维奥
当然是对着说明书组装出来的呀～开个玩笑～
在我小时候，流传着一个版本，说是初号机是用黑豹，植入了一个身体增大的药剂，然后在外部装上装甲，零号机是用人类身体同理所得，二号机是直接使用机械制作，因此它喷出的液体不是红色而是机油。
当然了，这个设定只是当时我表哥哄我玩的，目前我所掌握的资料来看，eva的肉身都是克隆生成，尤其是在机体维修时，这一点最为直观。克隆技术应该不用赘述了，只要原始细胞的基因不含拒绝克隆再生，那么就是可行的。
然后来说说肉体克隆的来源：亚当&莉莉丝，这两个都是公认的eva肉体克隆来源，
肉身出来之后，根据eva的剧情设定，机体需要灵魂，像是二号机这种纯熟的作战兵器就不需要灵魂了，其实错了，二号机内部是明日香母亲的灵魂。
零号机一只眼，初号机2眼，二号机4眼，加起来就是7眼莉莉丝，所以一说是三台机体瓜分了莉莉丝的灵魂，不过初号机中应该包含另外一个灵魂，就是碇真嗣的母亲。
顺便说一下绫波丽，她的身体是是用制作零号机剩余的细胞制作的，但是植入的却是碇真嗣母亲的灵魂。
说了这么多都是各种猜想，实际情况估计只有痞子才能给我们答复，而且究竟在我们入土前能否公布……额……
来看看维基百科上怎么说吧，在TV版本中（剧场版已经完全不同了，不能比较）最后揭露了初号机是由第二使徒莉莉丝制作，零号机是第一使徒亚当，二号机是，各位驾驶员因此才能同步操作。
高达
首先简单介绍一下故事背景，2000年，SEELE在南极的地下空间中找到了亚当，并派出葛城调查队前去对其进行调查，在实验中不慎引发了“第二次冲击”，亚当本体也以“光之巨人”的形象第一次在动画中现身。第二次冲击绝非偶然，事发的前一天，碇源渡带着全部的研究资料回到了日本，这也成为了日后制造EVA的重要参考。
2003年左右，“亚当再生计划”又称“E计划”正式开始进行，通过克隆等各项技术，以亚当为蓝本，制造了第一台EVA，也就是零号机。之后又用类似的手段，复制了二到四号。初号机比较特殊，是莉莉丝的复制，并最终成为了补完计划的一环。
所以说用“克隆”比“制造”更为贴切。当然，后续要搭载很多设备，才能算是完成制造，例如插入栓，通信设备，限制器，内脏电池，外置盔甲等等。
当然EVA只是躯壳，想让它动起来需要有灵魂的支持。
所以才有了驾驶员的同步技术，EVA的核心是灵魂人的容器，理论上身为适格者的驾驶员状态正常的前提下，插入栓插得越深，人的灵魂就距离核心越近，同步率就越高。但也有像碇真嗣一样，同步率超过400%，整个人都融化在插入栓中的风险。
剧场版破中的真希波玛丽在开启了二号机的兽化模式后，插入栓深度直接变成负值，也就是已经插到核心里面去了，同步率暴涨。
另外，大家都知道，唯在初号机的启动实验中，与核心直接接触，与初号机融为一体。当碇真嗣出于险境或丧失意识，碇唯的灵魂会站在主导地位驱动EVA，也就是我们常说的暴走。