众所周知，云台二十八将是东汉光武帝刘秀在平定乱世中立下赫赫战功的开国元勋集团。他们在东汉开国时立下功勋，被汉明帝刘庄在南宫云台挂历画像祭祀，于是有了云台二十八将的说法。可在刘秀平定天下时，这二十八位名将也不是铁板一块，而是有着各自的派系和利益团体。因此这些将领之间并不团结，表面上都是协同作战的名将，实际上暗中都在争权夺利。这种情况也导致东汉初年政治动荡，叛乱频发，民不聊生。其中最为典型的便是邓奉起兵反叛刘秀，这是云台二十八将中两大派系对立所导致的战争。
云台二十八将内部主要是两个大的政治派系组成，分别为河北派和南阳派。河北派是刘秀在河北崛起时任用的将领，他们大多是河北的豪强门阀，或者是河北的官员。当时更始帝刘玄陷害了刘秀的哥哥刘演，逼迫刘秀交换兵权，让他去河北抚兵。实际上这是更始帝刘玄和绿林军将领的阴谋，想要借助河北混战的局势除掉刘秀。刘秀到了河北后结交河北本地官员，受到河北豪强门阀的支持，并与真定王刘杨达成联盟。然后刘秀整合河北豪强的势力，重建自己的军队，平定河北乱局，在河北崛起，成为与更始政权分庭抗礼的存在。
由于河北豪强在刘秀崛起过程中功劳最大，所以东汉初年也拥有最大的政治势力。而且当时刘秀立了真定王刘杨的外甥女郭圣通为皇后，让郭圣通的儿子刘疆做太子，于是河北派在朝廷中拥有极强的话语权。云台二十八将中的，吴汉、耿弇、寇恂、景丹、盖延、王梁、耿纯、任光、李忠、邳彤、万修、刘植等都是河北派的代言人。其中吴汉虽然是南阳新野人，却在河北当官，又是刘秀整合河北豪强的重要帮手，所以在这之中话语权最强。后来刘庄立云台二十八将时，便将吴汉排在了第二位。
南阳派是刘演和刘秀兄弟起家的根本，是他们最早反动舂陵起义的支持者。这些都是南阳和中原的豪强门阀，在更始政权中有很大的势力。刘演被刘玄暗杀后，南阳豪强分化。一部分跟了刘玄，陷入了更始政权的内斗中。一部分支持刘秀，并千里迢迢的前往河北投奔刘秀。这其中最为重要的便是南阳邓氏和阴氏，邓氏的公子邓晨是刘秀的姐夫，阴氏的阴丽华是刘秀的原配妻子。正是因为这两家豪门的支持，刘玄才不敢在洛阳陷害刘秀，放其前往河北抚兵。刘秀在河北崛起时，南阳派的势力并不大，但却在中原有很大的资源。
这些家族都是中原根深蒂固的豪强门阀，从汉朝建立起就在中原经营，所以占据了当地大量的资源，包括土地、人口、官员等等。刘秀在河北崛起后建立东汉，然后南下中原与更始政权争夺，必须要获得中原门阀的支持，而其中南阳豪强的影响力至关重要。所以刘秀在也很重用南阳派的官员，赋予了很大的权限，使其与河北派分庭抗礼。这些官员中以云台二十八将的邓禹、朱祜、岑彭、刘隆、贾复、杜茂、陈俊、马武、马成等人为代表。后来起兵反叛刘秀的邓奉也是南阳派的官员，是南阳邓氏的子弟，他的叔叔是刘秀的姐夫邓晨。
刘秀驱逐了更始政权派往河北的军队，正式建立东汉，树立起了反对更始政权的大旗。于是他派军队南下进入中原作战，与中原当地军队发生战争。中原当时掌握在更始政权手里，很多中原豪强门阀都是支持更始帝刘玄的。所以河北军队进入中原后很不客气，不但消灭了更始政权的军队，还劫掠这些支持更始政权的豪强门阀。而中原南阳极其附近的豪强门阀比较例外，他们是不支持刘玄，而是支持刘秀的，但也遭受到了河北军队的劫掠。于是引发了各种冲突，并引起了当地门阀支持下的大量叛乱。
对南阳门阀劫掠最为厉害的便是吴汉的军队，他与坚镡、万修率军南下，目的是攻占南阳及其所属郡县。这支军队连克宛城、涅阳、郦县、穰城、新野等地，又在新野以南击败南郡的秦丰一部，可谓节节胜利。吴汉为了筹集粮草，便允许军队劫掠当地豪强门阀，搞得民怨沸腾，对新野的破坏尤其严重。正好南阳派的破虏将军邓奉回乡探亲，见此情景，不由得怒火中烧。他聚起宗族乡民，反攻吴汉，夺回粮草辎重，并驻扎在淯阳城中，举起了反叛刘秀的大旗。吴汉被邓奉击败，被迫南撤，万修病死军中，坚镡困守宛城。
然后邓奉分兵出击，驱逐了南阳境内的其它汉军，控制了南阳大部分地区。然后又与中原起兵反抗河北军的其它武装联合，与延岑的汉中军、董訢的南阳军、更始政权残部和楚黎王秦丰建立了攻守同盟。他们盘踞在中原腹地，成为刘秀平定中原的一大障碍。刘秀又派征南大将军岑彭率领大军南下，以图平定邓奉的叛乱。这支军队非常精锐，其中不少是云台二十八将中的名将，如朱祐、贾复、耿弇等人，可结果仍旧被邓奉击退。在刘秀击败西线的赤眉军之前，邓奉与汉军缠斗将近一年，多次击败汉军名将，让岑彭等人焦头烂额。
后来刘秀平定了赤眉军，率领主力围攻南阳，才平定了邓奉的叛乱。邓奉战败后投降，亲自到刘秀大营请罪。刘秀本来准备看在姐夫邓晨的面子上饶恕邓奉，却受到岑彭和耿弇强烈反对。最后刘秀被迫处死了邓奉，这才平息了军队中南阳派和河北派之间的争端。
这个事情本质上是河北派为了消灭潜在政敌，利用战争机会打击对手引发的政治斗争。在此之前，河北派的真定王刘杨意图叛乱，被刘秀派人扑灭。刘秀为了平息河北派的反对意见，将真定王的外甥女郭圣通立为皇后，郭圣通之子刘疆立为太子。这个政治妥协让河北派势力大增，有着独霸朝政的势头。
而当时初生的东汉朝廷中能与河北派抗衡的就是南阳派，可南阳派的势力却不如河北派。因为南阳派的根据地中原来在更始政权手中，东汉军队中南阳和中原军队较少，所以无法与河北军队抗衡。河北军队进入中原后到处劫掠，实际上是趁着战争的机会消灭南阳派的根基，使其无法与之抗衡。吴汉干这种事情不是一次两次了，在后来平定公孙述的蜀国时，他也在成都搞过这种事情。后来刘秀因此下诏斥责他，并剥夺他的兵权，让他回南阳老家祭祖。由此看得出来刘秀对吴汉的打算是心知肚明的，逼他回老家也是让他在河北和南阳两派之间站队。
就邓奉的叛乱而言，吴汉代表了河北派的利益，所以对南阳及中原本地造成很大伤害。邓奉作为南阳邓氏子弟，在老家受到迫害时不反抗，那是说不过去的。如果他退却了，中原百姓和可能放弃他们，那么等于挖断了南阳派的根基。南阳派没有了中原豪强门阀的支持，那和西北派的散兵游勇没什么区别，也就别在朝廷中与河北派争锋了。因此邓奉的叛乱既是基于义愤，也是为了保住自家的根本利益。他的虽然失败被杀，但却团结了中原和南阳的豪强和百姓，也为后来南阳派发展壮大奠定了基础。
南阳派在最后也默认了处死邓奉的操作，这也是不得已而为之的选择。毕竟当时汉军刚刚平定中原，周边地区如江淮、关中、陇右、蜀中的割据势力还大量存在。此时正是河北派势力最强的时候，不宜正面交锋。南阳派退一步，刘秀再从中撮合，暂时平息了其中的矛盾。
而从东汉发展的趋势来看，河北派这么搞实属不智。因为刘秀无论如何都会定都洛阳，中原和南阳门阀近水楼台先得月。一旦战争结束，国家资源肯定会偏重于中原的郡县，南阳派的势力增强是必然的趋势。后来南阳派利用度田制挑起政治风波，逼刘秀废后换太子，便是最河北派最好的反击。
