益生菌冷藏，可以保证活性。但是，冷藏环境下活性再好的益生菌，如果不能通过人的胃酸和胆汁等酸性环境，进入肠道后仍然成了死菌，也不能发挥应有的效果。
换句话说，益生菌不仅要在人体外是活菌，其从口腔到胃再到肠道，只有始终保持活菌状态，才能发挥更好的作用。
冷藏保存益生菌好处是，消费者服用之前的益生菌的活菌数量高，但益生菌质量主要的衡量指标是看其从口腔到胃再到肠道的活菌存活量，换句话说，质量越好的益生菌越能通过胃酸，到达肠道的活菌数量高。
好的益生菌，不仅常温下能保证活性，服用后也能通过胃酸和胆汁，活着到达肠道发挥作用。货架期的益生菌产品，随着时间的增加，活菌数也有衰减，但这个衰减量是在合理的范围内，是不会影响益生菌应有的功能发挥。
消费者选择益生菌，关键看菌株的质量。大厂家或者经过卫生部批准的益生菌菌株，都是经过长期的测试，有大量的实验数据和众多的临床报告；益生菌的研发厂家，从发现菌株，到培养、定植和功能试验，都是经过完备流程，这样才会上市销售。
通过以上分析，我们可以得出结论：益生菌在常温下和冷藏，对其发挥效果基本是一样的。对消费者来说，不能活着到达肠道的益生菌，即使冷藏的再好，也没有意义。
上面我们分析了，买益生菌关键要买高品质益生菌；对已经买回家的益生菌，服用也需要一个时间，打开包装后，可以将还没有吃完的益生菌暂时放到冰箱里，以保证益生菌的活性。