不少農民合作社理事長認為，資金短缺是制約農民合作社發展的最大因素。在關於農民合作社需要政府解決哪些問題的調研中，資金項目扶持是最大需求。從表面上看，似乎很有道理，其實不然。政府的直接資金項目扶持對任何一個組織來說都是需要的，因為資金使用成本非常低，合作社也需要不代表合作社發展面臨資金短缺的問題。
短缺是相對於需求來說的，需求是相對於支出來說的。合作社打算髮展什麼業務，需要多少資金支持，可用資金與需求資金的差距才是資金短缺。若是合作社打算髮展的業務不符合市場定位，不符合合作社發展定位，盲目投入，盲目做大做強這不是資金短缺的事情，多少資金都無法支撐無限制的擴張。目前來說，大部分合作社若是能夠引導農戶開展標準化生產，可以說功能發揮的就不錯了。若是不顧自身發展實際，盲目擴張造成資金短缺，短缺甚至是逼迫合作社進入理性發展軌道的因素，這種短缺不需要解決。
不少正常發展的合作社遇到了資金短缺，採取向商業銀行申請貸款的方式解決。一方面，不少商業銀行不願意將貸款放給合作社，因為合作社缺乏有效的資產抵押，合作社信用基礎不紮實。另一方面，即使有金融機構願意放款給合作社，貸款利率也比較高，合作社不一定用得起。另外，一些合作社成員不願意冒貸款的風險，不支持合作社進行貸款。合作社實際上很難獲得商業銀行貸款。一些地方採取政府擔保、貸款貼息等方式，降低合作社信貸成本，部分緩解了合作社貸款困難，但受益面較小。
正常情況下合作社運作資金主要來自於合作社成員出資，實際上我國合作社成員很少出資，基本上以合作社理事長出資為主。合作社遇到資金短缺，第一方案也是最優方案應該通過合作社成員出資解決，不願意出資的最好不吸納成為合作社成員。不能為了湊成員數量，將沒有合作意願的人也納入進來。若是合作社將要發展的事業有前景，合作社成員又可以參與，合作社成員應該有投資的積極性。合作社成員缺乏投資積極性，表面看是對產業發展沒有信心，其實更多是對合作社管理團隊缺乏足夠的信心。成員對管理團隊的信任是合作社發展的基礎，成員出資只是信任的另外一種表現形式。要通過建立信任調動成員出資積極性，解決合作社發展資金短缺問題。
在數字技術較為成熟的情況下，要探索通過供應鏈金融的方式解決合作社發展資金短缺問題。現代信息技術完全可以自動收集生產、交易數據，根據數據反映的資金流動情況，銀行對合作社成員或者合作社進行融資。或者通過訂單農業等方式，在合作農戶、合作社和相關企業利益聯結機制的基礎上，對合作社、合作社成員進行放貸。
單純依賴政府扶持或者傳統商業銀行信貸是很難解決合作社發展遇到的資金短缺問題，要向內部挖掘潛力，從合作社成員上想解決辦法，內部融資或者數字化產業鏈的基礎上融資是較為可行的方式。