鼠疫對東三省商業造成了巨大的衝擊，其中以豆業、糧業、肉業、雜貨業、銀行業受到的衝擊最為明顯。
一．豆業
豆業是東三省重要的支柱產業之一，其重要的農產品如大豆、豆餅、豆油等一直暢銷於國內外，鼠疫的流行使東三省豆業頗受打擊。在奉天，“外省商人來省向各油房批買豆餅甚多，原約今正取貨，不意元旦大雪道路梗塞，又兼之防疫吃緊大車不能通行，以故各商現擬將批買之豆餅回各油房返價退回，侯至大車通行再行定價購買，聞各油房多不許可。”
近來因“染瘟疫者愈來愈多，該處豆餅製造廠一律停歇。”在鐵嶺，“凡堆積大豆之商家近因時疫發生，恐存大豆歐洲各國不肯收買，將來必至虛耗均各異常惶恐。受此影響“大豆價值日來逐漸退落，時日行市集竟落至六吊八百二十文，各糧商甚為惶恐。
在吉林，“懷德縣素為出豆之區，日俄兩國商人去年至該縣購定千萬石，先付價侯豆運完再行全付，現在鼠疫交通隔絕，聞該商人有退豆消息。”農工商部亦接到“東三省商會電，謂大豆業因防疫停運，損失己五千餘萬兩，請速維持。”鼠疫對東三省豆業衝擊之大可窺一斑。
二．糧業受損
糧業也受到來自鼠疫的衝擊，致使糧戶無心採購，糧車無法運輸，糧業損失慘重。在奉天，“某紳商擬定防疫條陳若干條，其中有謂省城所售麵粉多由哈爾濱、長春等處運輸至奉天，恐其中含有疫氣，人若食之尤為易於傳染，請即設法停運，按此亦為防疫之一道也。
“小南關天利豐糧米鋪因有夥計染疫斃命，致被查封迄今己月餘矣。鋪執事因封閉日久未免受累太重，給商會呈請開市營業，該會恐疫氣未全消未之允許。”在鐵嶺，“怡泰糧貨棧因生意蕭條、事務清簡，遂將舊日所用櫃夥裁去大半，擬侯秋季收糧再行用人，以期節省經費。”錦州“各鎮鄉所產雜糧曏者均載赴營口售賣，去年因疫流行汽車停運，故現在雜糧價值均各低落，倘交通長此不便，該糧價當必無提之日。”
長春“商務以糧為大宗，因時疫猛烈各商皆無心採買，兼之防疫十分嚴厲斷絕交通，是以四鄉糧車無一進城。”可見，鼠疫對東三省糧業的不利影響較大。
三．肉業
鼠疫爆發後，東三省各地明確規定禁止售賣驢、馬肉和雞、鴨，甚至死斃的馬、牛、羊等肉也禁賣，以肉業為生的屠宰行和賣肉商因此受到牽連。奉天警務局擬訂的《防疫規則》中，明確規定“腐魚、敗肉及死斃馬、牛、羊、騾、雞、鴨等宜嚴行查禁。”
“省城湯鍋向來購買瘦馬、贏騾入場屠宰，以獲取微利。現在時疫流行，此等騾馬雖非病斃，然食之殊屬有礙衛生，故警局諭傷各區派警傳知各湯鍋一律禁宰騾馬。鐵嶺“自防疫以來，人民之食肉者異常稀少，因之屠宰營業頗覺蕭條。在新民，“因鼠疫流行限是肉攤，自二十一日起至二十五日，此三天準其買賣，過期一律禁止。” “陸軍潘協統各標營不準購買肉食，侯來正再行補支。
在營口，“凡有外來己宰豬肉概行禁止入營口以防傳疫。遼陽警務局因防疫緊嚴，擬將江魚、雞鴨一律禁止售賣。黑龍江警務公所擬定的《會議防疫章程》中，明確規定凡關於牛、羊肉之自死者均行掩埋。長春防疫會制定的《防疫會之禁令》中，明確規定禁止販賣變色、變味之魚肉等物和禁止販賣驢、馬肉。可見，鼠疫對東三省肉業衝擊之大。
四．雜貨業買賣艱難
鼠疫流行後，東三省規定一切貨物暫行停運，雜貨攤床禁止營業，雜貨生意異常困難。“因防疫鐵路載運貨物概停入關。”
在遼陽，“防疫事宜執行甚厲，凡各街出賣下等貨物之攤床，悉行禁止營業，以杜時疫之發生。在新民，“當鋪及日商貨物共有十五家，去年鼠疫發生時各日商貨物計己停止質押，近因防疫戒嚴，於二十九日己由中日官憲傳諭各當，一概均不接當。川255〕黑龍江“自正月十一日起至下月初三日止，將齊齊哈爾以南各地之行旅及貨物一律禁止進省。
長春“己將一切貨物停運，不使之再由火車南下，以防鼠疫之傳播。沿街設地攤售賣舊貨由巡警領至本局消毒後，令攜回暫時不準發賣。因此，東三省雜貨業在鼠疫中經營困難。
根據估計此次鼠疫各行業損失超過2億兩白銀，相當於打了一場甲午戰爭的損失，對東北形成了很大的衝擊。
