《九陽真經》在金庸小說中第一次出現是在《神鵰俠侶》最後一回中，覺遠大師憑藉此書震驚當時的絕世高手東邪黃藥師、西狂楊過、南僧一燈大師、北俠郭靖、老頑童周伯通等人，但經書也被尹克西帶到了崑崙山中。
在《倚天屠龍記》，張無忌在崑崙山的白猿腹中得到經書，並憑藉此經威震武林成為一代高手。
覺遠大師圓寂之際，矇矓囈語部分《九陽真經》經文，張三丰、郭襄、無色大師默記了一部分。
當年傳得《九陽真經》的三位，悟性各有不同，根柢也大有差異。
武功是無色大師最高；郭襄所學最博；張三丰當時武功全無根基，正因如此所學反而最精純。
是以少林、峨嵋、武當三派，一個得其「高」，一個得其「博」，一個得其「純」。三派武功各有所長，但也可說各有所短。
張三丰和郭襄後來成為武當派和峨嵋派的創派祖師，「九陽神功」啟發武當、峨嵋開宗立派的武功，及無色後少林派受益匪淺，主要根源在這一部分的『九陽神功」，又名《武當九陽功》，《少林九陽功》和《峨嵋九陽功》。
張無忌先後練過《武當九陽功》和《九陽真經》，發現《武當九陽功》只有不足十分一的經文，不足十分一的內容也足夠壯大少林派，成為武當、峨嵋創派的奠基。
在最初的版本里面，九陰九陽都是達摩創的。在舊版《倚天屠龍記》 （原名《天劍龍刀》）裡面有很明顯的論述：九陰真經偏向外用，九陽神功偏向內功。
但是這樣一來，中國最高深的兩門武功都來自外國人，這未免讓以中國功夫為榮的國人們覺得面上無光，而且這樣的中國功夫不能算是真正的中國功夫。大概後來讀者們反饋了這個問題，或者是他的朋友的一些說法影響了他，金庸自己也覺察到了這個問題，他在《射鵰》裡面用了整整一章來寫九陰真經的出處，把這部經書的知識產權從達摩手裡轉給了黃裳，達摩則是《易筋經》和《洗髓經》的作者，改倚天屠龍記的時候他也曾大費力氣地寫“西域武功比起中國學問，畢竟中原的學問更為精深”。
金庸在最新修改版本中將作者寫成與王重陽斗酒的一位奇士，后王重陽將《九陰真經》借與此人看，此人覺得九陰真經陰氣太重，後躲進少林創作九陽真經，此功，可出氤氳紫氣，可隨意擴散到體內、體外，可刀槍不入，水火不侵，毒氣不生，物化不之，金剛不壞之軀也隨之而來。
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