1965年与1998年，印尼当地华人曾两次遭受种族清洗和屠杀，这也是印尼华人，乃至海外华人发展历程中所遭受的最大劫难。
那么，此事究竟为何会发生呢？
1965年的印尼军政府屠华，导火索是当时军方与时任总统苏加诺以及印尼共产党之间的政治摊牌——史称“930”政变。政变中，以苏哈托少将为代表的军方蝴蝶最后胜利，苏加诺总统被软禁，作为苏加诺盟友的印共则遭遇灭顶之灾，以党领袖艾地为首的30万党员人头落地，党组织被摧毁，印共由此一蹶不振，逐渐败亡。
可奇怪的是，苏哈托在清缴印共的同时，也顺道对当地华人大加杀戮。据后世估算，估计有20万印尼华侨在此次清洗中丧生。
印尼是群岛国家，全境13000个岛屿组成，地缘结构的天然支离破碎；以及印尼土著开化较晚，对国家、民族认同感和向心力严重缺乏，这种情况下，建国初期的印尼存在严重分裂风险，所有有必要在政体上高度中央集权，通过强化中枢力量和权威，来压制内部分离主义倾向。
不过，要想中央集权实现，那中枢必须掌握占据相对优势的国家资源——说的直白点，就是得有钱。可是，印尼的地缘结构支离破碎，而且经济模式落后，又没有土改，因此大量的社会资源都握在分布于各地的土著地主手中，这非但制约了印尼的国家工业化转型，也削弱了中央政府对国家资源的控制力，进而威胁到印尼的国家稳定。
对此，苏加诺政府的解决之道是扶植印共，借印共的意识形态力量，一方面能够打发动群众，打土豪分田地，削弱这些传统地主，夺取它们的资源；另一方面，则能够从苏中两国手中获得援助（这些援助都是直接交给苏加诺中央政府的），继而充实中央政府的实力。
可如今，苏加诺被苏哈托为首的军方推翻，印共也被清除，如此一来，土改没法弄了，来自苏中的援助也断绝。这下苏哈托就不得不面临一个尴尬：它用啥来支撑自己的集权甚至独裁统治？
当然，苏哈托有军队，可军队也得花钱养才成。要是强行用军队去抢夺土著地主的利益，那首先肯定会引发全国性骚乱乃至内战；其次，这本身就是自毁长城——很多军官它们自己是地主阶级出身，而且地主阶级也是支持苏哈托的重要势力。
这意味着，苏哈托不可能直接用武力对付地主阶级。所以，他有必要再找一个财富来源来替代——这就是华人。
华人在印尼是少数族群，并且民族特征明显，与主流社会融合程度低。这种少数派身份，意味着华人在印尼政治地位低下。但是，由于华人普遍从事工商，所以财富积累丰厚。这种有钱无势的棒槌，正中苏哈托下怀！
通过屠华，苏哈托可以将大量原属于华人的财富夺过来，这既可以让掌权者自身大发横财，又能够让军政府迅速积累天量社会资源——这笔钱既能用来供养军队，又能用来收买下层民众，挽回因铲除印共而丢失的民心。
而屠华的另一个作用：便是通过此举，巩固政权基础。印尼贫富差距悬殊，底层土著底层天然仇恨有钱的华人工商业者。而这种仇富情绪，又因为印华跟印尼土著的族群和文化差异，而沾染上十分严重的种族对立色彩。通过屠华，既能够捞钱，还能够煽动印尼土著的民族主义情结，如此，印尼社会非常严峻的阶级矛盾，就能够在相当程度上化解。苏哈托军政府的支持率也会因此大大提高。
基于上述考虑，苏哈托在绞杀印共后，顺带着对印华举起了屠刀。二十万印华沦为刀下之鬼，而他们多年积累的财富，也就进了军政府和国库，和苏哈托们的腰包。
不过，随后六五屠华的结束，苏哈托军政府跟印华的关系，又神奇的出现一个逆转——双方居然和好了！
这是为啥？说到底还是双方共同利益决定的。
对苏哈托来说，通过屠华捞足了钱和政治资本后，他仍旧得面对一系列问题：往后的印尼该怎么走？自己的独裁又该如何长久维系？
首先，苏哈托的军政府要想维持，必须得有足够的金钱支撑。尽管需屠华赚了一大笔，但这终究不过是一锤子买卖，非长久之道。故工商业仍需发展，工业化也不能停下。
当然，苏哈托们也大可将此类事情交付于市场，自个照章收税便可。可这样一来，首先自己借机攫取私利的空间就大不如前；其次，这一过程中，原先的土著地主也肯定会凭借自身先天优势，在这一社会转型过程中愈发强大。而这些土著地主独立性十分志强，若任由他们膨胀，早晚会尾大不掉，成为游离于中枢权力之外的强势本土势力，进而反对来对中央集权及苏哈托本人构成威胁。
鉴于此，印华再次受到军政府青睐。印华工商业经验丰富，很适合从事现代经济；而作为边缘少数族群，印华政治地位低下，且受土著主体的排斥和敌视，这意味着印华不能形成独立势力，甚至即便是维持生存，都需要高度依赖于苏哈托军政府的庇护。如果军政府撒手不管，印华随时会被印尼土著给收拾。
由于印华不能形成政治势力，又高度依赖军政府，故苏哈托们就可以在借其生财的同时，强化中枢权力对社会资源的控制，进而增进中枢权威、促进社会经济发展。相反，传统的土著地主，在经济转型过程中受到印华的竞争压力，发展空间缩小，实力逐渐相对弱化，进而不断没落，最终会作为一个阶层自然消解。
此即苏哈托之如意算盘。而对印华来说，边缘少数族群的处境，印尼土著对他们的敌意，使得他们也确实需要有一个强势靠山，才能够继续生活。所以，尽管苏哈托有屠华之恶劣先例；但在其放下屠刀、抛出橄榄枝后，印华基于未来生存发展考量，也只能不计前嫌，充当军政府附庸。
这就形成了印华现代发展史上十分畸形的“主公制度”——苏哈托把华人的政治文化权利削夺了个干净，然后又在经济上对华人松绑。直白点说，即华人企业家提供资金与技术，印尼裔的军政官员则提供经营许可证与政治保护。
靠着军政府“主公”的庇护，印华在经济上东山再起，趁着印尼现代化的东风，重新积累了海量财富。
但是，这种模式也蕴含着极大的风险。印华的财富乃至安全，高度依赖于苏哈托的保护。这种上层路线，使得印尼土著民众对他们的反感愈发强烈。
1997年，东南亚金融危机爆发，印尼元气大伤。而经济的崩溃，又引发了重大政治与社会危机，面对民众滔天抗议，苏哈托被迫下野，执政的专业集团党也分崩离析。
苏哈托一倒，印华这个有钱无势，本就非我族类，还充当苏哈托帮凶的族群，便成为，被印尼民众的集中发泄对象。而苏哈托下台后，印华的最大靠山也不复存在。
当然，苏哈托虽倒，但是印尼军方犹在——他们也没少受印华的好处。不过，民众的愤怒之情实在太高，军方自身也难以招架。大难临头，它们非但不再为印华这个寄生群体继续提供庇护，反而故意把他们抛出来，充当自己的替罪羊。这种情况下，印华又一次沦为种族屠杀的牺牲品。
这便是1998印尼屠华的由来龙去脉。
从1965到1998，印华两次遭受种族屠杀，而这种反文明、反人类之举，也成为印尼这个国家的一个严重道德污点。
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