1937年11月3日,叶挺风尘仆仆地赶到延安,向毛泽东和党中央表示:“暂时在中共组织之外,但愿在中共领导下进行工作。”
叶挺坦诚的态度赢得了毛泽东的信任,并正式同意叶挺任新四军军长。在延安期间，中共中央和毛泽东还在新四军的改编、干部配备、作战区域及军事方针等问题上与叶挺项英达成了共识，于是放心地将新四军军长的重任交给了叶挺。
11月21日,叶剑英与叶挺就新四军改编问题去见蒋介石。叶挺把准备好的意见向蒋介石提出，蒋介石听后沉吟半晌，说:“各游击队不能照第八路军的办法。延安提出的干部名单不能同意，第八路军拒绝点验，现在必须派人点验，按枪的多少决定编制,不能先委任师长、旅长。”
蒋介石竟然不顾就坐在旁边的叶剑英，公然挑拨叶挺与共产党的关系。
叶挺回答说:“收编可以增加抗日力量，对后方安定也是有好处的。”
蒋介石却答道:“如扰乱地方便是破坏抗战，我要剿的，你们绝不能在江南。”这就是蒋介石的态度。
叶挺愤然提出辞职。蒋介石一看叶挺态度坚决,也就改口，让叶挺有什么事就去找陈诚商量。
新四军军长还是要让叶挺当。
1938 年1月8日,何应钦核准新四军陈毅、张鼎丞、张云逸(兼)、高敬亭为新四军4个支队的领导人。在叶挺的交涉下，以后国民党又陆续批准项英为副军长、张云逸为参谋长、周子昆为副参谋长、袁国平为政治部主任。
1937年10月6日，毛泽东在致博古电中就指出:“决定新四军隶属八路军，编师4旅8团，拟项英任副军长，陈毅任政治主任，周于昆任参谋长,军部暂驻武汉，南昌、福州设办事处。”10月19日,洛甫、毛泽东在致博古、叶剑英电中又提出，“要求何应钦将叶挺之新四军隶入八路军建制。”
但蒋介石拒绝同意，一直不承认南方红军游击队为正规部队,不给师和旅的番号。
12月23日，中共中央决定在编制上再做让步，提出新四军不隶属八路军，由所在地区直辖；军以下不设师、旅和纵队，直辖4个支队；在南方各地区只设留守处、办事处，军队全部开赴抗日前线。但中共中央仍然坚持新四军独立成立一个军，坚持共产党对新四军的绝对领导权，坚持独立自主地在敌后开展抗日游击战争等条件。
这时,蒋介石才勉强同意新四军按正规军编制，建立1个军,军以下设4个旅级支队共8个团，新四军归国民政府军事委员会第3战区序列。12月27日,项英在武汉与国民党谈判时，向毛泽东、张闻天报告：“四军编制为四个支队，支队等于旅。...如何?望告。”次日,毛泽东回电:“同意编四个支队。”
至此，在新四军改编问题上，国共双方初步达成一些共识。
南方红军游击队由于长期遭到封锁，不仅缺少食，而且武器弹药也少得可怜。
经过叶挺和叶剑英多次争取，蒋介石、何应钦才批准了新四军的薪饷和装备，也只是核准每月6.5万元的经费。整个新四军的经费只相当于国民党军一个丙等师的经费，维持新四军的伙食费还差1万元，“购买枪支更谈不上，一切衣毯均无,严冬作战大成问题”。后经周恩来、叶挺交涉,经费增加到9万元。武器就更不要提了，根本没有。为了能尽快与国民党达成协议，合作抗战，中共再次做出了让步,终于与国民党达成了协议。
1938年1月8日，国民政府军事委员会参谋总长何应钦正式核定,新四军的编制情况如下:
(一)该军编为第一、第二、第三、第四共四个游击支队,每月发给经费一万五千元及军部经费等为每月共一万六千元。
(二)所请以陈毅、张鼎丞、张云逸、高俊亭分任四个游击支队司令一节，准与照委。
(三)拨遣费准发给三万元。
(四)所称垫借伙食费,应另案请理。
(五)开拔费准发给一万元，由该军长统筹支配。
(六)准发给五瓦特无线电机五架。
(七)该军归陈总司令诚指挥。
(八)集中地点,由陈司令决定之。
