1917年初春，俄國爆發了二月革命。沙皇退位後，一家人被新成立的俄國臨時政府安置在西伯利亞的託博爾斯克。11月7日，維克黨又發動武裝政變，推翻了臨時政府，成立了新的政府。這之後，沙皇全家包括沙皇夫婦和五個兒女，還有一個醫生、一個廚子、一個男僕和一個女傭，被維克軍隊囚禁於葉卡捷琳堡。
1918年7月初，反維克的白軍漸漸對葉卡捷琳堡形成了包圍之勢。這時，裂寧和斯維爾德洛夫共同簽署了處死沙皇全家的命令。 1918年7月17日凌晨，葉卡捷琳堡秘密警察頭目按指示，帶領十幾名槍手把沙皇一家騙到地下室集合。與沙皇一家一起的還有他們的家庭醫生尤金·波特金，宮女瑪利亞·德米多娃，還有一個男僕與廚子。到了地下室，荷槍實彈的士兵們走了進來。
負責行刑的首領盧洛夫斯基向他們宣讀：“請注意！現在宣佈烏拉爾工農兵代表的決定。鑑於你們的親屬在繼續向維埃政權發動進攻，烏拉爾執行委員會決定槍決你們。”行刑隊開槍，沙皇一家倒在血泊中。其他皇室成員也分批被處死。隨後進行了三天的毀屍行動，屍體被毀容，用斧和鋸肢解、灑上硫酸、扔到了廢礦井裡。直到1978年，人們才發現了沙皇一家的遺骸。
公元2000年,尼古拉二世家族被俄羅斯東正教會追封為殉教聖徒。2008年，俄羅斯最高法院正式為尼古拉二世平反，說他是“維埃暴政”的受害者，為他恢復了名譽。2017年俄羅斯總統批評處決沙皇的行為。
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