過了幾年，弘恭死了，石顯就擔任中書令。漢元帝的身體不好，把政務都交給石顯處理。石顯很聰明，能夠猜到皇帝的心思，為人又非常狡詐，經常打擊異己，所以朝廷裡的官員都怕石顯。但也有不怕的，張猛（張騫的孫子）、京房、陳鹹（陳萬年的兒子）、賈捐之（賈誼曾孫，作品有《棄珠崖議》）等人秘密上奏，揭露石顯的罪過。結果石顯反而將他們幾個人治罪，京房、賈捐之被殺，張猛自殺，陳鹹變成庶民。石顯還和中書僕射牢梁、少府五鹿充宗結成黨羽。
石顯擔心有人向皇帝告狀會離間他和皇帝的關係，所以常常向漢元帝主動承認錯誤。有一次石顯出宮辦事，他事先跟皇帝說明，擔心宮門關閉不能進來，所以請皇帝到時下詔開門。到了晚上，石顯故意很晚回來，然後說皇帝有詔讓人開門。後來有人上書石顯專權，偽造皇帝詔書私開宮門。漢元帝把上書給石顯看，石顯哭著說：“陛下偏愛我，把政事交給我處理，大臣都嫉妒，所以總是想陷害我，這樣的上書不會只是一件。希望您能瞭解我的忠心和處境，我低微卑賤，不能讓天下人滿意，也擔當不起天下人的怨恨，所以我願意辭職，在後宮中當個掃地的雜工。希望皇帝可憐我。”漢元帝認為石顯講得是事實，對他更加信任。
為了確保自己的位子穩固，石顯想拉攏朝廷中一些德高望重的大臣，他看中了馮奉世。馮奉世的祖先叫馮亭，是韓國上黨郡的郡守，後來把上黨獻給了趙國。馮亭的後代馮去疾、馮劫、馮毋擇等人在秦國為將相。漢文帝時馮奉世的祖父馮唐很有名。到漢武帝后期，馮奉世被選為郎官。在公元前72年，漢朝五路大軍進攻匈奴，馮奉世跟隨韓增出擊。公元前65年，漢朝想安撫西域的國家，就挑選適合出使的人。韓增推薦了馮奉世護送大宛等國的賓客回國。到伊修城時，聽說莎車國（在於闐之西、疏勒東南）夥同其他一些國家殺掉了漢朝任命的莎車王。這時匈奴發兵攻打車師，莎車派人宣稱北道諸國已經歸順匈奴了，又發兵攻打南道諸國，跟他們歃血為盟背叛漢朝。馮奉世和副手嚴昌商量，如果不出兵，局勢就難以控制了。所以假傳聖旨發動南北道諸國的軍隊一萬五千人進攻莎車國，殺掉了莎車王，把他的首級送到長安。
漢宣帝很高興，下令討論該如何封賞馮奉世。很多大臣認為馮奉世應該封侯，只有蕭望之認為馮奉世本來有別的任務，但假傳聖旨，雖然有功勞，但不能作為後世的榜樣，所以不能封侯。而漢宣帝認為蕭望之說的對，所以只把馮奉世封為光祿大夫、水衡都尉（管理皇室財政的官員）。這裡感到蕭望之實在有些迂腐，遇到特殊情況自然要變通，難道看著國家利益受到損害也不管不顧嗎？
公元前42年，隴西的羌人造反，漢元帝找來丞相韋玄成、御史大夫鄭弘、大司馬車騎將軍王接、左將軍許嘉、右將軍馮奉世商量對策。當時到處鬧饑荒，正在為這件事發愁，所以韋玄成等人都不說話。馮奉世說願意帶領軍隊討伐他們。漢元帝問他要多少軍隊，馮奉世說造反的羌人大概有三萬，按照兵法應該調六萬兵，但羌人的武器裝備不好，所以四萬人就夠了，一個月可以解決。韋玄成等人認為現在是收穫季節，不能多發兵，派一萬人防守就可以了。馮奉世說：“不行，羌人知道我們正在鬧饑荒，所以才敢造反。現在派這麼少的人防守，羌人不會怕，打又打不贏，守又守不住。到時羌人一煽動，各個少數民族一起造反，調動的軍隊就不止四萬了。”但是漢元帝沒有答應，只給了馮奉世一萬二千人。
馮奉世帶著一萬二千人到隴西，分兵三處。因為羌人太多，所以打了敗仗。馮奉世向漢元帝報告了地形，並說還要三萬六千人才能解決問題。漢元帝於是發兵六萬，同時告訴馮奉世你要三萬我給你六萬，你說兵少不敢出擊，現在應該沒有問題了吧。馮奉世集合軍隊後發動進攻，果然打敗了羌人。馮奉世因此被封為左將軍，賜關內侯。
馮奉世除了出身好，功勞大，還有一點為石顯看中。馮奉世的女兒馮媛是漢元帝的妃子，並且生了劉興。馮媛跟一般的妃子不太一樣。公元前38年，漢元帝觀看野獸搏鬥，突然有隻熊衝出圍欄。眾人一看都嚇得逃命，只有馮媛擋在了漢元帝面前。漢元帝在熊被制服後問馮媛：“人人都害怕，你怎麼敢擋住熊呢？”馮媛說：“野獸只要抓著一個人就會停止攻擊，我怕它撲向陛下，所以擋住它。”漢元帝聽了非常感動。
石顯於是向漢元帝推薦馮媛的哥哥馮逡到宮中侍奉。漢元帝就召見了馮逡，馮逡卻趁這個機會向漢元帝說石顯專權。漢元帝很生氣，把馮逡罷官了。
