公元前139年，由張騫率領的100多名使節從長安出發，去尋找西遷至中亞的大月氏，想兩面夾擊來攻打匈奴。張騫鑿空西域，雖然沒有達成和大月氏合擊匈奴的目的，但是從西域帶來了很多新疆的東西，葡萄、石榴、核桃、苜蓿、芝麻、香菜等等，除了這些吃貨們喜歡的東西和其他的重要消息以外還帶來了一種馬的消息——汗血寶馬。
公元前113年，有個名叫暴利長的囚徒在敦煌捕得了一匹汗血寶馬獻給了大漢的天子劉徹，天子得到寶馬後高興異常，並作《天馬歌》以詠之“太一貢兮天馬下，沾赤汗兮沫流赭。騁容與兮跇萬里，今安匹兮龍為友”。
高興之餘的天子劉徹想要得到更多的汗血寶馬來改良大漢的鐵騎，他命人用黃金鑄成一個金馬作為禮物，並命使節攜二十萬兩黃金作為價款向大宛王國購買更多的汗血寶馬，然而被大宛王毋寡拒絕，使節氣憤難消罵了大宛王毋寡不識抬舉，大宛王毋寡氣急敗壞命東境鬱成城（烏茲別克斯坦境內）鎮守將軍鬱成王將大漢使節全部誅殺。
始皇帝曾有一句話：“天子之怒伏屍百萬流血千里”。漢天子劉徹令二師將軍李廣利率軍攻打大宛國，一來捍衛大漢尊嚴，二來奪取大量的汗血寶馬。公元前102年，漢軍圍了大宛國的首都貴山城（今烏茲別克斯坦境內），大宛國的臣子們害怕牽連自己，殺掉了他們的國王毋寡。鬱成王逃到康居王國，左將軍上官桀率軍殺到康居王國，康居王國交出了鬱成王，被上邽騎士趙弟斬殺。至此西域全部落入中國版圖，西域即是新疆的前身。
時間往後推移一百多年，到西漢哀帝元壽元年（公元前2年）大月氏國王派使者伊存出使大漢，伊存從中亞來到了長安，在長安他把《浮屠經》口授給了一個叫景盧的博士弟子（博士弟子是漢朝博士的學生，漢朝的博士是一種官名）。這是目前公認的佛教傳入中國的最早記載，然而伊存口授的浮屠經早已失傳，人們也並不知道伊存所傳的俘屠經到底是什麼，因此現在人們公認的佛教傳入中國，是漢明帝永平七年（公元67年）由迦葉摩騰與竺法蘭以白馬馱來的《四十二章經》。不管怎麼説中國與佛教算是聯繫在一起了，而這聯繫的紐帶就是印度通往中國的必經之地西域。
當然佛教傳入西域可能會更早一些，有史記載早在孔雀王朝的時候，阿育王就曾派遣摩訶勒棄多、末闡提到安息、康居等地傳教佈道。但具體什麼時間佛教正式傳入西域並未有明確的史料記載，然而此後一直到公元1353年成吉思汗的七世孫禿黑魯帖木兒加入伊斯蘭教並強制讓16萬蒙古人集體加入伊斯蘭，再到他的孫子穆罕默德汗強制所有察合臺汗國必須加入伊斯蘭教，對於不加入的國民將馬蹄鐵釘入頭顱，直到最後整個新疆徹底伊斯蘭化，佛教在這片土地上有了一千多年的蓬勃發展。
在西域的歷史上有很多的古德名僧進入我國傳教佈道，如安世高、曇無諦、安法賢、曇摩難提、支道根，康僧會、曇諦、帛延、帛屍梨密、佛圖澄、伽跋澄、僧伽提婆、僧伽羅叉、曇摩耶舍、弗若多羅、卑摩羅叉、求那跋摩及大家熟知的鳩摩羅什等等，我中原的大德高僧通過西域前往天竺求取真經，如法顯、玄奘、義淨。
由法顯禪師所著的佛國記明確記載了當時佛教在西域六國，分別是鄯善、焉夷（今新疆的焉耆）、于闐、子合（今新疆帕米爾高原、小帕米爾東部）、於麾（烏秅國）、竭叉(今新疆塔什庫爾干塔吉克自治縣)的盛況。其中鄯善、焉夷、于闐、子合四國在現新疆境，下面摘錄一些佛國記的原文供參考。
鄯善其國王奉法，可有四千餘僧，悉小乘學。
焉夷國僧亦有四千餘人，皆小乘學。法則齊整。秦土沙門至彼都，不預其僧例。
于闐。其國豐樂，人民殷盛，盡皆奉法，以法樂相娛。眾僧乃數萬人，多大乘學，皆有眾食。彼國人民星居，家家門前皆起小塔，最小者可高二丈許。作四方僧房，供給客僧及餘所須。
僧伽藍名瞿摩帝；是大乘寺，三千僧共犍槌食，入食堂時，威儀齊肅，次第而座，一切寂然，器缽無聲。淨人益食，不得相喚，但以手指麾。
四月一曰，城裡便掃灑道路，莊嚴巷陌。其城門上張大幃幕，事事嚴飾。王及夫人、采女皆住其中。翟摩帝僧是大乘學，王所敬重，最先行像。離城三四里，作四輪像車，高三丈餘，狀如行殿，七寶莊校，懸繒幡蓋。像立車中，二菩薩侍，作諸天侍從，皆金銀雕瑩，懸於虛空。像去門百步，王腕天冠，易著新衣，徒跣持華香，與從出城迎像，頭面禮足，散華焚香。像入城時，門樓上夫人、采女搖散眾華，紛紛而下。如是莊嚴供其，車車各異。一僧伽藍，則一曰行像。四月一曰為始，至十四曰行像乃訖。行像訖，王及夫人乃還宮耳。
其城西七八里有僧伽藍，名王新寺。作來八十年，經三王方成。可高二十五丈，雕文刻鏤，金銀覆上，眾寶合成。塔後作佛堂，莊嚴妙好，樑柱、戶扇、窗牖，皆以金薄。別作僧房，亦嚴麗整飾，非言可盡。嶺東六國諸王，所有上價貨物，多作供養，人用者少。
子合國。國王精進，有千餘僧，多大乘學。
即使不看古代的文字資料，即便到了現在我們也能從那些出土的無數的精美的佛教壁畫與佛像可以感受到當年佛教在西域的盛況。如若有幸去新疆旅遊，也能從那些已經成了殘垣斷壁的遍佈天山南北的各類佛洞與佛寺中感受到當年佛國在這片土地的壯麗。
然而這一切如今都不復存在了，無數的清真寺和無數的穆斯林代替了曾經的佛國世界。那麼千里佛國究竟是怎麼一步一步的變成現在這模樣的呢？
公元570年，住在阿拉伯半島的麥加城裡的有著古來氏血統的一戶沒落的哈申族貴族後裔家裡生出了一個娃兒，這個娃兒就是後來的穆罕默德。公元610年，四十歲的穆罕默德閒了沒事就經常去麥加城附近的一個小山洞裡清修，終於過了一段時間，他編了一套正常人都不會相信的神話故事，他説自己得到了“安拉”（安拉是阿拉伯人在伊斯蘭之前認為的至高的獨一的主宰，出自閃族語，最早是閃米特人對造物主的稱謂）的啟示，安拉通過一個叫
吉布利勒的天使來啟示他，讓他來拯救和警告世人。他宣稱伊斯蘭教自古就有，早在人祖阿丹時期就已存在，經過了努哈、胡德、伊卜拉欣、母撒、爾撒（耶穌）這些使者的傳播，現在他是最後一位使者，是至聖，開始了他的傳教之路，很快聚集了很多人，後來信仰伊斯蘭教的阿拉伯人打敗了伊朗人，伊斯蘭教汲取了伊朗的文明，變得更加有生命力。
時間往後推移至公元648年，正是我大唐貞觀22年，一支來自唐朝西北數千裡之外、在今俄羅斯葉尼塞河上游地區的黠戛斯朝貢團在他們俟利發（最大領導人，相當於酋長）的帶領下來到了我大唐的長安城朝見天子。他們的俟利發叫失缽屈阿棧，失缽屈阿棧來到大唐見到天子後就噗通一聲就跪下了，激動的眼淚直掉。太宗皇帝有點不太明白，連忙拉起來問怎麼回事，失缽屈阿棧説他這次除了朝貢天子，最重要的目的是來認親的。
接著他就説了他的身世，原來他是李陵的後代，與大唐同是隴西李氏後裔。李世民一看，所有黠戛斯的朝貢團都是綠頭髮紅眼睛，而只有這個俟利發是黑頭髮黑眼睛，天子很是高興的認下了這門親。失缽屈阿棧請求歸屬大唐版圖，天子很高興，當場同意在黠戛斯設立堅昆都督府，歸屬燕然都護府管轄，封失缽屈阿棧為左屯衛大將軍、堅昆都督（堅昆是黠戛斯漢朝古名，李陵被匈奴單于封為右校王，其管理的一代就是這裡） 。此後黠戛斯一直與大唐友好相處，只要大唐一有打擊突厥的行動，黠戛斯必定出兵相助。
時間再往後推兩百年，一直到公元846年，黠戛斯打敗了當時即突厥之後不可一世的漠北草原霸主回鶻汗國。回鶻諸部紛紛遷離蒙古草原，一支遷到現在的河西走廊，稱河西回鶻，現在裕固族的前身。一支遷到天山東部南坡，現在的吐魯番盆地，以高昌（吐魯番東部）為首府，建立高昌回鶻。他們的首領名叫僕固俊可汗，又稱獅子王 ，其管轄範圍北達阿爾泰山，南越羅布泊，西南到喀什。而另一支回鶻部落則一直西遷到蔥嶺以西進入中亞地區並擴張到天山南路的喀什一帶，聯合沒落的突厥部落建立了喀喇汗王朝。喀喇汗王朝的中心區大致包括今烏茲別克斯坦與哈薩克斯坦以及中國的部分地區，都稱為喀什噶爾（今喀什），與其緊臨的是強大的以伊斯蘭教為中央集權的薩曼王朝。
薩曼王朝當然是看中了喀喇汗王朝這塊肥肉，動不動就發兵給你幾耳雷子，打的喀喇汗王朝沒有還手的餘地。終於於公元893年，喀喇汗王朝的副都城怛邏斯被強大的薩曼王朝攻陷。駐守該地的副汗奧古爾恰克率領部屬遷至喀什噶爾城。而正在這個時候薩曼王朝陷入了與薩法爾王朝的戰爭，當時的薩曼王朝埃米爾（國王）叫納斯爾，納斯爾派他的兄弟伊斯瑪儀攻取布哈拉（今烏茲別克斯坦境內），很快布哈拉就被伊斯瑪儀攻破，伊斯瑪儀大權在握，兄弟兩反目成仇，搞了起來。
納斯爾國王出逃至喀什的噶爾城，向奧古爾恰克尋求庇護，愚蠢的奧古爾恰克不但准許自己的這個仇人在噶爾城避難，並且還任命他阿圖什的行政長官。當然也有人説他收留納斯爾是為了利用納斯爾加大薩曼王朝的內部矛盾，具體怎麼樣不説。
這是新疆伊斯蘭化的重要的第一步。納斯爾軟磨硬泡的終於説動了奧古爾恰克答應他在阿圖什修建清真寺，相傳他殺了一頭牛，把牛皮編成一根細細的繩子，在繩子圈到的地方建起了一座清真寺，這坐清真寺現在還在阿圖什屹立著。
當時喀喇汗王朝的大汗名叫薩圖克•布格拉是奧古爾恰克的侄子，薩圖克•布格拉的父親是阿爾斯蘭汗。阿爾斯蘭汗死後他的弟弟奧古爾恰克娶了他的妻子，也就是薩圖克•布格拉 的母親。薩圖克•布格拉這時候雖然是喀喇汗王朝的大汗，然而政權卻被其叔父奧古爾恰克把持著。
薩圖克•布格拉心情不是很好，就經常找納斯爾聊天打獵，結果被納斯爾軟磨硬泡的忽悠成了穆斯林。之後他們兩個在喀喇汗王朝內秘密傳教，最後在他們一批穆斯林的幫助下薩圖克•布格拉奪得喀喇汗王朝的真正大權，強制國民加入伊斯蘭教。他去世後他的兒子穆薩·阿爾斯蘭汗繼續捍衛並推行他的政策並與通過絲綢之路與中亞的伊斯蘭國家進行商貿往來。
公元960年， 20萬帳（以帳篷為單位，差不多有110萬人左右）突厥人不再信仰佛教而改信伊斯蘭教，同年穆薩·阿爾斯蘭汗宣佈伊斯蘭教成為喀喇汗王朝的國教，兩年後喀喇汗王朝的第一都城喀什噶爾（今喀什）發動了佛教徒的反抗，結果被殘酷屠殺鎮壓。
當時在新疆地區還有一個國家叫于闐國，于闐國的國君本姓尉遲，建國極早，一直可追溯到西漢時期。大唐安史之亂的時候于闐王尉遲勝率兵赴中原以解大唐之難。于闐國一直推崇大唐文化，公元907年大唐滅亡，公元912年于闐王尉遲婆跋繼位，改姓李，並取名
李聖天。因此于闐國也被稱為于闐李氏王朝，于闐國全國篤信佛教，可謂真正的佛國世界。
于闐王自然看不過去喀喇汗王朝殘酷的屠殺和鎮壓不改信伊斯蘭教的佛教徒，於是他支持了喀喇汗王朝的佛教徒對喀喇汗王朝的反抗。最終若毛了喀喇汗王朝汗王，喀喇汗王朝對於闐宣戰，于闐國得到了同樣篤信佛教的高昌回鶻還有吐蕃的支持。經過七年的戰爭，終於打敗了喀喇汗王朝，攻佔了他們的都城喀什，並扶持了篤信佛教的傀儡政權。
在另一個地方穆薩·阿爾斯蘭的兒子阿里·阿爾斯蘭汗繼位。公元992年阿里·阿爾斯蘭汗乘薩曼王朝動亂之機，派其堂兄副可汗哈桑·布格拉進攻薩曼王朝，並奪得首府布哈拉城。慢慢的國勢日勝，並奪回了喀什噶爾城。
公元998年于闐國和喀喇汗王朝在今新疆英吉莎縣東北的一個地方發生了一場戰役，于闐軍趁著喀喇汗軍隊禮拜的時候發動襲擊，結果阿里·阿爾斯蘭汗戰死。
之後的幾十年，喀喇汗王朝和于闐國年年作戰 ，雖然于闐勝多敗少，然而對國力的消耗非常嚴重。而喀喇汗王朝還有中亞的副可汗做為後援，于闐國越來越覺得自己力不可支。無奈之下於闐國向大宋求救，然而此時的大宋王朝剛剛建國不久，國力尚且不強，再加上大宋王朝也沒有像之前漢唐那樣的魄力。最終於公元1006年于闐國被信仰伊斯蘭教的喀喇汗王朝滅亡，于闐國滅亡後他們的國民與喀喇汗王朝的軍隊進行了將近半個多世紀的反抗戰。
此時的新疆地區，只有信仰佛教的高昌回鶻。喀喇汗王朝對高昌回鶻恨之入骨，稱高昌回鶻是最兇惡的敵人，從此喀喇汗王朝和高昌回鶻這對兄弟進行了將近一百年的不同信仰間的拉鋸戰爭，這其間喀喇汗王朝內亂分為東西兩部。
公元1041年起，喀喇汗國分裂為東哈喀喇汗國和西喀喇汗國。
公元1122年宋金聯合攻遼，金兵攻克了大遼中京（今赤峰市寧城縣天義鎮以西），遼天祚帝耶律延禧西逃入雲中，耶律大石留守南京（今北京）城，被宋金聯軍兩面夾攻，耶律大石為了穩定軍心，立耶律淳即皇帝位，史稱北遼。大宋想趁此良機收復燕雲十六州，遂出兵二十萬攻打南京，結果被耶律大石分別大敗宋軍於白溝河和南京街巷。公元1123年4月耶律大石被金軍在奉聖州（今河北涿鹿縣）生擒活拿，耶律大石從金營逃掉後投奔天祚帝耶律延禧，耶律延禧痛恨耶律大石立耶律淳為皇帝，因此對耶律大石十分忌憚，連耶律大石養兵待時的意見也聽不進去，最終耶律大石殺掉兩個將軍，帶著兩百人逃亡新疆。
耶律大石一路西行，所到之處望風而降，最終西域各伊斯蘭國在其宗主國塞爾柱帝國的號召下，集軍力十萬以對抗耶律大石，結果被耶律大石打敗，東西哈喀喇汗相繼歸屬，耶律大建國稱帝，史稱西遼，都城虎思斡耳朵（今吉爾吉斯斯坦托克瑪克東南布拉納）。西遼貴族全部信仰佛教，然而西遼政府卻並沒有強制國民的信仰。
西遼有效的遏制了伊斯蘭教在新疆的進一步傳播。
這期間東西喀喇汗雖然一找著機會就聯合軍隊對西遼發動一次“聖戰”，然而總是被西遼打敗，再而繼續臣服，一百多年後西遼皇帝傳到了耶律直魯古這一代，東喀喇汗國大汗穆罕默德·本·玉素甫在喀什起兵，聯合于闐一帶的穆斯林反抗耶律直魯古，結果被西遼軍隊吊打，穆罕默德被俘並被押往虎思斡耳朵，囚禁在西遼的監獄。
公元1024年，蒙古草原上的鐵木真為了追擊他的義父克烈部王罕率軍來到阿爾泰山腳下，阿爾泰山下面住著蒙古四部之一的信仰基督教的乃蠻人，王罕兵敗後想投奔乃蠻人，然而乃蠻守將並不認識王罕，卻將王罕殺死，克烈部一滅亡，鐵木真的勢力直接威脅到乃蠻人，乃蠻部集結隊伍與鐵木要真在納忽崖上幹了一架，最終乃蠻人不敵長途跋涉而來的鐵木真，被鐵木真所滅，他們的的太陽汗拜不花戰死，拜不花的兒子屈出律出逃至叔父不亦魯黑汗處，二逼的不亦魯黑在打獵的時候被鐵木真的幾個小兵給活捉，屈出律再度逃脫，投奔蔑爾乞部首領
脫黑脫阿，蔑爾乞部與鐵木真是世仇，鐵木真的父親搶了蔑爾乞部赤列都的老婆訶額侖，鐵木真的老婆被蔑爾乞部搶了去，結果鐵木真一直懷疑自己的長子朮赤是蔑爾乞的種，這次新仇舊恨一起算，結果蔑爾乞人被鐵木真打敗，1206年春天，鐵木真在斡難河（今鄂嫩河）源頭召開大會，稱 “成吉思汗”。
屈出律出逃到了西遼的境內，西遼有個王后叫
古爾別速（不是鐵木真汗的那個古爾別速妃），本是西遼仁宗耶律夷列的王妃，但是耶律夷列死後被他的兒子耶律直魯古娶成了自己的王后，這個王后很是喜歡屈出律，屈出律很快便進入了西遼的廟堂，西遼皇帝耶律直魯古也很喜歡這個屈出律，便將他的女兒渾忽公主嫁給了屈出律，屈出律改基督教皈依佛教。公元1211年，西遼的兩大附屬國西喀喇汗和花刺子模與屈出律勾結，相助屈出律奪得西遼皇帝位，屈出律承諾他們獨立，他們出兵包圍了虎思斡耳朵。西遼皇帝耶律直魯古被迫禪位於屈出律，屈出律尊他為太上皇。而此時的形勢，西喀喇汗國和花刺子模相繼獨立，西喀喇汗國和花刺子模本就都是伊斯蘭國家，他們一獨立出去就對西遼發動了“聖戰”，此時信仰佛教的高昌回鶻也投降了鐵木真。屈出律孤立無援，遂想到了東喀喇汗國大汗穆罕默德·本·玉素甫，他讓穆罕默德臣服於他，最後放穆罕默德回到喀什，可笑的是喀什的王族得知穆罕默德臣服給佛教徒屈出律後將其殺死，東喀喇汗國正式滅亡。虎思斡耳朵也被花刺子模攻破，屈出律遷都到喀什。
屈出律恨透了穆斯林，為了給盟友穆罕默德·本·玉素甫報仇，屈出律一進喀什便開始屠殺東喀喇汗國的貴族，並開始在全國上下正式推行佛教，強制伊斯蘭教徒改信佛教，要麼穿戴契丹人的衣服，兩者必須選一個，強制關閉清真寺，不許穆斯林禮拜，並將一個穆斯林的長老釘死在清真寺的門上，這引起了全國上下的一致不滿。
公元1218年，花剌子模就跟一千一百多年前的大宛國一樣作了一回實質的死，他們將成吉思汗好意派去與他們通商和結盟的使者和商隊誅殺，鐵木真怒了，兵分三路帶著十多萬蒙古鐵騎浩浩蕩蕩開始了他的西征，西遼被鐵木真手下的哲別稍帶角的就給滅了，屈出律也被殺死。鐵木真的西征軍隊如秋風掃落葉一般，很快就滅亡了西喀喇汗國和花刺子模，鐵木真把新疆以及中亞很大的一塊地方給了他的二兒子察合臺，史稱察合臺汗國，建都阿力麻裡（今新疆伊犁霍城縣），之後察合臺汗國分為東西察合臺汗國。
時間往後推移一百多年，公元1329年成吉思汗的第七世孫禿黑魯·帖木兒在東察合罕國出生，蒙古人特別喜歡打獵，禿黑魯·帖木兒也不例外，他有一次去阿克蘇打獵，偶然遇上了伊斯蘭教的大師馬魯丁，兩人一拍即合，禿黑魯·帖木兒秘密的信仰了伊斯蘭教，公元1347年，年僅十八歲的禿黑魯·帖木兒 即汗位。
公元1353年禿禿黑魯·帖木兒正式宣佈改信伊斯蘭教，並施行了割禮，起經名艾布·伯克爾·穆罕默德，第二年就強制讓16萬蒙古人集體加入伊斯蘭。再到他的孫子穆罕默德汗強制所有察合臺汗國國民必須加入伊斯蘭教，對於不加入的國民將馬蹄鐵釘入頭顱，最終整個新疆徹底伊斯蘭化，再沒有機會變為以前的佛國世界
