在2020年美國癌症研究協會(AACR)虛擬年會上,英國倫敦大學學院的Chris Abbosh博士介紹了前瞻性TRACERx(NCT01888601)肺研究的結果。
為78位患者開發了患者特異性錨定多重聚合酶鏈反應(AMP)富集板進行分析。這些患者接受了I-III期NSCLC手術,從這些參與者中測試了608個血漿樣品。
該過程是執行原發腫瘤切除,然後完成多區域採樣並將其提交給完整的全外顯子組測序。然後基於克隆/亞克隆,高拷貝數狀態和低背景測序噪音,對包括100個克隆單核苷酸變體(SNV),50個新抗原和50個亞克隆變體的優先級進行排序。進行此過程是為了優化MRD敏感性並進行系統發育跟蹤。然後針對所追蹤的變異位置構建AMP,並在術前和術後設置中將其應用於無細胞DNA(cfDNA)。
常規佐劑試驗被認為不如MRD驅動的佐劑試驗,因為常規試驗的異類患者人群復發事件發生率低,研究招募人數高且需要超過10年的時間才能完成,並且標準水平的提高護理療法會給手術治癒的患者帶來中毒的風險。
根據2017年的臨床前數據,在無臨床復發跡象的NSCLC患者中,輔助放療前檢出了MRD,可能清除了殘留疾病。在分子上被證明是第二原發的患者中觀察到假陽性。總體上,無復發隊列中包括26例患者,平均每例患者8個術後樣本(範圍3-13),隨訪時間為1173天(3.2年)。在第二個主要隊列中,納入了11名患者,每位患者的中位數為7個術後樣本(範圍1-10)。該隊列的中位隨訪時間為840天無疾病生存期。確定的第二個原發灶是5個第二個原發性肺癌和6個非肺癌。
在96例術前早期樣本中,在肺腺癌中檢測到≥2 SNV,在肺鱗癌中檢測到≥2 SNV,其他NSCLC的檢測率較低。總共檢測到58例肺腺癌中的11例(19%),檢測到31例肺鱗癌中的30例(97%),包括I期17例中的16例,其他7例中(71%)的5例檢測到NSCLC。這項研究提供了信息,即測定的靈敏度隨DNA輸入而定。Abbosh指出,在高輸入下,可以檢測到低至0.003%的分數。
根據2020年TRACERx肺研究數據,非腺癌組織學繼續顯示與NSCLC術前ctDNA脫落相關。在88例術前早期樣本中,檢出了49%的肺腺癌,檢出了100%的肺鱗狀細胞癌,並檢出了75%的其他NSCLC。
驗證了該研究中的50個變量的AMP-MRD測定,當將25 ng DNA輸入測定時,在0.008%的MAF下,突變DNA的敏感性為89%。特異性為100%(95%CI,92%-100%)。靈敏度根據DNA輸入和跟蹤的變體數量進行縮放。
在TRACERx肺部研究中復發的42例患者中,有38例在臨床復發時或之前檢測到ctDNA。這些復發患者的中位ctDNA前置時間為164天(範圍為6-1022),而手術復發的中位時間為362天(範圍為41-1143)。100%患有第二原發性疾病的患者未檢測到ctDNA,這表明MRD分析的特異性更好地反映了原發性腫瘤。術前無可檢測的ctDNA的復發患者的中位無病生存期為640天(範圍404-1242)。
使用大規模的個性化富集小組,可以監測從治療到復發的克隆進化。在這項研究中,這是使用132個追蹤的SNV克隆執行的,這些克隆SNV知道復發時的拷貝數宏進化,每位患者最多483個變體。復發也可以歸類為單克隆或多克隆,在疾病復發的系統性干預過程中發現明確的亞克隆動態。
來自TRACERx肺部研究的數據表明,AMP個性化cfDNA可以在與MRD設置一致的低檢測DNA輸入下準確檢測低頻變異DNA。該研究還表明,MRD交貨時間受術前脫落動態的影響。總體而言,監測MRD可以在照護標準影像監視之前發現復發。
在輔助條件下,循環腫瘤DNA(ctDNA)可能是用於檢測手術後最小殘留疾病(MRD)和確定複發性疾病的克隆性的生物標誌物。Lung TRACERx研究的結果(發現了生物標誌物)有可能為將來的臨床試驗奠定基礎,該臨床試驗旨在增加非小細胞肺癌(NSCLC)患者的標準治療劑量術後MRD陽性。