1965年8月3日，印度尼西亚总统苏加诺在一个公共场合突然晕倒。这一事件使印尼内部各派政治力量开始认真考虑苏加诺逝世后的形势和必须采取的对策。当时印度尼西亚尼第一大党——印尼共产党要求在陆、海、空军和警察部队之外，立即建立第五军事力量，即民兵部队，并加紧在哈利姆空军基地训练工人武装队伍。到9月底，约2000名左翼青年接受了军事训练。印尼陆军和海军当局坚决反对建立第五军事力量。双方剑拔弩张，大有一触即发之势。而总统苏加诺这时显然已无法控制局势的发展。
苏加诺总统
当时印尼国内另一大势力就是陆军集团。随着陆军权势的增长，也使它内部产生新的矛盾。高级将领在雅加达过着奢侈的生活，下级军官却因薪饷不足和物价飞涨，甚至养不起妻子儿女。总统府警卫营营长翁东中校就是这些不满现状的下级军官代表。根据陆军当局的情报，翁东等人在陆军内部建立了秘密组织，准备采取突然袭击手段，清除军队中依仗权势、贪污腐化的高级军官。这一主张得到印尼共产党领导的支持。为此，印尼共产党于1964年11月成立了以夏姆和波诺为首的秘密特别局，负责同翁东等人联系。1965年9月初，由于传闻陆军成立了称为将领委员会的秘密组织，并准备在10月5日举行庆祝建军节活动时发动政变，于是翁东等人决定采取先发制人的行动。9月30日上午，翁东等一批人在哈利姆空军基地集会，决定10月1 日凌晨4时由阿里夫中尉率领一个分队的士兵逮捕纳苏蒂安等7名高级将领。当阿里夫中尉的分队包围纳苏蒂安住宅时，纳苏蒂安闻声从边门逃出，越墙跳入相邻的伊拉克大使馆内，脚部受伤，后来被他的部下救出。他的女儿被枪击身亡。陆军总部将领查伊丹和哈尔约诺因拒捕而被击毙。陆军司令雅尼以及苏普拉普多、巴尔曼、苏托约（三人均为陆军总部将领）等人被捕后，在雅加达郊区称为鳄鱼洞的地方被枪决。与此同时，政变部队分别占领了雅加达广播电台、中央邮电局和独立广场等地。10月1日早晨，雅加达广播电台一项公告说，由于“在首都雅加达的军队内部的军事行动，并在武装力量及其他部队的帮助下”，一个称为“九•三〇运动”的组织已逮捕了一批属于“自称将领委员会”的高级军官，夺取了首都的重要设施，并使总统及其他重要领导人置于其保护下。公告指出，采取这些行动是为了阻止将领委员会策划在10月5日发动并得到美国中央情报局支持的政变。公告还说，将在全国出现“反对将领委员会的代理人和同情者的行动”，并预示将成立印度尼西亚革命委员会以确保政府的政策得以实施。当天下午，雅加达广播电台广播了印度尼西亚革命委员会组成人员名单。委员共45人，翁东中校任主席，苏巴尔佐陆军中将、赫鲁•阿特莫佐空军上校、苏纳尔迪海军中校和警察助理高级专员安瓦尔任副主席。委员中有23名军队和警察部队的军官，其中包括空军司令达尼中将、海军司令马尔塔迪纳塔中将和雅加达军分区司令乌马尔•哈迪库苏马少将，以及内阁副总理苏班德里约和莱梅纳。委员中有5名共产党人，但他们都不是印尼共产党的主要领导人。公告说，革命委员会将取代内阁执政。
但是，就在10月1日这一天里，雅加达的形势发生了根本变化。1963年5月被苏加诺任命为新建立的战略后备司令部司令的苏哈托，却未被列入发动政变的翁东中校等人的逮捕名单。当苏哈托在10月1日清晨获知发生的事变后，立即下令部队包围独立广场，迫使驻守在那里的两营政变部队投降。下午，在万隆的陆军西利旺仪师机械化部队（印尼陆军最精锐部队）奉命进入雅加达。晚6时30分，苏哈托的部队收复了广播电台和中央邮电局。这时，“九•三〇运动”只剩下哈利姆空军基地这个阵地了。
印尼陆军精锐部队西利旺仪师标志
苏加诺总统在10月1日早晨获悉已经发生政变。他考虑到总统府和他的住宅可能不安全，便决定前往哈利姆空军基地。印尼共产党主席艾地已在那里！纳苏蒂安的逃脱和苏哈托迅速控制了雅加达局势，对苏加诺总统的决策产生重大影响。10月1日下午，空军司令达尼和艾地决定飞往中爪哇开辟第二条战线，并希望苏加诺总统同行。苏加诺拒绝了这一建议。他匆忙任命普拉托诺为代理陆军司令，同时授权苏哈托负责恢复治安。但是，苏哈托不承认普拉诺托代理陆军司令的职务，他继续以战略后备司令部的名义指挥部队消灭“九•三〇运动”的武装力量。在达尼和艾地离开后，苏加诺也在当晚回到在茂物的行宫。接着，苏哈托下令进攻哈利姆空军基地，于10月2日清晨占领该地。翁东等人已事先逃离。“九•三〇事件”就此宣告结束。
苏哈托少将
苏哈托少将（左）和印尼军人
10月2日，陆军展开一系列反击行动。一些政党和团体在陆军支持下成立“粉碎反革命九•三〇运动统筹团体”，要求取缔印尼共产党。10月5日，印尼共产党发表声明，认为“九•三〇事件”是军队内部的事务，印尼共产党并未卷入。”10月8日，雅加达青年学生组织在陆军当局支持下焚毁了印尼共产党总部。政变主要领导人翁东、夏姆等人在逃亡途中分别被捕，并被军事法庭判处死刑。印尼共产党主席艾地于1965年11月22日在中爪哇被捕并被就地枪决。印尼共产党副主席鲁克曼和约多也遭杀害。陆军在全国陆续搜捕和屠杀参与“九•三〇运动”的嫌疑分子，估计约有50万人遭杀害，30万人被捕。
时任印尼共产党主席艾地
1965年10月14日，苏哈托被苏加诺任命为陆军司令。1966年3月11日，苏加诺在陆军胁迫下签署了移交权力给苏哈托将军的命令。第二天，苏哈托即以总统名义下令取缔印尼共产党。6月20日临时人民协商会议要求苏加诺委任苏哈托组织新内阁，同时撤销了1963年临时人民协商会议关于任命苏加诺为终身总统的决定。1966年下半年，雅加达等地不断发生青年和学生组织的示威游行，要求苏加诺交出政权，并攻击中国共产党和中国政府支持“九•三〇运动”。1967 年3月12日，临时人民协商会议终于撤销对苏加诺总统的任命，同时选举苏哈托为代总统。10月，苏哈托政府宣布中断同中华人民共和国的外交关系。1968年3月12日，临时人民协商会议选举苏哈托为印度尼西亚共和国第二任总统。从此，苏加诺一直被软禁在雅加达家中，直到1970年6月21日因肾病去世。
苏哈托总统
关于“九•三〇运动”的真相，由于主要当事人已死亡，而法庭审讯记录又没有完全公布，因此至今尚难下结论。苏哈托认为，9月30日发生的事件是印尼共产党策划和领导的一场武装政变，政变分子得到苏加诺的支持和庇护。但根据当年一些经历过此事的被苏哈托监禁32年而幸存下来的高级军政官员们的回忆录，以及苏加诺的副官的回忆录，加上美国中央情报局公布的档案资料，人们有理由认为，“九•三〇运动”是苏哈托策划的阴谋，其目的是消灭印尼共产党等左派力量和陆军内部反对苏哈托的派系，为苏哈托夺取国家最高权力铺平道路。