1949年春，人民解放军百万大军挥师南下，“党国要人”惊慌失措，纷纷远走高飞。
在蒋介石授意下，教育部部长杭立武向时任浙江大学校长的竺可桢发来电报，劝他先赴上海，“早做打算”。竺可桢拖延不去。
竺可桢
此后，蒋介石又安排国民党总裁办公室军事组组长王东原找到张其昀(时任浙大文学院院长兼史地系主任，后曾赴奉化溪口追随蒋介石父子左右) ，指派张其昀劝竺可桢到上海去。竺可桢反劝张其昀留在大陆。
4月下旬，国民政府所在地南京被攻克后，杭立武再次写信催促仍在杭州的竺可桢。竺可桢再次拖延不去。
4月26日晚，在得到国民党军警“决不入浙大捕人”的保证之后，竺可桢决定辞去浙大校长一职。
29日，竺可桢又收到杭立武的再次来电催促，这一次的电报是由国民党军方转来的，竺可桢觉得这是一个信号，如果自己再不去上海，军方可能抓他，于是他果断于当天下午只身离开浙大，并随即坐上了去往上海的火车（家属仍滞留在杭州）。
30日中午抵达上海后，竺可桢住进了位于徐汇区龙华枫林桥的中央研究院，下榻于楼梯对面的贵宾室，那是他每去上海必住的地方。
第二天（即5月1日），竺可桢见到了杭立武，杭说“有要事相商”，一问果然是要他去台岛或厦门，竺可桢一口回绝，并提出辞去校长的请求。
当晚，杭立武又送来旅费2000万，竺可桢则只是“当袁洋五元”，不屑一顾。
这一年的早些时候，吴学周（时任中央研究院院士、环境化学研究所所长）开始接待党组织从东北派来上海“招聘人才”的张大煜先生。竺可桢到沪后，党组织开始联系和帮助他。
5月3日，杭州解放。获知家人安全的消息后，竺可桢解除了后顾之忧。
5月6日，竺可桢从楼梯上下来，正碰见蒋经国（负责在上海搬运黄金过海）。
蒋问：“你怎么还没有走？”
竺可桢正准备敷衍，蒋补充说道：“我派人去为你买机票。”
竺说：“历史兴替，大势已去，台湾能维持多久？您与令尊经历不同，依我看，您也不必去台湾了。”
蒋经国气愤地说：“人各有志！”
两人遂不欢而散。
5月27日，上海解放的当日，《大公报》发表消息：“竺可桢未去台。”
这一天，竺可桢在日记中写道：
“……十六年国民党北伐，人民欢腾一如今日。但国民党不自振作，包庇贪污，赏罚不明，卒致有今日之颠覆。解放军之来，人民如大旱之望云霓。希望能苦干到底，不要如国民党之腐化。科学对于建设极为重要，希望新政权能重视之。”
接下来，陈毅元帅担任上海市长，开始与竺可桢为代表的许多科学家交往，而竺可桢已被内定为新建的中国科学院的院长人选之一。
7月6日，竺可桢北上，于13日抵达北平。10月1日，竺可桢出席开国大典。16日，竺可桢出任中国科学院副院长。
