美国癌症研究协会:如何知道有没有癌症残留、如何尽早发现复发?

在2020年美国癌症研究协会(AACR)虚拟年会上,英国伦敦大学学院的Chris Abbosh博士介绍了前瞻性TRACERx(NCT01888601)肺研究的结果。

为78位患者开发了患者特异性锚定多重聚合酶链反应(AMP)富集板进行分析。这些患者接受了I-III期NSCLC手术,从这些参与者中测试了608个血浆样品。

该过程是执行原发肿瘤切除,然后完成多区域采样并将其提交给完整的全外显子组测序。然后基于克隆/亚克隆,高拷贝数状态和低背景测序噪音,对包括100个克隆单核苷酸变体(SNV),50个新抗原和50个亚克隆变体的优先级进行排序。进行此过程是为了优化MRD敏感性并进行系统发育跟踪。然后针对所追踪的变异位置构建AMP,并在术前和术后设置中将其应用于无细胞DNA(cfDNA)。
常规佐剂试验被认为不如MRD驱动的佐剂试验,因为常规试验的异类患者人群复发事件发生率低,研究招募人数高且需要超过10年的时间才能完成,并且标准水平的提高护理疗法会给手术治愈的患者带来中毒的风险。
根据2017年的临床前数据,在无临床复发迹象的NSCLC患者中,辅助放疗前检出了MRD,可能清除了残留疾病。在分子上被证明是第二原发的患者中观察到假阳性。总体上,无复发队列中包括26例患者,平均每例患者8个术后样本(范围3-13),随访时间为1173天(3.2年)。在第二个主要队列中,纳入了11名患者,每位患者的中位数为7个术后样本(范围1-10)。该队列的中位随访时间为840天无疾病生存期。确定的第二个原发灶是5个第二个原发性肺癌和6个非肺癌。

美国癌症研究协会:如何知道有没有癌症残留、如何尽早发现复发?

在96例术前早期样本中,在肺腺癌中检测到≥2 SNV,在肺鳞癌中检测到≥2 SNV,其他NSCLC的检测率较低。总共检测到58例肺腺癌中的11例(19%),检测到31例肺鳞癌中的30例(97%),包括I期17例中的16例,其他7例中(71%)的5例检测到NSCLC。这项研究提供了信息,即测定的灵敏度随DNA输入而定。Abbosh指出,在高输入下,可以检测到低至0.003%的分数。

根据2020年TRACERx肺研究数据,非腺癌组织学继续显示与NSCLC术前ctDNA脱落相关。在88例术前早期样本中,检出了49%的肺腺癌,检出了100%的肺鳞状细胞癌,并检出了75%的其他NSCLC。
验证了该研究中的50个变量的AMP-MRD测定,当将25 ng DNA输入测定时,在0.008%的MAF下,突变DNA的敏感性为89%。特异性为100%(95%CI,92%-100%)。灵敏度根据DNA输入和跟踪的变体数量进行缩放。
在TRACERx肺部研究中复发的42例患者中,有38例在临床复发时或之前检测到ctDNA。这些复发患者的中位ctDNA前置时间为164天(范围为6-1022),而手术复发的中位时间为362天(范围为41-1143)。100%患有第二原发性疾病的患者未检测到ctDNA,这表明MRD分析的特异性更好地反映了原发性肿瘤。术前无可检测的ctDNA的复发患者的中位无病生存期为640天(范围404-1242)。
使用大规模的个性化富集小组,可以监测从治疗到复发的克隆进化。在这项研究中,这是使用132个追踪的SNV克隆执行的,这些克隆SNV知道复发时的拷贝数宏进化,每位患者最多483个变体。复发也可以归类为单克隆或多克隆,在疾病复发的系统性干预过程中发现明确的亚克隆动态。


来自TRACERx肺部研究的数据表明,AMP个性化cfDNA可以在与MRD设置一致的低检测DNA输入下准确检测低频变异DNA。该研究还表明,MRD交货时间受术前脱落动态的影响。总体而言,监测MRD可以在照护标准影像监视之前发现复发。

在辅助条件下,循环肿瘤DNA(ctDNA)可能是用于检测手术后最小残留疾病(MRD)和确定复发性疾病的克隆性的生物标志物。Lung TRACERx研究的结果(发现了生物标志物)有可能为将来的临床试验奠定基础,该临床试验旨在增加非小细胞肺癌(NSCLC)患者的标准治疗剂量术后MRD阳性。


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