經皮腎穿刺活檢目前已經比較普及，是比較安全的小手術，若能嚴格掌握指徵及操作步驟，併發症的發生是非常低的。
（1）血尿：腎穿刺後出現鏡下血尿很常見，幾乎是100%,所以可以不作為併發症看待。多為一過性的，輕度或中度的出血無需特殊處理。臥床一般1-3天內會自行停止。肉眼血尿發生率一般在2%~50%,也會在1-3天內逐漸消失，減輕或轉為鏡下血尿。嚴重出血罕見，可見有鮮紅色尿血，排出體外後可凝成血塊。這提示腎臟有撕裂傷，可給予輸血處理，嚴重者需外科手術處理。
（2）腰痛：腎穿刺後感到手術穿刺側腰痛，其程度因人而異，通常在活檢部位有輕微鈍痛，一般3-5天內逐漸消失，如果疼痛時間持續較長，應給予關注，複查B超是否有腎周圍血腫增大或腎周圍血腫機化牽拉鄰近組織所至。
（3）感染：因腎穿是嚴格無菌操作，一般不會發生感染，只是在機體抵抗力差，原有腎內感染時有可能發生，一次腎穿超過3個針眼，暴露時間過長等因素下偶然發生，及時應用抗生素消炎治療會治癒的。據報道，因腎穿活檢併發感染是極其少見的。
（4）低血壓：穿刺後出現持續血壓偏低，可能與出血或本身血容量不足有關，若為休克血壓，應按休克處理，同時應積極尋找有否腎周圍大血腫或活動性大出血部位。
（5）其他：在過去定位不太精確的情況下，有可能腎穿刺時會傷及鄰近 器官，如肝、脾、腸或胸膜等。現在有高精密的B超和x射線定位指引下， 上述併發症已極少發生，就算偶有併發症，只要認真仔細觀察及時處理，很快會恢復的，一般不會有生命危險。
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