花蕾被害迅速變褐脫落；果實發病，多從蒂部或果縫處開始，初為暗綠色水漬狀不規則形病斑，很快擴展至整個果實，呈灰綠色，果肉軟腐，病果失水乾縮掛在枝上呈暗褐色僵果。辣椒疫病對產量、品質影響極大，嚴重時減產50%以上。
防治方法：
（1）實行輪作、深翻改土，結合深翻，土壤噴施“免深耕”調理劑，增施有機肥料、磷鉀肥和微肥，適量施用氮肥，改善土壤結構，提高保肥保水性能，促進根系發達，植株健壯。（2）選用抗病品種；種子嚴格消毒，培育無菌壯苗；定植前7天和當天，分別細緻噴灑兩次植物生長調節劑和保護劑，做到淨苗入室，減少病害發生。
（3）栽植前實行火燒土壤、高溫燜室，剷除室內殘留病菌，栽植以後，嚴格實行封閉型管理，防止外來病菌侵入和互相傳播病害。
（4）結合根外追肥和防治其它病蟲害，提高番茄植株自身的適應性和抗逆性，提高光合效率，促進植株健壯。
（5）增施二氧化碳氣肥，搞好肥水管理，調控好植株營養生長與生殖生長的關係，促進植株健壯長勢，提高營養水平，增強抗病能力。
（6）全面覆蓋地膜，加強通氣，調節好溫室的溫度與空氣相對溼度，使溫度白天維持在25－30℃，夜晚維持在14－18℃，空氣相對溼度控制在70%以下，以利於辣椒正常的生長髮育，不利於病害的侵染髮展，達到防治病害之目的。
03菌核病
苗期發病在莖基部呈水漬狀病斑，以後病斑變淺褐色，環繞莖一週，溼度大時病部易腐爛，無臭味，乾燥條件下病部呈灰白色，病苗立枯而死。
成株期主要發生在主莖或側枝的分杈處，病斑環繞分杈處，表皮呈灰，白色，從發病分衩處向上的葉片青萎，剝開分杈處，內部往往有鼠糞狀的小菌核。果實染病，往往從臍部開始呈水漬狀溼腐，逐步向果蒂擴展至整果腐爛，溼度大時果表長出白色菌絲團。
(1)與禾本科作物實行3～5年輪作。
(2)及時深翻，覆蓋地膜，防止菌核萌發出土。對已出土的子囊盤要及時剷除，嚴防蔓延。
(3)進行土壤消毒。
(4)使用哈茨木黴菌拌種。
黴菌拌種。
（5）及時摘除病葉、病果、病枝等。
（6）病重時，也可採用先燻棚，次日再噴霧的方法。
