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主要是码头装卸、仓储区域，包括樟木岭作业区、勒沟作业区、果子山作业区、勒沟内湾作业区、鹰岭作业区等10个作业区。
1、勒沟作业区
勒沟作业区钦州港区西南部，面积3.1平方公里，水深在-8米—-13米的深水岸线长约2000米，可布置5000—50000吨位泊位12个，该作业区规划为散杂货、集装箱作业区。由于该区开发条件较好，所以作为公用码头先期开发建设。
目前，已有1#、2#两个万吨级泊位建成投产，年设计吞吐能力为90万吨，实际货物吞吐量连年突破100万吨。库容共10万立方米的植物液料、沥青、食糖、粮食等仓储群已在该作业区建成，直达码头的铁路专用线已经建成投入营运，利用科威特政府贷款的二期工程二个五万吨码头的建设顺利推进，三期工程前期工作也正在有条不紊地进行。该作业区将逐步成为钦州港的物流中心。
2、果子山作业区
果子山作业区位于勒沟作业区与鹰岭作业区之间，处于东西航道结合处附近，船舶进出十分便利。该区面积约110.826公顷，该段岸线水深条件较好，-12米—-16米岸线长1186米，可规划50000吨级泊位4个，主要为散货码头作业区。目前已有中房集团的粮油码头、广西地矿的矿石码头布局在此，同时预留有一个码头岸线作为中期开发岸线。在靠近勒沟桥下游东侧还可以规划建设2000-3000吨级泊位8个，现已建成中山码头2000吨泊位2个。布局在该区的渔业基础（含码头）正在建设之中。
3、鹰岭作业区
鹰岭油气、化学品作业区位于钦州港经济开发区南部，处于东西航道结合处，船舶进港便捷。该区面积约7.6平方公里，-8米—-14米深水岸线长达2100米，由于其所在深槽受涨落潮流动力因素及鹰岭与青菜头岛礁的钳形控制，水深可保持长期稳定。整个作业区共规划了5000—50000吨级泊位7个，主要作为石油、液化气等危险品的储运基地。
目前该作业区已建成3万吨级油气码头1个，万吨级油气码头1个，5000吨级液化气码头1个，并形成成品油库容12万M3，液化气库容1.3万M3。同时，铁路专用线已开工建设，新引进的宏基公司油码头和天昌公司油气码头及库区两个项目正在进行紧张的施工建设。该区已经成为了广西乃至西南地区最大的油气批发中转基地，这是钦州港区实行“谁投资、谁所有、谁经营、谁受益”的货主专用码头制所取得的显著成果。
4、樟木岭作业区
樟木岭作业区位于内湾北端东岸，水深条件良好，-13米—-17米深水岸线长达2140米，可规划布置25000—35000吨级泊位8个。本次规划樟木岭作业区为大型集装箱作业区，可结合高科技及进出口加工业进行开发。
5、观音堂作业区
樟木岭作业区的对岸为观音堂作业区，该作业区水深条件良好，-13米—-17米深水岸线长1500米，规划为油品作业区，可靠泊35000—50000吨级油轮6艘，可结合石化等工业码头开发。
6、大小冬作业区
观音堂作业区以西为大小冬作业区，该作业区前为-10米深槽，沿深槽布置35000吨级泊位4个。该作业区规划为集装箱作业区，可结合高科技工业开发。
7、小鸭石作业区
与果子山作业区隔海相望为小鸭石作业区，该作业区前沿水深在-7米左右，岩面较高，不宜建设大型泊位，规划5000——10000吨级泊位14个，由于开发条件较差，规划为远景区。
8、金鼓江渔业区：
金鼓江渔业区岸线水深-3米左右，岸线总长度3250米，布置100吨至300吨小船泊位40个，可结合渔品加工工业开发。
9、大榄坪作业区：
大榄坪作业区岸线总长度16540米（包括金鼓江东岸），因该作业区需围海造地形成，规划为远景工业区。规划布置万吨级泊位39个，可结合大型临海工业开发。
10、三墩及其附近岸线（东港区）：
三墩岸线位于犀牛脚镇，距钦州湾湾口距离最近，相应进港航道距离最短，故规划考虑开挖为大型散货泊位。
布置10万—20万吨吨级散货泊位11个，另布置2万—5万吨级集装箱泊位15个，20000吨级多用途及件杂散货泊位20个