凌波姑娘是仁和人，在出生的时候，家里发生了奇怪的征兆：盆中枯萎的莲花突然重新开出五颜六色的花朵，浓浓的香气像水一样向四处流散。
凌波从小喜欢读书识字，背诵唐诗琅琅上口。她的母亲也是一个大户人家的闺女，刺绣精巧：绣的花、鸟、草、虫逼真极了；绣的楼阁山水，也维妙维肖。
大家闺秀，达官贵人只要能得到她的一幅刺绣，就珍贵得超过一大块碧玉。
凌波深得母亲的传授，也有“针神”的称号。
凌波稍稍长大，丰姿秀丽飘逸，就象传说中的仙女一样。远近有名望人家的子弟都闻名凌波，求婚的人真是络绎不绝，一个接着一个。
凌波的父亲把她当成掌上明珠，选择女婿的条件很苛刻，全都被他婉言谢绝了。所以凌波虽然成年，还是没有订婚。
凌波的表姐叫李贞瑜，比她大一岁，时常来她家串门，是她的闺蜜。她们二人身高胖瘦大致相同，甚至衣服鞋袜都可以交换共享。
两人曾私自发誓将来要嫁给同一个人。李贞瑜的父亲早就去世了她家在城边也有田数百亩，生活完全可以自给自足。
有一天，凌波陪贞瑜乘船到留园去游玩。留园距离停船的地方还有几十步远，两人慢慢地走去，在留园门外徘徊，看见一位长得健壮标致的少年。
少年见她们总是回头注视自己，就索性从她们身边走过。进了园里，她们坐在那儿喝了一会茶，少年又随从二三人从她们的窗前走过。
贞瑜对凌波说：“这小伙子是我家的邻居，叫陆蓉士，很有文才，多次在县里的考试中名列前茅。昨天读了他的诗词，清新俊逸，写得真好，大家都把他当作诗人李白来看。听说他还没有结婚呢。”
贞瑜贴着凌波的耳边说：“如果选择对象，他可以做候选人。”凌波羞得两颊泛起了红晕，一句话也说不出来。等到她们上了小船，陆蓉士也坐在旁边的一条船上。
他虽然同贞瑜住在一条胡同，常常听说贞瑜长得很美，可是从来没有见过。今天突然看到两位住人同在一条船上，暗地里派仆人去向船工打听，才知道其中一位就是李贞瑜。
回家后他找了媒人去求婚，第二年就结婚了，两人相亲相爱十分亲密。在百花丛中作诗，在皎洁的月光下吟诵，甜蜜的新婚生活快乐似神仙。
凌波听说贞瑜嫁给了陆生，觉察到就是在留园见到的那位青年。几个月后，贞瑜有事来看凌波，此时后花园的芙蓉盛开怒放，万紫千红就象绵绣的屏风。
凌波的父母摆酒设宴招待贞瑜，欣赏花景，叫她们每人赋诗一首，凌波最先写成，后四句是：
碧桃红杏羞为伴，
紫蓼丹枫未许同。
江上孤生怨迟暮，
那堪摇落对西风。
凌波感伤自已没有得到奇遇的爱情。偶尔翻看贞瑜的画箱子，得到一本《和鸣集》，都是妇女们唱和的诗歌，读来叫人伤心，不禁流泪感叹说：“姐姐有了归宿，妹妹却没有。”
从此凌波常常忧郁寡欢，触景伤情，过着苦阁的青春生活。没有多久，陆蓉士在秋天的考试中获胜，便带着贞瑜到北京去了。
凌波仰望夜空皎洁的月亮，内心激起了无限的感，寄诗给贞瑜说：
月乃去年月，人异去年人，远别已千里，清辉共一单轮。慈云江上隐，芳草梦中春。此夕难成寐，蔚然独怆神。
她还有如“似弓新月初三夜，如翦春风十八年”，“入秋燕似元家客，过丽花如堕泪人”等一类凑凉可读的诗句。贞瑜远走了，凌波失去女友更觉生活无聊。
正巧凌波的父亲波委派到松江华亭县去，于是把家也搬到了云间这个地方。凌波听说九峰三泖有很多名胜古迹，就雇了船常到那里云游玩，她也感到很不满意。
一天，船回来时已日落西山，月亮高挂上了树梢。忽然有一只小船冲波破水疾驶而来，叫凌波的船停一下。
凌波以为是官署中的仆人来了，走到近前一看，是一个戴着黄帽的道士盘腿坐在船头上，穿着羽衣鸽氅，神采奕奕。看到凌波就低头行礼，隔着船把一卷书送给凌波说：“拿回去学习吧，一定会有收获的。”
说完，船就远去了。夜色苍茫，无法辨别小船的去向。凌波回到卧室，点灯夜读。书中大都说的是太阴炼形的法术，姑很本不信，就把它放到一边去了。
然而从此之后凌波饮食大大减少，身体消瘦，只剩皮包骨架，总也没有精神，凌波已卧床不起，便拿出书来粗略地阅读，很受启发。
一天晚上，凌波忽然梦见前些日子遏见的那位道主，给了她一粒红丸子，告诉她说：吃了可以持住自己的灵魂，养护好自己的身体，遇到什么灾难也不会发生变化。”
同时又给她一个白玉盒子，里面装着一粒白丸子，对她说：“好好保存它，这是起死回生的仙丹。可以让你的意中人死而复活，同称共享人间的幸福。”
凌波在梦中一一答应，恭敬地拜了两才接过药丸子。凌波第二天早晨起床抖动衣裳，红白两个丸子从微袖中滚了出来。凌波服用了那粒红丸子，把白玉盒子装的那粒白丸子随时带在身边。
过了十天，凌渡颗粒不食，自己起来从头到脚都梳妆一遍，并向父母请求把她理葬在神山脚下，不要把尸骨带回故乡，然后她就盘着腿死去了。
凌波的父母按照她的话做了，并立了一块石碑，上面写着：“武林凌波女史之墓。”
贞瑜跟着丈夫到了京都，常常和凌波有书信和诗词来往。后来知道凌波得了重病，好长时间断绝了音讯。
陆蓉士考中进士，选入翰林院，后又提升为御史。奉皇上的秘密旨令到江苏各地去私自察访，了解地方的利弊，调查民间的疾苦。走了许多地方，都不知道他是一个朝廷派来的大官。
一天，陆蓉士乘小船从泖湖到沪渎，路过神山，喜爱那里的风景，于是就留下游玩。到了傍晚，因为狂风大浪，船不能行，就在山上的寺庙中住宿了。
陆蓉士看书到半夜刚要入睡，忽然听到窗外有人弹指的声音，陆蓉士忙问是谁，没有人回答。过了一会儿，又传来了弹指的声音。他便打开房门一看，一个女子进来关上了门。
她那明亮的眼睛，洁白的牙齿，可爱动人到没有人可比的地步。陆蓉士问她叫什么名字，她回答说：“我姓凌名波，同你家贞瑜是姐妹，怎么就不认识了？”
陆蓉士说：“记得从前好象在留园见过一面，到现在已分别十年了，你的丰采不减当年，更加令人见了神魂飞越。听说你父亲调到扬州去了，我的妹妹为什么还在这儿呢?况且这里是旷野荒山大都是道士、和尚居住的寺庙，不是一个女子该来的地方。难道我们在梦中相会吗?”
凌波说：“告诉你不害怕吗?我已经离开人世好久了，因为同你前世就有缘分，所以我也不怕犯了男女授受不亲的嫌疑，冒昧地来到这里。”
陆蓉士平时就是个胆大豁达的人，并不感到害怕。他说：“阴间和阳间男女相爱的事情，过去只在小说里读过，现在我要亲身来体验了。”
他拉住凌波细腻的手，两人并肩坐在床边，摸摸她的身子还有热气，贴近她的鼻子还有呼吸。肌肤温暖，呼气喷香，本来就同活着的人没有两样。
陆蓉士笑着说：“我知道了！你大概是这儿的道士派来欺骗我的吧？我可不能被你迷惑住，你快走吧！”
凌波说：“你的顾虑是有道理的，但我和贞瑜平日诗书往来中的话，是外人所不能知道的吧！”
凌波跟他说了一些她和贞瑜在闺阁中开玩笑的悄悄话，他才相信了。于是陆蓉士就放肆地伸手到凌波的怀中，她不禁害羞得眼色朦胧，满面绯红，显得更加娇媚可爱了，但她阻挡上前的陆蓉士说：“请你多加珍重。”
陆蓉士问凌波说：“你已经成了鬼，难道我们还能结为夫妇，让姻缘成为我们的如意算盘吗？”
凌波说：“我已经学成了太阴炼形的法术，身体永不腐烂，挖去坟堡，打开棺材，我就自然活了。我埋葬在这儿的山坡下，坟前立了一块石碑。明天你可以去查找一下，就假说是你妹妹埋葬在此要带着棺材回乡安葬，等到运至无人的地方，就把我放出来，然后把棺材扔到水中。先用重金买好船工，不让他们讲出去，别叫人听了害怕。”
陆蓉士当晚要想与凌波同宿，她坚决不从，并劝告他说：“留下我处女的身子，好在结婚的洞房里等待你。”
陆蓉士无可奈何，只好放她走了。第二天就照凌波所说的办了，带着她一同返回京都。结婚后，和贞瑜按年龄大小，以姐妹称呼。
陆蓉士因为敢于揭发批评有权有势官僚的过错，得罪了当权者。他们就想罗织罪名陷害他，说凌波不是人，是形迹可疑的妖魔鬼怪。幸好凌波行走在阳光之下还有影子，大家的疑问才慢慢解除了，
但是，想陷害陆蓉士，挑拨是非的人太多了，整得他终日不得安宁。一天谣传皇上下令捉拿他，派来的人马很快就要到了。陆蓉士非常惊恐，口吐鲜血一升多，不久就死了。
贞瑜悲伤得要去寻死，而凌波却十分坦然。只是指挥仆人们为陆蓉士筹办后事，并收拾行李准备离开京都。贞瑜笑着对凌波说：“妹妹难道真是过来人，对死一点不感到悲哀吗？”凌波说：“这不是姐姐所能知道的正是这身可以摆脱、免去麻烦呀！”
陆蓉士的本家是浙江，后来寄居在江苏，因此凌波和贞瑜商量，贵重的行李先搬走，从海上运到广东。灵枢暂时寄放在山东的寺庙中，等事情平息了再返回浙江，贞瑜猜测不出凌波的意图，勉强听从了她的意见。
一行人到了山东，找到崇安寺。这里幽静偏僻，只有三个和尚，空下了好几间房子。凌渡就来暂时居住休息。一买晚上，月亮快要下落，万物静寂。
凌波对贞瑜说：“今天晚上可以让郎君出来谈说爱了。”说完就拿起斧子走到棺材前，一下子就把棺材盖砍开了。
凌波即丛玉匣子拿出白丸子，放进陆蓉士的口中。一会儿，就听到陆蓉士的子里咕咚地直响，手脚伸缩，一会弯曲，会伸开，目中不停地说：“好啊!睡得真香啊!为甚么这样困倦呢？”
凌波笑着把他扶了起来。贞瑜在一边吓得想跑开，又感激地对凌波说：“妹妹真有不死的灵丹，起死回生的妙术呀！”
从此一家人就寄居在广东，在西樵山下修建了住宅。每逢春秋季节的好日子，就一同出外游玩，访鼎湖，登罗浮山，凡是名胜的地方没有不去游览的。
过了很久，听说当权的人因干坏事而被撤职，被流放到边远荒野的地方去了，他们才有返回故乡的打算。
陆蓉士自从吃了白药丸后，精神焕发，脸色比从前光彩好看多了。凌波的面貌也变得更加娇美和年轻。虽然已经是四十多岁的人了，可还象十七、八岁没有出嫁的大姑娘，不知道的人还会认为是贞瑜的女儿呢。
回到故乡之后，陆蓉士就在山清水秀的风景之地，过着悠闲自在的生活，不再出去做官了，他感慨地对朋友说：“我看做官这条路真是一条罪孽之路呀！”