1864年夏初，隨著天京陷落，忠王李秀成、幹王洪仁軒和幼天王洪天貴福等相繼被俘被殺後，太平軍南方餘部十餘萬眾由康王汪海洋和偕王譚體元率領下轉戰福建，而清軍20萬水陸大軍則由閩浙總督左宗棠帶領下前來圍剿。1865年10月，汪海洋率領大軍與清軍展開激戰，太平軍損失數萬精兵後康王本想向西撤退，卻於龍南一戰中遭受清軍的頑強阻擊，麾下大將廖豐有等人更是率部投降清軍，後有追兵而入贛無望的康王只能帶領餘部10萬大軍向南轉入廣東境內，並於12月佔領嘉應城（今廣東梅州）。
次年1月，左宗棠率領大軍對嘉應城內的太平軍形成包圍之勢，康王遂率領太平軍精銳與清軍於城外展開入粵後最大一次決戰。此戰屍橫遍野，血水橫流，雙方折損兵力數萬，期間康王作戰驍勇，帶領太平軍擊潰清軍將領劉典及王德榜部。左宗棠見太平軍勇猛便授意太平軍降將丁太陽帶領數十名“洋槍隊”趁康王衝殺於陣前時施放冷槍，不明就裡的康王頭部中彈，犧牲時年饉36歲。太平軍痛失主帥，頓時亂作一團死傷無數，只得退回城中堅守，並推舉偕王譚體元為首領。清軍趁勢大舉攻城，戰之次日清晨，部分清軍已經突入城中，偕王自知孤城已經守不住了，遂帶領殘部趁著夜色突圍出城。
2月，偕王帶領太平軍餘部數萬人且戰且退來到黃沙嶂，此處地勢險峻山高林密，加上道路不熟難行被清軍重重圍困。其時正值寒冬，太平軍將士缺衣少食飢寒交迫，清軍則派人登山誘降，在此絕境下，太平軍將領眉天義等人率眾3萬餘人投降。偕王帶領殘部視死如歸，與清軍激戰于山中，後因力量對比懸殊太平軍的抵抗最終失敗，偕王左肩中彈力竭墜崖，被俘後與數百名將領被押解到左宗棠的行轅一併斬殺。此戰過後，南方的太平軍被清軍全部殲滅，嫡系部隊損失殆盡，只剩李文彩和賴文光部於北方苦苦支撐了。
