忽必烈建立元朝後，為了實現個人征服，也為了元帝國的權威，同時為了打擊南宋，兩次派遣使者出使日本，要求日本臣服。
遭到拒絕後，1274年和1281年， 元世祖忽必烈派遣大軍兩次攻打日本，在日本歷史上，被稱為“文永之役”和“弘安之役”。
忽必烈派遣的軍隊規模很大，第一次有四萬多人，第二次更是派出十四萬人左右的大軍，聲勢驚人。
戰爭結果卻沒有遂他心願，日本抵抗堅決，加上有颱風助陣，元軍兩次都遭遇失敗，損失大部分兵力，只有少量殘兵敗將逃回。
失敗歸失敗，軍事上遭遇挫折的忽必烈不會意識到，日本的歷史走向還是被他發動的這兩次戰爭所改變了。
如何改變的，這要先說到蒙古來襲前的日本。
12世紀的日本，正處於鎌倉幕府統治下，鎌倉幕府由源賴朝在1192年建立，此時已統治80餘年。鎌倉幕府也開創了日本歷史上的幕府時期，被奉若神明的天皇成了傀儡，傳統貴族失去了權力，幕府將軍成為日本的實際統治者，很快幕府將軍也被架空，實際權力掌握在執權手中，當時鎌倉幕府的執權是第八任執權北條時宗。
幕府制度之所以能創立，背後的原因就是武士們要為自己爭取利益。在幕府制度創立之前，日本由貴族進行統治，土地和稅收都掌握在貴族公卿手裡，武士們地位極低。他們平時要辛苦種地，戰時還要被派出去打仗，既要賣力又要賣命還得不到任何好處，當然就非常不滿。
於是武士們擁戴源氏貴族源賴朝與掌握大權的平氏貴族進行爭奪，這一系列戰爭就是日本歷史上的“源平合戰”,最後結果是平氏覆亡，源氏掌權。1192年源賴朝出任徵夷大將軍，幕府設立在鎌倉，幕府制度從此開創。
從源平合戰到幕府設立，也就是武士集團為自己爭取地位並最後成功的一個過程，從此武士家族們的利益就得到確保，武士階層開始登上前臺。
御家人制度的尷尬
幕府制度的統治基礎是御家人制度，幕府將軍稱為“御”，效力於將軍、大名的武士被稱為家人，幕府將軍統治下的武士，就被稱為“御家人”，當然元軍攻日時幕府的權力掌握在執權手中，但稱呼是一樣的。
御家人和將軍的關係實際就是家臣和主人的關係了。將軍賜給御家人領地、代他們向天皇申請官職——當然天皇得聽將軍的，將軍又得聽執權的，實際也就是執權本人的意思。御家人則擔負平時的治安維護，並要上交賦稅，戰時這些御家人就要組織人馬出戰，組成幕府軍隊。
鎌倉幕府統治日本，御家人制度就是它的基礎，這種制度講究的是“忠”和“信”，御家人服從幕府領導，將軍則要保證御家人的家族世襲利益，遇有戰事，還要根據戰功進行封賞。
日本是個島國，在之前沒有遭受過什麼大規模外敵入侵，這樣的制度在以前執行起來並沒有太大的問題，如果討伐的是國內的勢力，獲勝後總能得到新的領地或是財富，將軍和御家人各取所需，彼此合作愉快。
到了忽必烈徵日後，情況就變了。這場戰爭是日本歷史上第一次大規模遭受外敵入侵，雖然最後獲勝了，但也帶來了新的問題——將軍拿什麼賞給御家人？
戰爭都在日本本土展開，領地自然是不可能有的，除了抓到了一些俘虜，繳獲一些軍事物資，日本軍隊別無所獲，反而投入很大還遭受了損失。
對幕府執權來說，戰損的御家人要撫卹，立功的御家人要封賞，在沒有戰爭所得之下，執權只有一個辦法，就是自己掏腰包來解決。對於執權來說，錢袋子既沒有這麼厚，心裡也是萬分不情願，所以這事就比較尷尬。這其實是個死循環，制度創立時並沒有考慮到對外作戰這種情況，按照以往制度走是行不通的，這個問題因此長久拖而未決。
對於御家人來說，為將軍作戰需要自己準備兵器盔甲糧食等，在經濟上負擔已經挺沉重，在戰爭中受到傷亡的御家人更加是無法負擔，這些都指望著戰後得到的賞賜來彌補，從敵人那邊得不到戰利品，幕府將軍又不像之前那樣進行封賞，受到損失的御家人自然忿忿不平。
轉化到行動上，執權拿不出實實在在的封賞，御家人也有自己的辦法補償自己的利益。比如拒絕交稅，比如把損失轉嫁到自己領地裡農民的頭上，更有甚者，直接侵佔公有的或是其他家的領地。
原本牢固的御家人制度，自從元軍徵日之後，這種統治的基礎就出現了鬆動，在幕府、武士、農民之間穩定的關係被破壞。
除了制度的基礎被動搖，幕府的上層建築也因為這場戰爭出現了變化。
元軍徵日時，鎌倉幕府的執權是北條時宗，他在日本歷史上被稱為愛國英雄 ，擊敗元軍正是他的主要功績。但同時，他也藉著蒙古來襲的機會大肆派出北條氏宗親前往各地擔任守護，到鎌倉末期，北條氏在全國守護中所佔比例已達到一半。
北條氏家族除了掌管幕府，還開始兼任起其他國的守護，控制地方政權，獨裁的勢頭越來越明顯，原本進行政務評議的“十三人合議制”已經名存實亡，這被稱為“得宗專制”。
弘安七年（1284），北條時宗去世，他在世時並沒有能解決好戰後如何對御家人論功行賞的問題，這時北條家獨裁勢頭也愈發明顯，這就遺留下了兩個難題，都是起自蒙古來襲。
得宗專制依靠的是家族勢力，也就是御家人中的“御內人”，與之對應的是外樣御家人，在北條時宗去世，北條貞時接任後，御內人和外樣御家人的代表分別是平賴綱和安達泰盛。
安達泰盛等無法坐視自己的利益被剝奪，於是主張推行一系列改善和保障御家人生活的改革，同時反對御內人干涉朝政，也就是反對北條氏的獨裁，這被稱為“弘安德政”。
“弘安德政”自然無法被北條氏和御內人接受，在1285年11月，御內人平賴綱發兵突襲安達氏，鎮壓了安達一族和許多參與騷動的御家人，是為“霧月騷亂”。
騷動雖然被鎮壓下去，問題卻並沒有得到根本解決，御家人對幕府的不滿還在增長，隱患並沒有消除。這起事件也被看為是御家人制度走向崩潰的起點。
安達泰盛是北條時宗的岳父，也就是外戚，御內人和外樣御家人的爭鬥，說到底還是幕府內部之間權力的爭奪。在他們爭鬥之外，別忘了還有第三方的力量，也就是貴族力量。
貴族雖然被架空，卻也無時無刻不想著恢復昔日榮光，重振皇威，幕府內部的爭鬥削弱了自己的力量，御家人不再忠於幕府，對北條氏怨恨越來越深，也就給了敵對力量以可乘之機。
後醍醐天皇在文保二年（1318年）即位，這時抗元后引發的問題還在發酵，影響持續。利用這個局面，後醍醐天皇在正中元年（1324年）和元弘元年（1331年）年策劃了兩次倒幕行動，歷史上稱為“正中之變”和“元弘之亂”。
這兩次倒幕企圖並沒有成功，天皇本人也被廢黜並流放。天皇雖被流放，卻拉開了倒幕的帷幕，給了各地的皇族和貴族以希望，與幕府積怨已深的地方大名也改變了輕視皇室的態度，轉而開始聯合貴族形成倒幕力量，比如活躍於各地的護良親王、河內國的楠木正成、播磨國的赤松則村等人，紛紛表示效忠後醍醐天皇。有了倒幕力量支持，後醍醐天皇逃離流放地，在1333年起兵倒幕。
而在幕府這邊，本該成為軍事支柱的御家人力量現在已分崩離析，外戚代表安達泰盛等已被清洗，許多外樣御家人已轉變態度，加入了倒幕大軍。那麼御內人呢，時任執權北條守時派出足利高氏討伐倒幕軍，誰料足利高氏這個御內人的代表也倒向了後醍醐天皇，鎌倉幕府在內外打擊之下變得不堪一擊，當年就迅速滅亡。
這時距離蒙古來襲也不過50多年，究其原因，抗元之後，鎌倉幕府賴以維持執政的御家人制度的崩潰是個重要原因。
除了這些政治上的影響，蒙古來襲的影響還體現在軍事制度的變化上。
在戰前，組成日本軍隊的御家人以家族為單位，家族中以嫡長子一族組成單位加入軍隊，在以往戰爭規模不大的情況下，這樣的編制可以滿足需要。但蒙古大軍來襲後，只憑嫡長子家族組成軍隊，在人數上已經無法滿足需要，於是把徵兵範圍擴大，庶子也能從軍。
如此一來，原本穩定的軍事制度發生了根本變化，意味著御家人可以組織起人數更多的兵力。在對抗元軍時，兵力起到了作用，但擊敗元軍後，制度的變化卻意味著御家人的實力得到了增強。
此外，蒙古來襲還改變了日本軍隊的戰術。
在以往，日本國內的戰爭注重的是“一騎討”，也就是一對一的單挑，這也與家族組成的軍事編制有關，這種戰鬥方式不注重整體的指揮和組織，在戰場上經常陷入以家族為單位各自為戰的混亂情況中。
相比之下，已經平滅數十個國家的元軍在南征北戰中早已發展出成熟的軍事戰術，這是日軍落後的戰術所無法比擬的。
日本是個善於學習的民族，在對元作戰裡他們看得很清楚，這種集團式的戰法要遠遠領先於自己傳統的單打獨鬥。戰後日本開始學習元軍的戰法，“一騎討”的戰法逐漸式微，取而代之的是講究指揮的整體戰術，這是日本軍事史上重大變革的開始，影響深遠。
蒙古來襲雖然沒有能攻佔日本，卻還是給日本造成了極大影響。擊敗縱橫天下的蒙古大軍，是源平合戰後武士力量的又一次急速膨脹。卻因為這是一場對外戰爭，幕府無法像以往那樣對御家人進行恩賞，御家人的“奉公”得不到回報，從根基上破壞了御家人制度，從而又激起了社會各種矛盾的激化，導致的結果使得鎌倉幕府迅速滅亡，改變了日本歷史的走向。
