自強運動在北京得到了總理衙門的支持，恭親王任其領班大臣直到1884年(除了中間一段短暫的時期被名義上奪去全部職務外)。起初，總理衙門負責有關通商事務的談判，但到後來成為整個“洋務”的主要協調機構；“洋務”是清政府的一種新型活動， 它包括對外交、外貿收入以及與貿易商人和傳教士有關的一切事 務的處理，也包括涉及西方事物的新計劃，如外語學堂、軍隊訓練、兵工廠、造船廠、開礦、商船和海軍等事宜的管理。
總理衙門或者直接制定這些計劃，或者在朝廷上予以提倡。因而對於自強運動努力的成敗，至少是部分地取決於總理衙門的政治勢力。從1861年總理衙門創設以來的大約23年中，人們把它與軍機處緊密地聯繫在一起；它確實可以被看作是軍機處的一個機構。總署大臣的人數不斷增加： 1861 年為7人，1869 年為10人，1876年為12人。
從1861年至1868年，五名軍機大臣中有三人兼領總署大臣；從1869年至1875年，五軍機中有四人兼領； 1876 年至1881年，全部兼領(從1880年起，軍機大臣的人數增至六人);而從1882年到時局大變的1884年，其中仍有四人兼領總署大臣。由於軍機處是清帝在處理重大政策和關鍵性人事問題方面的主要諮詢機構，所以，總理衙門對實現清帝的政策和政綱就處於一種戰略地位了 。
當然，所有重要的提議仍然必須由清帝親自批准。恭親王和文祥(他在1876年死之前一直在軍機處和總理衙門]兩處兼職)享有權勢的大小取決於這時行使著君權的慈禧太后的喜怒。最遲是從19世紀60年代中期開始，慈禧(她的鋒芒超過了與之共同攝政的慈安太后)靠在朝廷高級官員和皇族中提拔對立派來設法削弱恭親王的權力。
慈禧策劃的1861年宮廷政變，當然應該感謝恭親王的合作。在隨後的年代裡，她作為一個仍然缺乏經驗的統治者，不得不在外交和軍事上大大地依靠恭親王。恭親王的確享有相當大的權勢，但在1865年，慈禧對他的地位給了一次打擊。4月初的一道硃諭，是由慈禧親筆用帶有別字的漢文起草並交大學士們潤飾後下頒的，它列舉了言官對恭親王的一些指責，如目無君上，挾制聖意，以及暗使離間。
其他宗室及大臣都為之辯護。不過10日，慈禧決定恢復他在軍機處和總理衙門的職務。她擔心恭親王的去職可能會在地方以及中央政府內部引起恐慌，也許更擔心列強的態度，因為它們被認為對恭親王有著特殊的信任。慈禧怕歐洲人會再來找麻煩，從而失去對形勢的控制。
雖然恭親王在軍機處和總理衙門復職了，但他的聲望和權勢並沒有完全恢復過來。他被永遠地奪去了1861年所封賜的“議政王”頭銜。朝廷的命官們這時也都知道他並不總能邀得太后之寵眷，而且慈禧開始提拔那些以學識高深馳名的官員，他們的清議能力可以抵消恭親王無視祖訓的傾向。在恭親王被剝奪權力的10天期間，慈禧專門諮詢的是周祖培、倭仁，這兩名大學士一直在妒忌軍機處的權勢。
1865年冬，內閣學士李鴻藻，由於擔任侍講，得以經常覲見慈禧，被任命為軍機大臣兼署戶部右侍郎。李鴻藻的為人在思想上驕橫傲慢，在政治上圓滑狡詐，所以不久就成為宮廷中一派的領袖：這一派包括倭仁(直到他在1871年死去時為止)和後來十分出名的頑固派如徐桐和翁同穌等人在內。
李鴻藻派普遍地批評恭親王對歐洲人的懷柔政策，特別是仰仗倭仁為思想楷模的青年御史們，對採用西方技術的必要性持懷疑態度。在1870年“天津教案”的餘波中，李鴻藻及其朋友們保護了在天津曾經助長暴亂的官員，並批駁了對法國採取像恭親王和曾國藩所提倡的那種遷就態度。
在1865年以後新的宮廷聯盟中，慈禧的妹夫，即恭親王的弟弟醇親王也站到了反對恭親王的一方。 他在情緒上是敵視西方的，據說他在煽起“天津教案”中曾起過作用；總之，他猛烈地攻擊恭親王在解決教案時所採取的態度。在1871年3月呈遞慈禧的密摺中，他指責恭親王和另一總署大臣董恂 “一味媚夷”。
醇親王對總署大臣又可以任軍機大臣-事極為不滿。“辦夷之臣，即秉政……常有萬不可行之事，諸臣先向夷人商妥，然後請旨集議。”慈禧認為這一密奏不宜公開，但她設法使以後的一切有 關外交和防務政策的事項都要在醇親王和與他意見相同的官員以及宗室諸王共同參加的宮廷會議上商討。總理衙門的決策權就這樣被削弱了。
恭親王很自負，並不掩飾自己的不滿，他繼續冒犯這位皇太后。1869年他和其他軍機大臣們進行策劃，使慈禧別無選擇地被迫授權山東巡撫丁寶楨逮捕和處決了她寵幸的太監安得海，因為他違制私自離京南下，一路窮奢極侈， 極為招搖。 安得海因向慈禧密告許多高級官員而臭名昭著；此時慈禧因安得海之死而遷怒恭親王。
1873 年同治帝到了成年並開始親政後，恭親王反對這位年輕的君主為慈禧的享樂而重建圓明園的計劃。恭親王的奏疏慷慨陳詞，像-一個大膽的御史那樣剛正，它規勸清帝不要行為失慎(包括微服出遊)，併力諫他少浪費國庫財富，指出這首先要從停止重建圓明園工程開始。1874 年9月，清帝無疑是根據他母親的示意，將恭親王革職降級一至少達一天之久。第二天的諭旨宣佈按照皇太后的旨意，恭親王的職務和爵祿都予以恢復。這種既表明寬容又顯示權威的兩面三刀做法，為的是讓恭親王出醜。
1875年1月，同治帝沒留下一個繼承人就死了。慈禧選擇了醇親王的兒子載循當新皇帝，以光緒為年號。向新統治的過渡顯然進行得比較順利，儘管有少數官員確實提出過規諫，要求遵從祖制從下一代人中選出新皇帝，以維護孝治的禮教。載活只有四歲，他的母親是慈禧的妹妹。兩位太后(慈安和慈禧)第二次攝政；慈禧將長期不間斷地成為實際的統治者。
新皇帝的父親醉親王暫時引退。但有關重大事務，他都以親王的身份參與廷議，而且他的主張比以前受到了更大的重視。1876年，靠著秉性和機敏在宮廷中贏得各派尊重的文祥病死，恭親王的處境進一步惡化。
