1949年春，人民解放軍百萬大軍揮師南下，“黨國要人”驚慌失措，紛紛遠走高飛。
在蔣介石授意下，教育部部長杭立武向時任浙江大學校長的竺可楨發來電報，勸他先赴上海，“早做打算”。竺可楨拖延不去。
竺可楨
此後，蔣介石又安排國民黨總裁辦公室軍事組組長王東原找到張其昀(時任浙大文學院院長兼史地系主任，後曾赴奉化溪口追隨蔣介石父子左右) ，指派張其昀勸竺可楨到上海去。竺可楨反勸張其昀留在大陸。
4月下旬，國民政府所在地南京被攻克後，杭立武再次寫信催促仍在杭州的竺可楨。竺可楨再次拖延不去。
4月26日晚，在得到國民黨軍警“決不入浙大捕人”的保證之後，竺可楨決定辭去浙大校長一職。
29日，竺可楨又收到杭立武的再次來電催促，這一次的電報是由國民黨軍方轉來的，竺可楨覺得這是一個信號，如果自己再不去上海，軍方可能抓他，於是他果斷於當天下午隻身離開浙大，並隨即坐上了去往上海的火車（家屬仍滯留在杭州）。
30日中午抵達上海後，竺可楨住進了位於徐彙區龍華楓林橋的中央研究院，下榻於樓梯對面的貴賓室，那是他每去上海必住的地方。
第二天（即5月1日），竺可楨見到了杭立武，杭說“有要事相商”，一問果然是要他去臺島或廈門，竺可楨一口回絕，並提出辭去校長的請求。
當晚，杭立武又送來旅費2000萬，竺可楨則只是“當袁洋五元”，不屑一顧。
這一年的早些時候，吳學周（時任中央研究院院士、環境化學研究所所長）開始接待黨組織從東北派來上海“招聘人才”的張大煜先生。竺可楨到滬後，黨組織開始聯繫和幫助他。
5月3日，杭州解放。獲知家人安全的消息後，竺可楨解除了後顧之憂。
5月6日，竺可楨從樓梯上下來，正碰見蔣經國（負責在上海搬運黃金過海）。
蔣問：“你怎麼還沒有走？”
竺可楨正準備敷衍，蔣補充說道：“我派人去為你買機票。”
竺說：“歷史興替，大勢已去，臺灣能維持多久？您與令尊經歷不同，依我看，您也不必去臺灣了。”
蔣經國氣憤地說：“人各有志！”
兩人遂不歡而散。
5月27日，上海解放的當日，《大公報》發表消息：“竺可楨未去臺。”
這一天，竺可楨在日記中寫道：
“……十六年國民黨北伐，人民歡騰一如今日。但國民黨不自振作，包庇貪汙，賞罰不明，卒致有今日之顛覆。解放軍之來，人民如大旱之望雲霓。希望能苦幹到底，不要如國民黨之腐化。科學對於建設極為重要，希望新政權能重視之。”
接下來，陳毅元帥擔任上海市長，開始與竺可楨為代表的許多科學家交往，而竺可楨已被內定為新建的中國科學院的院長人選之一。
7月6日，竺可楨北上，於13日抵達北平。10月1日，竺可楨出席開國大典。16日，竺可楨出任中國科學院副院長。
