一、病因治療
積極治療原發軀體疾病，在大多數病例中，採取相應的病因療法後精神障礙可得到緩解(具體參看有關章節)。
二、對症治療
由於精神障礙的存在會影響軀體疾病的治療，軀體疾病的改善也需要有個過程，故在治療開始需同時應用相應精神藥物給以對症治療是十分必要的。精神藥物治療原則與功能性精神疾病不同：
①劑量宜小;
②充分考慮藥物的副反應和禁忌症，選用同類藥品中副反應較少者;
③精神症狀緩解後即應停藥。
三、支持療法
如以意識障礙為主，則需同時施行支持療法，包括能量供給，維持水、電解質平衡和維生素的補充。
心理治療
四、心理治療
應在.上述治療基礎上同時進行，但一般需在急性期緩解後或等意識障礙恢復後，患者能接受時再施行。心理治療手段視精神障礙的種類而定，如抑鬱、焦慮、恐懼等給以個別言語性解釋、保證為主;對有幻覺妄想的病人症狀的解釋須謹慎，往往需要等待藥物起效後，或患者在稍能接受的條件下進行，否則引起反感或牴觸而拒絕治療，結果會事與願違;對精神運動性抑制或緘默、木籤孤獨、退縮者，要加強行為訓練;對那些遺留的痴呆、人格改變者心理治療往往收效甚微。但心理治療在早期合併應用時可減少智能障礙和人格改變的發生率，於清漢(1995)報道一組對照研究盅，合併心理治療組，精神障礙的緩解率為75.9%，遺留人格改變者為5.1%，智能障礙者6.9%，而不合並心理治療的對照組，緩解率分別為69%、10.6% 、9.8%。
五、加強護理
良好的護理直接關係到軀體性精神障礙的預後和結局。護理工作中既要注意對軀體疾病的護理，又要做好精神科的特殊護理。環境和心理護理有助於消除患者的恐懼、焦慮情緒，對有意識障礙的病人特別要注意安全護理，以防其自傷、意外身亡、摔倒、衝動、毀物等，對抑鬱患者應警惕其自殺企圖，給予預防。
六、軀體疾病所致精神障礙的病程和預後
取決於原發疾病的性質、病程和治療以及對精神症狀的處理是否恰當。一般來講急性精神障礙如意識障礙、急性精神病性症狀病程較短，預後良好。但若軀體疾病惡化，上述障礙則轉入昏迷。慢性精神障礙如智能障礙、人格改變則遷延時間至少達2~4個月以上。
