一、病因治疗
积极治疗原发躯体疾病，在大多数病例中，采取相应的病因疗法后精神障碍可得到缓解(具体参看有关章节)。
二、对症治疗
由于精神障碍的存在会影响躯体疾病的治疗，躯体疾病的改善也需要有个过程，故在治疗开始需同时应用相应精神药物给以对症治疗是十分必要的。精神药物治疗原则与功能性精神疾病不同：
①剂量宜小;
②充分考虑药物的副反应和禁忌症，选用同类药品中副反应较少者;
③精神症状缓解后即应停药。
三、支持疗法
如以意识障碍为主，则需同时施行支持疗法，包括能量供给，维持水、电解质平衡和维生素的补充。
心理治疗
四、心理治疗
应在.上述治疗基础上同时进行，但一般需在急性期缓解后或等意识障碍恢复后，患者能接受时再施行。心理治疗手段视精神障碍的种类而定，如抑郁、焦虑、恐惧等给以个别言语性解释、保证为主;对有幻觉妄想的病人症状的解释须谨慎，往往需要等待药物起效后，或患者在稍能接受的条件下进行，否则引起反感或抵触而拒绝治疗，结果会事与愿违;对精神运动性抑制或缄默、木签孤独、退缩者，要加强行为训练;对那些遗留的痴呆、人格改变者心理治疗往往收效甚微。但心理治疗在早期合并应用时可减少智能障碍和人格改变的发生率，于清汉(1995)报道一组对照研究盅，合并心理治疗组，精神障碍的缓解率为75.9%，遗留人格改变者为5.1%，智能障碍者6.9%，而不合并心理治疗的对照组，缓解率分别为69%、10.6% 、9.8%。
五、加强护理
良好的护理直接关系到躯体性精神障碍的预后和结局。护理工作中既要注意对躯体疾病的护理，又要做好精神科的特殊护理。环境和心理护理有助于消除患者的恐惧、焦虑情绪，对有意识障碍的病人特别要注意安全护理，以防其自伤、意外身亡、摔倒、冲动、毁物等，对抑郁患者应警惕其自杀企图，给予预防。
六、躯体疾病所致精神障碍的病程和预后
取决于原发疾病的性质、病程和治疗以及对精神症状的处理是否恰当。一般来讲急性精神障碍如意识障碍、急性精神病性症状病程较短，预后良好。但若躯体疾病恶化，上述障碍则转入昏迷。慢性精神障碍如智能障碍、人格改变则迁延时间至少达2~4个月以上。
