自强运动在北京得到了总理衙门的支持，恭亲王任其领班大臣直到1884年(除了中间一段短暂的时期被名义上夺去全部职务外)。起初，总理衙门负责有关通商事务的谈判，但到后来成为整个“洋务”的主要协调机构；“洋务”是清政府的一种新型活动， 它包括对外交、外贸收入以及与贸易商人和传教士有关的一切事 务的处理，也包括涉及西方事物的新计划，如外语学堂、军队训练、兵工厂、造船厂、开矿、商船和海军等事宜的管理。
总理衙门或者直接制定这些计划，或者在朝廷上予以提倡。因而对于自强运动努力的成败，至少是部分地取决于总理衙门的政治势力。从1861年总理衙门创设以来的大约23年中，人们把它与军机处紧密地联系在一起；它确实可以被看作是军机处的一个机构。总署大臣的人数不断增加： 1861 年为7人，1869 年为10人，1876年为12人。
从1861年至1868年，五名军机大臣中有三人兼领总署大臣；从1869年至1875年，五军机中有四人兼领； 1876 年至1881年，全部兼领(从1880年起，军机大臣的人数增至六人);而从1882年到时局大变的1884年，其中仍有四人兼领总署大臣。由于军机处是清帝在处理重大政策和关键性人事问题方面的主要咨询机构，所以，总理衙门对实现清帝的政策和政纲就处于一种战略地位了 。
当然，所有重要的提议仍然必须由清帝亲自批准。恭亲王和文祥(他在1876年死之前一直在军机处和总理衙门]两处兼职)享有权势的大小取决于这时行使着君权的慈禧太后的喜怒。最迟是从19世纪60年代中期开始，慈禧(她的锋芒超过了与之共同摄政的慈安太后)靠在朝廷高级官员和皇族中提拔对立派来设法削弱恭亲王的权力。
慈禧策划的1861年宫廷政变，当然应该感谢恭亲王的合作。在随后的年代里，她作为一个仍然缺乏经验的统治者，不得不在外交和军事上大大地依靠恭亲王。恭亲王的确享有相当大的权势，但在1865年，慈禧对他的地位给了一次打击。4月初的一道朱谕，是由慈禧亲笔用带有别字的汉文起草并交大学士们润饰后下颁的，它列举了言官对恭亲王的一些指责，如目无君上，挟制圣意，以及暗使离间。
其他宗室及大臣都为之辩护。不过10日，慈禧决定恢复他在军机处和总理衙门的职务。她担心恭亲王的去职可能会在地方以及中央政府内部引起恐慌，也许更担心列强的态度，因为它们被认为对恭亲王有着特殊的信任。慈禧怕欧洲人会再来找麻烦，从而失去对形势的控制。
虽然恭亲王在军机处和总理衙门复职了，但他的声望和权势并没有完全恢复过来。他被永远地夺去了1861年所封赐的“议政王”头衔。朝廷的命官们这时也都知道他并不总能邀得太后之宠眷，而且慈禧开始提拔那些以学识高深驰名的官员，他们的清议能力可以抵消恭亲王无视祖训的倾向。在恭亲王被剥夺权力的10天期间，慈禧专门咨询的是周祖培、倭仁，这两名大学士一直在妒忌军机处的权势。
1865年冬，内阁学士李鸿藻，由于担任侍讲，得以经常觐见慈禧，被任命为军机大臣兼署户部右侍郎。李鸿藻的为人在思想上骄横傲慢，在政治上圆滑狡诈，所以不久就成为宫廷中一派的领袖：这一派包括倭仁(直到他在1871年死去时为止)和后来十分出名的顽固派如徐桐和翁同穌等人在内。
李鸿藻派普遍地批评恭亲王对欧洲人的怀柔政策，特别是仰仗倭仁为思想楷模的青年御史们，对采用西方技术的必要性持怀疑态度。在1870年“天津教案”的余波中，李鸿藻及其朋友们保护了在天津曾经助长暴乱的官员，并批驳了对法国采取像恭亲王和曾国藩所提倡的那种迁就态度。
在1865年以后新的宫廷联盟中，慈禧的妹夫，即恭亲王的弟弟醇亲王也站到了反对恭亲王的一方。 他在情绪上是敌视西方的，据说他在煽起“天津教案”中曾起过作用；总之，他猛烈地攻击恭亲王在解决教案时所采取的态度。在1871年3月呈递慈禧的密折中，他指责恭亲王和另一总署大臣董恂 “一味媚夷”。
醇亲王对总署大臣又可以任军机大臣-事极为不满。“办夷之臣，即秉政……常有万不可行之事，诸臣先向夷人商妥，然后请旨集议。”慈禧认为这一密奏不宜公开，但她设法使以后的一切有 关外交和防务政策的事项都要在醇亲王和与他意见相同的官员以及宗室诸王共同参加的宫廷会议上商讨。总理衙门的决策权就这样被削弱了。
恭亲王很自负，并不掩饰自己的不满，他继续冒犯这位皇太后。1869年他和其他军机大臣们进行策划，使慈禧别无选择地被迫授权山东巡抚丁宝桢逮捕和处决了她宠幸的太监安得海，因为他违制私自离京南下，一路穷奢极侈， 极为招摇。 安得海因向慈禧密告许多高级官员而臭名昭著；此时慈禧因安得海之死而迁怒恭亲王。
1873 年同治帝到了成年并开始亲政后，恭亲王反对这位年轻的君主为慈禧的享乐而重建圆明园的计划。恭亲王的奏疏慷慨陈词，像-一个大胆的御史那样刚正，它规劝清帝不要行为失慎(包括微服出游)，并力谏他少浪费国库财富，指出这首先要从停止重建圆明园工程开始。1874 年9月，清帝无疑是根据他母亲的示意，将恭亲王革职降级一至少达一天之久。第二天的谕旨宣布按照皇太后的旨意，恭亲王的职务和爵禄都予以恢复。这种既表明宽容又显示权威的两面三刀做法，为的是让恭亲王出丑。
1875年1月，同治帝没留下一个继承人就死了。慈禧选择了醇亲王的儿子载循当新皇帝，以光绪为年号。向新统治的过渡显然进行得比较顺利，尽管有少数官员确实提出过规谏，要求遵从祖制从下一代人中选出新皇帝，以维护孝治的礼教。载活只有四岁，他的母亲是慈禧的妹妹。两位太后(慈安和慈禧)第二次摄政；慈禧将长期不间断地成为实际的统治者。
新皇帝的父亲醉亲王暂时引退。但有关重大事务，他都以亲王的身份参与廷议，而且他的主张比以前受到了更大的重视。1876年，靠着秉性和机敏在宫廷中赢得各派尊重的文祥病死，恭亲王的处境进一步恶化。
